Меню
Все темы
Геном байкальской нерпы
Опубликована статья о de novo полнохромосомной сборке генома байкальской нерпы, одного из трех пресноводных видов нерп и единственного млекопитающего озера Байкал.
«Эта идея появилась более десяти лет назад в рамках международного проекта Genome 10K по инициативе тогда работавшего руководителем Центра геномной биоинформатики СПбГУ имени Ф. Г. Добржанского Стива О’Брайена. Суть проекта заключалась в том, чтобы секвенировать геномы 100 тысяч живых организмов, в их числе оказалась и байкальская нерпа», — рассказала соавтор работы, директор Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ Алла Лапидус. Проект затянулся из-за недостатка ресурсов и большого числа повторяющихся участков генома, осложняющих сборку. Проблему удалось решить с помощью метода Hi-C.
Существует теория, согласно которой предки байкальской нерпы около трех миллионов лет назад мигрировали с побережий Северного Ледовитого океана на юг по рекам. Таким образом нерпа оказалась в Байкале, который позднее был отделен от соленых водоемов. Выравнивание генома нерпы и трех родственных видов ластоногих показало высокое сходство, за исключением трех крупных инверсий в хромосоме VI. Гетерозиготность исследованных особей байкальской нерпы была относительно низкой, но сравнимой с другими видами. Однако некоторые признаки указывали на более резкое снижение численности, чем у других видов, возможно, на раннем этапе существования популяции. Решить другие вопросы, связанные с миграцией нерпы в озеро Байкал, поможет секвенирование большего числа геномов (по 8–10 каждого вида), предполагают авторы.
Вам будет интересно
880
0
Дезоксирибозимы — короткие молекулы ДНК, обладающие каталитическими свойствами. На их основе можно изготавливать зонды для анализа нуклеиновых кислот, обладающие высокой специфичностью; также их применение упрощает процедуру оптимизации анализа. Ученые из ИТМО с коллабораторами разработали ДНК-наномашину (hook-equipped DNA nanomachine, HDNM), позволяющую быстро детектировать заданные последовательности нуклеиновых кислот без предварительной амплификации. Предложенная ДНК-наномашина нацелена на РНК SARS-CoV-2.
Команда занимается разработкой бинарных дезоксирибозимных зондов, принцип работы которых состоит в следующем: два участка ДНК комплементарно связывают анализируемую нуклеиновую кислоту. Благодаря этому формируется каталитический центр, который расщепляет субстрат — молекулу нуклеиновой кислоты, меченную флуорофором и гасителем. При расщеплении такого субстрата возникает флуоресценция, которую можно детектировать.
Предложенная авторами конструкция содержит бинарный дезоксирибозимный зонд, а также два «крючка» для связывания меченого субстрата. Она прочно связывается с анализируемой РНК, способствуя разворачиванию ее вторичной структуры. Крючки в ней позволяют усиливать флуоресцентный сигнал, привлекая новые молекулы субстрата к каталитическому центру и тем самым локально увеличивая его концентрацию. Исследователи показали, что крючки снижают предел обнаружения приблизительно в 40 раз по сравнению с конструкцией без крючков — у HDNM он составил 2 пикомоль/л. Ученые рассчитывают, что их система может стать быстрым и эффективным средством диагностики SARS-CoV-2 и других вирусных инфекций в местах оказания медицинской помощи.
899
0
Доктор биологических наук, профессор Борис Савельевич Народицкий, главный научный сотрудник и руководитель отдела генетики и молекулярной биологии бактерий НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи Минздрава России, зам директора по научной работе Института вирусологии им. Д.И. Ивановского, скончался 10 января в возрасте 82 лет.
Борис Народицкий был одним из ведущих разработчиков платформы, на которой сделана вакцина «Спутник V». Так, в НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи были созданы вакцины «ГамЭвак» и «ГамЭвак Комби» против лихорадки Эбола, которые содержали векторы на основе живого аттенуированного вируса везикулярного стоматита (VSV) и дефектного по репликации аденовируса подтипа 5 (Ad5), экспрессирующих ген GP вируса Эбола. Борис Народицкий был и соавтором работ по «Спутник V» (Гам-КОВИД-Вак)
«Для меня это громадная потеря, я никогда не скрывал, что по всем научным проблемам и научно-организационным вопросам советовался с ним», — сказал в комментарии для РИА Новости директор НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи Александр Гинцбург.
562
0
Российские ученые проанализировали эффективность различных способов неспецифической защиты от геморрагических лихорадок, вызываемых аренавирусами. К ним относятся, например, лихорадка Ласса и бразильская геморрагическая лихорадка.
Авторы публикации рассмотрели различные мишени для неспецифических средств медицинской защиты и проанализировали препараты, ингибирующие размножение аренавирусов на различных стадиях. Они пришли к выводу, что наиболее эффективным противовирусным препаратом в отношении аренавирусных геморрагических лихорадок следует считать фавипиравир. Этот препарат подавляет синтез вирусной РНК и обладает широким спектром активности против различных РНК-содержащих вирусов. Еще одно направление борьбы с вирусными инфекциями — применение антисмысловых РНК — пока развито недостаточно, несмотря на наличие библиотек антисмысловых РНК к другим патогенным вирусам.
Исследователи также отметили, что уровень разработки неспецифических средств защиты для профилактики и лечения аренавирусных инфекций ниже, чем для филовирусных (к последним относится, например, вирус лихорадки Эбола). Это может быть связано с тем, что в отношении большинства аренавирусных геморрагических лихорадок описан профилактический эффект рибавирина. Однако, отмечают авторы, он токсичен для человека и может вызывать такие нежелательные явления, как тромбоцитоз и анемия. Кроме того, против аргентинской геморрагической лихорадки уже давно получен эффективный вакцинный штамм.
502
0
Новые пандемии неизбежны, поэтому необходимо создавать меры и технологии для их сдерживания. Авторы статьи в журнале «Генетика» пишут: одним из подходов может стать разработка универсальных вакцин, которые опираются на неспецифическую антипатогенную активность врожденного иммунитета. Универсальные вакцины можно было бы использовать для обеспечения частичной защиты на тот период, пока ведется разработка и производство специфичной вакцины.
Важную роль в создании универсальных вакцин играет тренированный (обученный) иммунитет — способность иммунной системы хранить память о прошлых инфекциях и использовать ее для защиты против новых. В качестве примера авторы работы приводят БЦЖ, а также вакцины против кори и полиомиелита. Сообщалось, что эти вакцины способны защищать от гетерологичных (вызываемых неродственными патогенами) инфекций. Такой эффект наблюдали в странах с низким уровнем жизни, хотя исследования в странах с высоким уровнем жизни давали противоречивый результат. Тем не менее, отмечают ученые, вакцинацию БЦЖ уже предлагали в качестве защиты от Staphylococcus aureus и от лейшманиоза. Она обладает внутренней адъювантной активностью, и в опытах на мышах снижала инфекционную нагрузку, действуя против таких патогенов, как вирус гриппа А и вирус простого герпеса 2 типа. Однако для широкой и всесторонней оценки воздействия БЦЖ на тренированный иммунитет необходимы дополнительные исследования.
Авторы публикации заключают: пандемия COVID-19 демонстрирует необходимость создания универсальных вакцин, а тренированный иммунитет может стать их основой.
968
0
Молодому человеку 24 года, он проживает в Ставропольском крае. Заболевание начало проявляться с детства. Диагноз «амавроз Лебера 2 типа» установили совместно специалисты Медико-генетического научного центра имени Н.П. Бочкова и Федерального научно-клинического центра ФМБА России. Молекулярное исследование, подтвердившее, что причиной заболевания стал патогенный вариант гена RPE65, проводилось по научно-диагностической программе наследственных дистрофий сетчатки МГНЦ.
— У пациента наблюдались претерминальные изменения сетчатки: нарушена острота зрения, никталопия, цветоаномалия, истончение слоев сетчатки при томографии глаз, а также другие нарушения функционального состояния, — рассказал руководитель Научно-клинического центра офтальмогенетики МГНЦ, куратор по наследственным глазным болезням РФ, к.м.н., доцент Виталий Кадышев.
Генотерапевтический препарат для лечения наследственных дистрофий сетчатки, вызванных вариантами гена RPE65, для детей доступен за счет средств фонда «Круг добра», взрослым он обеспечивается за счет регионального бюджета.
Операцию по введению препарата провели в МНТК «Микрохирургия глаза» имени С.Н. Федорова. Пролечен один глаз, вторая операция ожидается через несколько дней.
По данным Научно-клинического центра офтальмогенетики МГНЦ в России насчитывается более 15 взрослых пациентов с наследственными дистрофиями сетчатки, обусловленными патогенными вариантами гена PRE65.
Впервые в России получил генозаместительную терапию двухлетний ребенок с амаврозом Лебера
