SkyGen приглашает на школу анализа единичных клеток ASCA WORKSHOP 2024 в Томске!

Характеризация кодирующей части генома человека остается одной из главных задач биологии. Количество канонических белоккодирующих генов считалось приблизительно известным до недавнего времени, но за последнее время накопилось множество данных о трансляции неканонических открытых рамок считывания (ncORF). Для их изучения был создан международный консорциум TransCODE, который на прошлой неделе представил алгоритм аннотации «темного протеома» — полипептидов, кодируемых ncORF. Результаты исследования опубликованы в журнале Nature. 

Для молекул, кодируемых ncORF, ученые ввели термин «пептидеин» (peptidein) — полипептид, синтез которого с открытой рамки считывания подтвержден экспериментально, но данных для того, чтобы классифицировать эту ORF как белоккодирующий ген, недостаточно. Проанализировав около 95,5 тысяч протеомных экспериментов, авторы работы выявили 7 264 ncORF и показали, что около четверти из них кодируют микробелки и пептидеины. Они разработали систему аннотации для этих полипептидов, кодируемых ncORF, и показали, как характеризация пептидеина с помощью функциональной геномики и оценки консервативности позволяет уточнить его классификацию.

В качестве наглядной демонстрации ученые охарактеризовали пептидеин, транслируемый с длинной некодирующей РНК OLMALINC. С помощью CRISPR-скрининга и секвенирования РНК единичных клеток они показали, что этот пептидеин жизненно важен и консервативен — его нокаут в 485 клеточных линиях приводил к их нежизнеспособности в 85% случаев. 

Авторы рассчитывают, что предложенный ими подход позволит систематично охарактеризовать ncORF и кодируемые ими полипептиды, что важно в том числе для медицинской науки. Транслируемые с ncORF молекулы вносят вклад в развитие наследственных заболеваний, онкогенез и формирование раковых антигенов, следовательно, их подробное изучение расширит понимание патогенеза и представление о методах терапии.  

В судебном иске, который 10x Genomics собирается подать в окружной суд США по округу Делавэр, утверждается, что технология подготовки библиотек РНК для транскриптомного анализа на уровне единичных клеток нарушает пять различных патентов США. В дополнительном иске компания также заявляет, что еще не запущенный продукт Illumina для пространственной транскриптомики нарушает еще ряд патентов, принадлежащих компании Prognosys Biosciences, которая предоставила 10x эксклюзивные права на их использование. 

10x Genomics намерена требовать постоянного судебного запрета, возмещения убытков и слушания с участием присяжных заседателей. Компания уже имела судебные разбирательства практически со всеми конкурентами на рынке транскриптомики единичных клеток и пространственной транскриптомики — Parse Biosciences, Celsee, 1CellBio и Becton Dickinson. Также она подавала в суд на NanoString Technologies, что привело к банкротству последней и ее поглощению Bruker, Curio Bioscience и Vizgen. Возможно, судебные иски против Illumina станут крупнейшими делами об интеллектуальной собственности для 10x.

Зарегистрироваться

Реклама. Рекламодатель ООО «Скайджин» ИНН 7705997147

На первый взгляд миграция клеток мезодермы во время гаструляции выглядит неорганизованной. Авторы статьи в The EMBO Journal убедились в обратном — отследив раннее формирование сердца в мышином эмбрионе, они показали, что распределение клеток в зарождающихся сердечных камерах четко скоординировано во времени и пространстве.

Исследователи применили микроскопию плоскостного освещения (light-sheet microscopy), чтобы получить 3D-изображения сердца в эмбрионе мыши. Для удобства визуализации клетки были помечены флуоресцентными белками. Таким способом ученые отследили перемещение и деление отдельных клеток с шестого по восьмой дни эмбрионального развития — от гаструляции до формирования сердечной трубки.

Выяснилось, что в определенное время в формирующейся сердечной трубке закладывались прогениторные клетки, дающие начало исключительно миоцитам левого желудочка или предсердий. И те, и другие происходили из проксимальной мезодермы, но предшественники левого желудочка дифференцировались рано, формируя изгиб сердечной трубки, а предсердные предшественники затем образовывали области притока сердечной трубки. Также в сердце обнаружились короткоживущие мультипотентные прогениторы — их потомки активно мигрировали и давали начало различным клеткам в зависимости от области сердца, в которой завершалась их миграция. Присутствие таких мультипотентных клеток говорит о пластичности раннего развития. Наконец, авторы убедились, что сестринские клетки, происходящие от одного предшественника, координировались между собой теснее всего.

NanoString, которую Bruker приобрела после ее банкротства, планирует обратиться в Высший земельный суд Германии в Мюнхене с просьбой окончательно снять запрет на продажу ее продуктов CosMx Spatial Molecular Imager в Германии. Первоначально судебный запрет был вынесен в мае 2023 года Нижним земельным судом Мюнхена, но отменен в декабре Высшим земельным судом при условии выплаты залога.

В своем постановлении 7 мая Федеральный патентный суд Германии признал недействительным европейский патент 10x Genomics № 2794928B1 на территории Германии. 10x утверждала, что продукты NanoString CosMx SMI для детекции РНК нарушают этот патент. Решение Федерального патентного суда Германии опровергает это утверждение.

Банкротство NanoString отчасти произошло из-за выплаты 10x Genomics $31 млн по итогам патентного спора в США, связанного с платформой для пространственного профилирования РНК GeoMx.

В феврале Апелляционный суд Европейского единого патентного суда (UPC) отменил предварительный запрет, вынесенный мюнхенским отделением UPC в сентябре, на продажу продуктов CosMx SMI в 16 странах-членах UPC.

«Мы твердо убеждены, что патент ‘928, полученный известным доктором Джорджем Черчем из Гарварда, действителен и охватывает важные in situ технологии. Мы полны решимости доказать это», — заявила Кристен Кардилло, вице-президент по корпоративным коммуникациям 10x.