Кольцевые РНК рака молочной железы: биомаркеры и регуляторы?

Международная команда исследователей обнаружила в 348 образцах рака молочной железы 95843 кольцевых РНК. При помощи специального алгоритма были определены их профили, ассоциированные с различными типами рака.

Изображение:
Marisha | Shutterstock.com

Ковалентно замкнутые кольцевые молекулы РНК (circRNA) — особый класс РНК. Долгое время молекулярные биологи обходили их стороной, но развитие технологий секвенирования позволило более пристально изучать circRNA и их участие в развитии заболеваний.

Исследовательская группа под руководством ученых из Медицинского центра Университета Эразма Роттердамского при помощи секвенирования РНК со случайными праймерами проанализировала 348 образцов первичного рака молочной железы. На второй стадии исследования использовали улучшенный алгоритм для идентификации кольцевых РНК и обнаружили 95843 circRNA, из которых 21% встречался более чем в одном образце. Рекорд поставила circCDR1, обнаруженная в 339 из 348 образцов. Помимо этого, были выявлены ранее описанные кольцевые РНК, например, CAMSAP1, FBXW4, MAN1A2, RNF220, ZBTB44 и XIST.

Интересно, что присутствие многих РНК, соответствующих известным интронам, не коррелировало с экспрессией генов содержащих эти интроны, — вероятно, такие РНК имеют самостоятельную функцию. (См. недавнюю интересную новость об интронах дрожжей как регуляторах метаболизма.) И действительно, нокдаун circCNOT2, опосредованный малой интерферирующей РНК, снижал жизнеспособность культивируемых раковых клеток.

Ученые определили профили кольцевых РНК, связанные с подгруппами рака молочной железы, а также клиническими и биологическими характеристиками, такими как статус ER-рецепторов, лимфоцитарный инфильтрат опухоли, индекс пролиферации и прогноз выживаемости для пациентов.

Было показано что за счет большей стабильности по сравнению с линейным аналогом circCNOT2, выделенная из плазмы, может рассматриваться в качестве потенциального неинвазивного биомаркера — например, для прогноза ответа рака молочной железы на терапию ингибиторами ароматазы.

Авторы статьи в Genome Research планируют дальнейшие исследования и полагают, что выбрать наиболее интересные кольцевые РНК позволят оценки корреляций между кольцевой молекулой и ее линейным транскриптом, наличие вблизи старт-кодона и известных сплайсинговых соединений. Как отмечается в обсуждении результатов: «Методология и критерии отбора, которые мы использовали, возможно, помогут лучше понять кажущиеся хаос и путаницу в цепочке от ДНК к РНК и к белку. Кольцевые РНК показали, что способны действовать как регуляторы транскрипции РНК, в дополнение к перспективе их использования в качестве стабильных биомаркеров прогрессирования заболевания».

Источник

Marcel Smid et al. // The circular RNome of primary breast cancer. // Genome Res, 2019; 28 January 2019; DOI: 10.1101/gr.238121.118
Добавить в избранное

Комментарии

Вам будет интересно