Предложен метод диагностики, основанный на профилировании поверхностных белков экзосом

История с отредактированными вестерн-блотами в каталоге антител Thermo Fisher, начавшаяся в мае этого года, получила продолжение — и оказалась куда масштабнее, чем можно было предполагать. Количество подозрительных изображений, размещенных компаниями-поставщиками для подтверждения качества антител, выросло до 18 тысяч.

Риз Ричардсон, возглавивший предыдущую инициативу по выявлению проблемных изображений, провел еще более крупный анализ каталогов поставщиков. 25 августа он сообщил, что вопросы вызывают антитела от 15 различных компаний. В числе «лидеров» по их количеству — G-Biosciences (6 388 сомнительных изображений), Thermo Fisher (5 580), LSBio (2 695) и Origene (2 236). У остальных попавших в опубликованный список поставщиков, в том числе Abcam, насчитывается по несколько сотен потенциально отредактированных вестерн-блотов и форезов антител. 
Сам факт изменения изображений еще не означает, что антитела не работают так, как заявлено. Но количество таких случаев вызывает вопросы о методах работы коммерческих поставщиков, а по словам Ричардсона, на многих из валидационных изображений, призванных подтверждать качество антител, заметны признаки серьезного вмешательства. В частности, он насчитал семь «общих» вариантов фона для примерно 13,8 тысяч изображений, порой одни и те же в каталогах разных компаний. Это наводит ученых на подозрение, что многие из антител вовсе не проходили валидацию.

К проверке качества подключилась открытая организация Only Good Antibodies: пока они успели проанализировать 52 антитела из всего перечня, и 43 из них не прошли как минимум один из нескольких стандартных тестов. За его пределами Only Good Antibodies протестировали 1620 коммерчески доступных антител, и на их сайте представлено расширение для браузера, которое позволяет просмотреть результаты проверки того или иного антитела при наведении на него курсора в каталоге поставщиков.

Некоторые компании уже отреагировали публично: представитель Thermo Fisher заявил, что текущий анализ продукции компании пока не выявил «никаких доказательств влияния на рабочие характеристики антител или лежащие в их основе научные данные». Представитель LSBio пообещал, что компания проведет расследование, хотя и добавил, что сомнительные изображения составляют менее 0,04% от всего каталога. 

Шолто Дэвид, молекулярный биолог, известный своими расследованиями ошибок и фальсификаций в научных статьях, обнаружил очередную проблему — более чем в 50 работах по клеточной сенесценции, вероятно, использовались не те антитела для идентификации ключевого белка.  

Характерный признаков сенесцентных («стареющих») клеток — активность фермента β-галактозидазы. На этом основан один из методов их выявления в культуре — обработка хромогенным субстратом X-gal приведет к тому, что в сенесцентных клетках он расщепится β-галактозидазой и образует нерастворимый осадок синего цвета. Этот фермент можно выявлять и другими методами, например, иммуноокрашиванием или вестерн-блоттингом, то есть с помощью антитела. И Шолто Дэвид пишет в своем блоге о том, что авторы ряда статей сообщают об использовании антитела, специфичного к β-галактозидазе кишечной палочки — ферменту с той же функцией и сильно отличающейся последовательностью. Между β-галактозидазой у кишечной палочки и млекопитающих недостаточно гомологии (около 20%), поэтому антитело к первому из этих белков не будет связываться со вторым. 

Работы, где была замечена ошибка в выборе антител к β-галактозидазе, Дэвид собрал в общедоступный список — сейчас он насчитывает 54 публикации.  Первую из таких статей, вышедшую в Cell в 2016 году, исследователю прислали вскоре после того, как в июне он рассказал об еще одной (более масштабной) путанице с антителами.   

Ранее он писал, что более чем в трехстах работах произошла путаница, и вместо онкосупрессора p16 ученые «искали» в сенесцентных или опухолевых клетках компонент актинового цитоскелета с похожим названием. Вместо антител к p16-INK4a — это полное название онкосупрессора — во многих работах упоминались антитела к p16-ARC, который не участвует в контроле клеточного цикла или старении. Некорректное использование Дэвид нашел в 95% случаев, просмотрев 334 доступных статьи — сам он называет это «поистине поразительной ошибкой».    

Важное условие снижения числа ВИЧ-инфекций — высокий уровень тестирования среди мужчин, практикующих секс с мужчинами (МСМ). Эффективность бесплатных самостоятельно выполняемых тестов для МСМ исследовали в Англии и Уэльсе. Участников набирали в интернете; более 10 тысяч человек случайным образом распределили в две группы в соотношении 3:2. Первой группе предложили набор для тестирования BioSURE (производитель Waltham Abbey, иммуноанализ на антитела к ВИЧ 1/2 в крови из пальца примерно через 28 дней после возможного заражения), второй группе не предложили. В обеих группах оценивали число новых подтвержденных диагнозов ВИЧ, которые побудили обратиться за лечением, на протяжении трех месяцев.

Охват тестированием повысился, то есть самостоятельно выполняемые тесты — привлекательная опция для МСМ. Показатели тестирования в группе, получившей тесты, превышали 95%. Однако уровень выявляемости ВИЧ не вырос: по мнению авторов, это может быть связано со снижением заболеваемости в Великобритании.  Авторы отмечают, что у большинства проходящих тестирование результат будет отрицательным, поэтому важно сопровождать распространение тестов другими мерами, такими как раздача презервативов, доступ к доконтактной профилактике ВИЧ, поощрение регулярного тестирования на ИППП.

Компания PerkinElmer объявила о выпуске семи наборов для обнаружения векторов на основе аденоассоциированных вирусов (AAV). Комплекты предназначены для разработчиков генной и клеточной терапии. Они позволяют охарактеризовать создаваемые векторные частицы, что должно упростить рабочий процесса переноса генов в клетки.

Новые наборы, созданные на запатентованной платформе AlphaLISA, сокращают время на обнаружение вирусов по сравнению со стандартным иммуноферментным анализом. Каждый из семи наборов выявляет определенный серотип: AAV1, AAV2, AAV3B, AAV5, AAV6, AAV8 и AAV9. Новое предложение расширяет портфель PerkinElmer для исследований в области клеточной и генной терапии, который включает антитела, продукты для редактирования и модуляции генов, подсчета клеток  и проточной цитометрии.

На онлайн-совещании с разработчиками средств диагностики представители Управления по контролю продуктов и медикаментов США (FDA) призвали выпустить на рынок высокочувствительные безрецептурные тесты для молекулярной диагностики оспы обезьян, чтобы увеличить охват тестированием в стране. Все типы анализов на это инфекционное заболевание смогут пройти ускоренную процедуру одобрения на применение в экстренной ситуации.

Вирус оспы обезьян впервые был зарегистрирован в США в мае 2022 года. Когда к августу число новых случаев заражения достигло 400 в день, власти объявили о чрезвычайной ситуации в области общественного здравоохранения.

Компания Quest Diagnostics 7 сентября 2022 года первой получила одобрение FDA для экстренного применения своего теста на оспу обезьян. Тест на основе ПЦР в реальном времени выявляет ДНК оспы обезьян и других ортопоксвирусов, не связанных с натуральной оспой. Ранее для выявления оспы обезьян в США использовался тест на ортопоксвирусы, разработанный в CDC. Для оценки эффективности нового анализа, по словам представителей FDA, разработчики могут получить остаточные материалы образцов из лабораторий CDC. В дальнейшем появится больше тестов для сравнения.

FDA также составляет руководство по созданию экспресс-тестов на антигены оспы обезьян. Разработчикам рекомендовано связаться с Национальными институтами здравоохранения, объявившими о планах ускорить процессы валидации, получения разрешений и коммерциализации тестов для анализа в местах оказания медицинской помощи и в домашних условиях. Прием заявок по этой программе начался с 7 сентября.