Картирован важный регион 22-й хромосомы

Используя передовые методы визуализации, исследователи нанесли на карту малоизученную область человеческого генома в хромосоме 22 — 22q11, богатую низкокопийными повторами.

Изображение:

Majcot | Shutterstock.com

Считается, что картирование нашего генома было закончено в 2003 году, по завершении проекта «Геном человека». Тем не менее отдельные участки до сих пор «оставались в тени» из-за несовершенства существующих технологий секвенирования. Окончательную последовательность генома мешают получить повторы в ДНК, в частности, так называемые низкокопийные повторы (LCR).

Авторы статьи, опубликованной в Genome Research, создали карту ранее не исследованной области человеческого генома — LCR участка 22q11 хромосомы 22. Для этого они использовали волоконную флуоресцентную in situ гибридизацию (fiber-FISH — флуоресцентную гибридизацию с депротеинизированной ДНК, вытянутой и закрепленной на подложке) и оптическое картирование Bionano (технология построения карт рестрикции длинных фрагментов ДНК, также закрепленных на подложке, обработанных рестриктазами и окрашенных флуоресцентными красителями).

Анализ 187 клеточных линий выявил беспрецедентный уровень вариативности LCR на данном участке хромосомы — аллели варьировали по длине от 250 до 2000 т.п.н. Кроме того, было обнаружено заметное разнообразие частоты наблюдаемых аллелей LCR в разных популяциях.

Генетическая нестабильность региона 22q11, чаще представляемая в медицине в виде делеции 22q11, приводит к появлению ряда симптомов, включающих умственную отсталость, иммунную недостаточность, пороки развития органов, расстройства аутистического спектра и шизофрению. При этом отмечается широкая гетерогенность клинических проявлений заболевания у пациентов даже внутри одной семьи.

Авторы уверены, что понимание структурной организации данного региона позволит уточнить роль вариабельности LCR как движущей силы перестроек 22q11 и фенотипической изменчивости среди пациентов с синдромом del22q11, а наличие подробной карты критического региона генома позволит в будущем оценивать риски рождения детей с такой патологией по анализу LCR родителей.

Источник

Wolfram Demaerel, et al. // The 22q11 low copy repeats are characterized by unprecedented size and structural variability. // Genome Research, 2019; 29 (9): 1389; DOI:  10.1101/gr.248682.119

Добавить в избранное

Вам будет интересно