Онлайн-инструмент BuscoPhylo для филогенетического анализа подходит неспециалистам

Ученые из Марокко создали веб-сервер BuscoPhylo для автоматизированного филогенетического анализа, основанного на методе BUSCO (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs). Чтобы запустить анализа, пользователь должен внести в программу геномную или транскриптомную сборку или аннотированный набор генов, а также указать домен, к которому принадлежит организм. BuscoPhylo работает бесплатно и полностью онлайн. На выходе пользователь получает филогенетическое древо, которое можно скачать. Разработчики протестировали программу на 35 публично доступных геномах бактерии Dickeya solani. Топология итогового филогенетического древа соответствует таковой для древа, полученного ранее с помощью другой программы. Вторым тестовым объектом стал грибок Fusarium oxysporum.

Подробно о разработке и свойствах BuscoPhylo авторы рассказали в Scientific Reports. Они отмечают, что программа подходит для неспециалистов и заполняет пробел между двумя основными методами геномного анализа: сборкой генома и филогенетическим анализом. Команда будет поддерживать BuscoPhylo не менее двух лет, обеспечивая необходимые обновления софта. В планах — добавить опцию работы с сырыми ридами, а также добавить этап сборки, чтобы пользователь мог сразу переходить от секвенирования к филогенетическому анализу.

Добавить в избранное

Вам будет интересно

19.04.2024
338
0

23andMe — публичная акционерная компания, находящаяся в Калифорнии, которая оказывает услуги в области потребительской генетики (информация о предрасположенности к заболеваниям по запросу клиента, поиск предков, установление степени родства), а также предоставляет свои данные разработчикам лекарств. В четверг компания объявила, что генеральный директор Энн Воджицки выдвигает предложение о приобретении находящихся в обращении акций, которыми она еще не владеет. Воджицки сейчас принадлежат более 20% от общего количества акций, что дает ей право примерно на 49% голосующих акций компании.

В прошлом месяце совет директоров 23andMe сформировал комитет для рассмотрения стратегических альтернатив, направленных на максимизацию акционерной стоимости. Этот комитет рассмотрит предложение Воджицки. В заявлении компании говорится, что она пока не намерена давать дальнейшие комментарии по этому вопросу.

В декабре 2023 года 23andMe сообщила об утечке данных, включая генетические, которая затронула примерно 6,9 миллиона пользователей. В феврале 2024 года было сообщение о 33%-ном снижении доходов компании в третьем квартале 2024 финансового года по сравнению с аналогичным периодом прошлого года; снизились доход от исследовательских услуг и объемы продаж комплектов Personal Genome Service.

Аналитик TD Cowen Стивен Мах отметил, что инвесторам «следует приветствовать» предложение Энн Воджицки, так как некоторые инвесторы хотели бы вкладывать средства только в терапевтический бизнес компании, но не в услуги direct-to-consumer, а другие, напротив, не заинтересованы в терапевтическом бизнесе.

Акции 23andMe выросли на 40% на ранних утренних торгах на Nasdaq и торговались примерно по 0,50 доллара за акцию.

19.03.2024
540
0

Ученые из Исследовательского института Моргриджа и коллабораторы в рамках проекта «Геномы позвоночных» (Vertebrate Genomes Project) получили референсные геномы голубого кита (Balaenoptera musculus) и карликовой многозубки (Suncus etruscus), то есть самого большого и одного из самых маленьких млекопитающих. Миссия проекта состоит в сборке высококачественных референсных геномов всех ныне живущих позвоночных видов. Для секвенирования использовали методику длинных прочтений от PacBio.

Большой организм дольше развивается из яйцеклетки, чем маленький, но биологический механизм различий в «часах развития» остается неясным. Новые референсные геномы могут помочь в решении этого вопроса, а также парадокса Пето (большие животные, такие как киты и слоны, живут дольше и реже болеют раком, несмотря на большее количество клеток в их организмах). Карликовая многозубка интересна своим быстрым метаболизмом. С более практической точки зрения, эта информация может оказаться полезна для терапии с помощью стволовых клеток. Скорость дифференцировки контролируется тем же молекулярным механизмом, что определяет часы развития.

Отбор образцов для секвенирования генома голубого кита был сопряжен с определенными трудностями. На сбор необходимой документации, персонала и ресурсов ушло больше года. Биопсию кожи четырех китов отбирали с помощью стальной трубки, соединенной со стрелой для арбалета. Видео отбора биопсии можно посмотреть здесь.

21.02.2024
951
0

Индексы полигенного риска (PRS), основанные на совокупности генетических вариантов, могут использоваться для прогнозирования предрасположенности человека к той или иной болезни. Однако их применение в клинической практике затрудняется различным происхождением пациентов и проблемами интерпретации результатов. Авторы публикации в Nature Medicine задались целью улучшить прогностические характеристики PRS для популяций разного происхождения.

Исследователи работали в коллаборации с национальной сетью электронных медицинских карт и геномики (eMERGE), которая финансируется Национальным институтом исследования генома человека. Они проанализировали показатели риска для 25 000 взрослых и детей. В работу вошли десять патологий: мерцательная аритмия, рак молочной железы, хроническая болезнь почек, ишемическая болезнь сердца, гиперхолестеринемия, рак простаты, астма, диабет 1 и 2 типа и ожирение. Участников исследования разделили на четыре группы по происхождению: европейское, африканское, латиноамериканское и азиатское. В каждой из групп определили пороговые значения высокого и низкого риска развития конкретного заболевания. Авторы также занялись вопросом внедрения PRS в клиническую практику — передачей результатов в клинические лаборатории, их валидацией и проверкой эффективности. Они не обошли стороной и создание клинических отчетов, которые передавались бы врачам и их пациентам и позволяли учесть генетическую оценку риска. «Нам было важно убедиться, что мы не предоставляем людям результаты, с которыми они ничего не могут сделать», — комментирует Найл Леннон, первый автор работы.

Говоря о дальнейших исследованиях, авторы упоминают возможность стандартизации анализов и методов, используемых для определения этих пороговых значений. Кроме того, для большей клинической пользы, подчеркивают исследователи, важно рассчитывать абсолютный риск, основанный не только на индексе полигенного риска, но и на возрасте — в тех случаях, где это возможно (например, для сердечно-сосудистых заболеваний).

10.01.2024
619
0

Большинство полногеномных поисков ассоциаций (GWAS) большого депрессивного расстройства (БДР) проводилось на выборках европейского происхождения. Теперь же международный коллектив ученых проанализировал данные, полученные на людях разных этнических групп, и нашел 53 новых локуса, значимо ассоциированных с этим расстройством.

Исследователи включили в анализ данные из 21 когорты, содержащей 88 316 пациентов с депрессией и 902 757 здоровых контролей. В выборку вошли 36% образцов африканского, 26% восточноазиатского, 32% латиноамериканского и 6% южноазиатского происхождения. Затем ученые дополнили эту выборку 258 364 случаями БДР у лиц европейского происхождения.

Проведя метаанализ с учетом происхождения, авторы работы выявили два новых локуса — 2q24.2 и 6p15. В группе латиноамериканцев варианты в 2q24.2 были ассоциированы с депрессией. В выборках африканского происхождения были связаны с БДР варианты в локусе 6q16, однако эта ассоциация требует дальнейшего подтверждения. Тем не менее, отмечают ученые, она биологически правдоподобна — ведущий вариант был связан с экспрессией меланинконцентрирующего гормона (MCHR2) в тканях коры головного мозга. Исследователи также сравнили данные в группе с различным происхождением и у европейцев и выделили 155 локусов, значимо связанных с БДР во всех вариантах происхождения. Всего в ходе исследования авторы выявили 160 ассоциированных локусов, причем для 53 из них связь с большим депрессивным расстройством ранее не была показана. 
29.12.2023
523
0

Резистом — резервуар генов антибиотикорезистентности — имеет огромное значение для здоровья человека, однако то, как он реагирует на терапию антибиотиками в разном возрасте, пока изучено слабо. Этот пробел решили восполнить ученые из Дании. Они провели метагеномное исследование образцов стула младенцев и взрослых людей и показали, что типичный профиль резистома отличается между возрастными группами.

По сравнению с младенцами, доля, количество и численность генов антибиотикорезистентности в кишечнике взрослых были ниже. Исследователи связали это со снижением уровня клинически значимых бактерий, содержащих большое количество генов устойчивости, таких как E. coli и Shigella flexneri. Однако преобладающие гены устойчивости к антибиотикам были одинаковы.

Ученые также выяснили, что бактерии кишечника младенцев содержали большее количество плазмид. Это наблюдение подразумевает высокую частоту горизонтального переноса генов, что может обеспечить преимущество для распространения генов антибиотикорезистентности даже в отсутствие антибиотиков. Однако по сравнению со взрослыми микробиом кишечника младенцев быстрее восстанавливался после антибиотикотерапии. Это может объясняться тем, что микробиом кишечника младенцев очень динамичен и менее разнообразен, чем у взрослых. Кроме того, отмечают авторы, на восстановление микробиома влияют классы и дозировки используемых препаратов, а в исследуемой популяции они отличаются в зависимости от возраста.