Как выпустить из лаборатории смертельно опасный патоген с помощью музыки

Нейробиолог Сильвен Лесне уходит с должности профессора в Университете Миннесоты, сообщает Science. Отставка вступит в силу 1 марта, конкретную причину представители университета не назвали. В 2022 году Лесне был обвинен в манипуляциях с изображениями в статье, опубликованной в Nature и подтверждающей роль амилоидного каскада в патогенезе болезни Альцгеймера. (В 2024 году эта статья была отозвана.) Авторы утверждали, что обнаружили токсичную форму бета-амилоида — додекамер Aβ*56 (подробнее на PCR.news).

Гипотеза амилоидного каскада в начале века теряла популярность, и результаты Лесне вдохнули в нее новую жизнь. На исследования в этой области были потрачены значительные средства, тем не менее препараты для лечения болезни Альцгеймера, нацеленные на бета-амилоиды, демонстрируют лишь ограниченную эффективность.

Университет Миннесоты назвал еще четыре статьи, которые, возможно, должны быть отозваны (1,  2,  3,  4). В общей сложности эти четыре статьи были процитированы около 600 раз.

Нейробиолог Мэтью Шрэг, который провел расследование фальсификаций, не удовлетворен реакцией университета. «Непоследовательные, неполные и запоздалые действия Университета Миннесоты серьезно подорвали его репутацию и сослужили плохую службу исследованиям болезни Альцгеймера, — говорит он. — В то время, когда общественное доверие к нашей национальной науке особенно уязвимо, отсутствие лидерства в таком ясном и важном деле прискорбно». Исследования Aβ*56 были поддержаны грантами Национальных институтов здравоохранения США.

Это уже 28-я отозванная статья скандально знаменитого французского микробиолога Дидье Раульта, ранее работавшего в Институте средиземноморских инфекционных заболеваний в Марселе (IHU); сейчас он вышел в отставку. Кроме того, это самая цитируемая отозванная статья о COVID-19 и вторая по цитируемости среди всех отозванных статей.

Международное общество антимикробной терапии, издающее журнал, еще в 2020 году заявило, что статья «не соответствует стандартам», но отозвана она только сейчас, четыре с половиной года спустя.

Научную премию Сбера 2024 в номинации «Науки о жизни» присудили академику РАН, д.б.н., ректору РНИМУ им. Н.И. Пирогова Министерства здравоохранения РФ Сергею Лукьянову за открытие и применение природных флуоресцентных белков для технологии прижизненной визуализации и для исследований молекулярных и клеточных процессов в живых организмах, а также за разработку принципиально новой стратегии лечения тяжелых аутоиммунных заболеваний. Сергей Лукьянов и его команда разработали новый препарат, первый в классе, для лечения аутоиммунного заболевания — болезни Бехтерева. Размер премии — 20 млн рублей.

Национальный центр биотехнологической информации США (NCBI) весной 2025 года планирует добавить в свои базы данных около 3000 латинских названий вирусов, построенных по правилам бинарной линнеевской номенклатуры (первое слово обозначает род, второе вид). Коронавирус SARS-CoV-2 будет называться Betacoronavirus pandemicum, вирус иммунодефицита человека (ВИЧ, human immunodeficiency virus 1, HIV-1) — Lentivirus humimdef1, вирус Шарк-Ривер — Orthobunyavirus squalofluvii.

Международный комитет таксономии вирусов (ICTV) заявляет, что это исправит ситуацию с беспорядочным присвоением названий. Вирусы в настоящее время подразделяются на семейства и роды, но в качестве видовых названий используют производные от болезни, организма-хозяина или места обнаружения вируса. В некоторых современных работах идентифицируются тысячи вирусов сразу, поэтому необходимо унифицировать номенклатуру.

Натан Грюбо из Йельской школы общественного здравоохранения, специалист по разнообразию вируса денге, назвал новую систему «глупой и помпезной»: по его мнению, она не облегчит, а осложнит работу ученых. Но другие вирусологи считают, что если она будет дополнять, а не заменять старую, это приемлемо.

Сейчас базы данных NCBI содержат только старые видовые названия, тогда как база данных ICTV уже доступна для поиска только по новым, но исследователи могут загрузить таблицу Excel, чтобы увидеть параллельно старые и новые названия.

Последняя версия алгоритма для предсказания структуры белков и их комплексов AlphaFold3, в отличие от RoseTTAFold и AlphaFold2, до сих пор не находилась в открытом доступе. После публикации статьи, в которой была представлена новая версия, в мае 2024 года, исследователи могли вводить последовательности белков и интересующих лигандов на сервере. Это решение компании Google DeepMind вызвало критику, так как оно ограничивает возможности по проверке и воспроизведению результатов. Кроме того, сервер не позволял моделировать взаимодействия с потенциальными лекарствами.

Компания заявляла, что это обеспечило правильный баланс между доступом для исследований и защитой коммерческих интересов (Isomorphic Labs, дочерняя компания DeepMind, использует AlphaFold3 для разработки лекарств). Однако затем представители компании объявили, что планируют в течение шести месяцев выпустить модель со свободным доступом для академического использования.

Теперь ученые могут загрузить программный код AlphaFold3, чтобы работать с ним в некоммерческих целях, объявила Google DeepMind 11 ноября. «Мы очень рады будем увидеть, что люди сделают с ним», — говорит Джон Джампер, который возглавляет команду AlphaFold в DeepMind и вместе с генеральным директором Демисом Хассабисом получил половину Нобелевской премии по химии 2024 года.

За последние месяцы несколько компаний из США и Китая представили инструменты с открытым исходным кодом на основе AlphaFold3 для прогнозирования структуры белков, комментирует Nature.