FDA предложило разработчикам стандартные образцы для проверки качества тестов на коронавирус

В первые месяцы пандемии COVID-19 большинство разработчиков тестов для выявления SARS-CoV-2 на основе амплификации нуклеиновых кислот не имело доступа к клиническим образцам. Поэтому FDA давало разрешение на использование в чрезвычайной ситуации (EUA) тест-наборов, эффективность которых была оценена с помощью искусственно созданных образцов, содержащих синтетическую РНК, РНК определенных генов вируса или полногеномную вирусную РНК.

С февраля по середину мая FDA выдало 59 EUA на тест-системы для качественного обнаружения нуклеиновой кислоты SARS-CoV-2, валидированных с использованием искусственных образцов. Но поскольку проверка и сравнение эффективности на реальных образцах пациентов дает более надежные результаты, 11 мая 2020 года FDA рекомендовало разработчикам использовать их.

FDA получило в феврале живой вирус и культивировало его, чтобы создать референсную панель. Такие панели — фундаментальный инструмент для оценки эффективности тестов; использование одного и того же эталонного материала позволяет напрямую сравнивать аналитическую чувствительность.

Референсная панель SARS-CoV-2 была создана в рамках сотрудничества между Центром приборов и радиологической безопасности (CDRH) и Центром оценки и исследований биологических препаратов (CBER). Для создания стандартизированных образцов использовали один штамм SARS-CoV-2 и один штамм MERS-CoV, инактивированные нагреванием. Панель состоит из пяти пробирок (от T1 до T5) с вирусом в среде для культивирования клеток: T1 содержит штамм SARS-CoV-2 (2019-nCoV/USA-WA1/2020) в концентрации ~1,8x10⁸ NAAT-определяемых единиц РНК/мл (NDU/мл). Пробирки Т2, Т3, Т4 и Т5 содержат слепые образцы — FDA знает их концентрации, но разработчик, тестирующий образцы, не знает.

На основе стандартного протокола, предоставленного FDA для T1, разработчиков просят провести исследование предела обнаружения. Слепые образцы (от T2 до T5) также тестируются в соответствии с протоколом, чтобы подтвердить установленный предел обнаружения. Для оценки возможной перекрестной реактивности (ложноположительных результатов, вызванных присутствием другого патогена) используют вирус MERS-CoV.

Референсная панель FDA SARS-CoV-2 была предоставлена разработчикам, получившим разрешение на использование в чрезвычайной ситуации после проверки на искусственных образцах, и сейчас она предоставляется всем разработчикам, которые запрашивают EUA.

Использование референсной панели не отменяет рекомендаций по аналитической и клинической валидации, подчеркивает FDA. Так, панель включает только один штамм SARS-CoV-2 и один реагент для исследования перекрестной реактивности. Недавние мутации SARS-CoV-2 (например, D614G), которые могут повлиять на молекулярное тестирование, в панели не представлены.

По состоянию на 10 сентября 2020 года FDA связалось с разработчиками 176 авторизованных тестов и отправило референсную панель разработчикам 152 из них. Разработчиков попросили провести тестирование и предоставить результаты в течение двух недель. С итогами тестирования, в частности, с пределом обнаружения в NDU/мл для каждого из тестов, прошедших проверку, можно ознакомиться на сайте FDA.

Наилучшие результаты показал набор PerkinElmer New Coronavirus Nucleic Acid Detection Kit с заявленным пределом обнаружения 180 NDU/мл. Хорошие результаты у теста ScienCell Research Laboratories (540 NDU/мл), тестов Hologic, DiaCarta, BioCore и Seasun Biomaterials (600 NDU/мл).

Результат диагностической панели Центров США по контролю и профилактике заболеваний (CDC) — 18000 NDU/мл.

Наихудшую чувствительность показали тесты от Diatherix Eurofins Laboratory, Luminex Corporation и, несколько неожиданно, QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel от Qiagen — предел обнаружения 180 000 NDU/мл.

«Тест QIAstat-Dx — единственная синдромная [выявляющая не только коронавирус, но и другие респираторные инфекции] панель в списке», — ответил представитель Qiagen в электронном письме порталу GenomeWeb, добавив, что тест продемонстрировал 100%-ную чувствительность и в ходе валидационных исследований для EUA, и в реальных клинических условиях.

Крис Мейсон из Корнеллского университета, научный консультант в нью-йоркской компании Resilience Health, которая занимается сравнением тестов, сказал, что его группа будет учитывать результаты, полученные с помощью панели FDA. Команда Resilience Health ранее опубликовала результаты своих сравнений в Nature Biotechnology, и они довольно хорошо совпали с оценками FDA. Авторы статьи призывают исследовательское сообщество отреагировать на конкурс XPrize Rapid COVID Testing, который инициировала некоммерческая организация OpenCovidScreen под руководством Мейсона, чтобы обеспечить быстрое тестирование и сделать возможным безопасное посещение общественных мест в США.

Тимоти Стензель, директор Управления FDA по диагностике in vitro и радиологической безопасности, говорит, что агентство будет публиковать результаты других тестов по мере готовности. По его словам, как только станет доступным международный стандарт молекулярного тестирования, агентство «привяжет к нему референсную панель FDA, и мы сможем переводить опубликованные нами результаты в международные единицы».