Геномный анализ двух мумий из Чили подтвердил, что оспу в Америку завезли европейцы

Оспа была завезена в Америку во время европейской колонизации после прибытия Христофора Колумба в 1492 году. Эпидемии этой болезни стали одними из главных причин коллапса местного населения после контакта с европейцами. Первая исторически задокументированная вспышка произошла в 1518 году на Карибских островах, затем оспа быстро распространилась по Центральной и Южной Америке, достигла Мексики к 1520 году, северных границ империи инков — к 1525 году, а к середине XVI века, вероятно, добралась до Чили. Однако генетическая идентичность штаммов ортопоксвируса оспы (Orthopoxvirus variola), вызвавших гибель нескольких миллионов людей на американском континенте, остаётся неясной. Ученые из Чили, Ирландии и Японии секвенировали древние геномы оспы из двух чилийских мумий, датируемых примерно 1492–1631 годами н.э. Филогенетический анализ относит эти геномы к вымершей линии, которая ближе всего к древним европейским штаммам оспы — она отделилась в конце XIII века и до появления современных линий. Это прямые молекулярные доказательства того, что оспу «подарили» Новому Свету европейские колонизаторы. 

Статья с результатами исследования вышла в Science. Ее авторы проанализировали 13 образцов костей из археологического памятника Камаронес-9 на севере Чили. Он относится преимущественно к Позднему горизонту и датируется 1400–1536 гг., а культурно связан в первую очередь с империей инков. Человеческие останки, обнаруженные на этих раскопках, представляли собой естественные мумии; умерших хоронили, завернув в двухцветные одеяла из верблюжьей шерсти.

Ученые выявили два заражения оспой — в одном случае это была женщина возрастом 30–35 лет, в другом мужчина 18–20 лет (возраст оценен по морфологии и состоянию костной ткани). В обоих случаях вирусные геномы выделили из фрагментов бедренной кости. 

Анализ геномов самих индивидов подтвердил их принадлежность к коренным народам Америки без следов европейского происхождения. Их митохондриальные гаплогруппы — A2+(64) у женщины и B2 у мужчины — классифицируются как панамериканские. Прямое радиоуглеродное датирование волос одной из мумий относит ее к 1398–1700 гг. н.э., то есть периоду до испанской колонизации или ее начало.

Кожные поражения, задокументированные на некоторых останках, до этого объяснялись хроническим воздействием мышьяка — его уровень в тканях действительно был повышен. Однако авторы уточняют, что люди из Камаронес-9 могли одновременно с этим болеть оспой. Остеологические признаки этой инфекции не искали до того, как выявили ее возбудителя в останках. 

Последовательности выделенных вирусных геномов идентичны на 99,912%; авторы заключают, что оба человека заразились во время одной и той же вспышки или по крайней мере одним штаммом. В обоих геномах обнаружились признаки древней ДНК, например, характерные паттерны дезаминирования или длины коротких фрагментов. 

Затем ученые сравнили выделенные геномы оспы с уже известными современными и древними геномами. На филогенетическом древе оба образца оказались между двумя основными кладами — раннесредневековых европейских штаммов и современным (до XX века) вирусом оспы. Анализ с использованием молекулярных часов показал, что обнаруженный штамм разошелся с современными европейскими линиями вируса оспы около 1296 г. н.э. С учетом филогении и радиоуглеродного датирования оба коренных жителя Чили, вероятно, погибли между 1492 и 1631 гг. н.э. (ученые исходят из того, что до 1492 года европейских колонизаторов в Америке не было). 

Исследователи заключают, что найденный ими штамм вируса оспы Старого Света, впоследствии вымерший, был завезен на американский континент, хотя нельзя исключать и возможность того, что туда попала и линия, предковая для всех более штаммов XX века. Тем не менее, полученные данные служат редким прямым доказательством того, что в колониальной Южной Америке циркулировал конкретный штамм, отделившийся от древних европейских линий. 

Натуральная оспа поражала людей со времен Древнего Египта