«Кракен» — новый субвариант штамма омикрон SARS-CoV-2

В 2023 году в мире по-прежнему царят субварианты штамма омикрон SARS-CoV-2. Коинфекция разными субвариантами приводит к появлению рекомбинантных вирусов, так, XBB — продукт рекомбинации субвариантов BA.2.10.1 и BA.2.75 («Кентавра»). Он был детектирован в августе 2022 года в Индии, а затем в других азиатских странах. Точка стыка двух предковых геномов расположена в гене S-белка, который отвечает за проникновение вируса в клетку: его изменчивость очень важна для уклонения от иммунного ответа.

В декабре вышла статья, авторы которой продемонстрировали, что субварианты BQ.1 и BQ.1.1 (они получили название «Цербер»), а также XBB и XBB.1 хуже нейтрализуются сыворотками вакцинированных и инфицированных людей, в том числе тех, кто был привит бивалентной мРНК-вакциной — против уханьского штамма и субварианта омикрона BA.5. Запатентованная в ноябре российская вакцина от НИЦЭМ им. Н.Ф.Гамалеи против дельты и омикрона, скорее всего, также покажет сниженную эффективность.

К настоящему времени сформировались пять основных сублиний XBB (от XBB.1 до XBB.5), и на XBB.1 приходится большинство случаев. В США доминирует XBB.1.5, получивший название «Кракен». Он является наиболее трансмиссивным и может спровоцировать новый рост заболеваемости во всем мире. Число людей, инфицированных XBB.1.5, удваивается в США примерно каждые две недели, заявила Мария Ван Керхове, технический руководитель ВОЗ по COVID-19. По ее словам, XBB.1.5 был обнаружен в 29 странах, но возможно, этот список неполон: отслеживать новые варианты стало труднее, поскольку секвенирование геномов коронавируса во всем мире сокращается. В России не сообщалось о случаях, вызванных XBB.1.5, но присутствуют XXB 1.3 и 1.4. (Upd: О первом случае, обнаруженном в Пензенской области, сообщили 12 января.)

По словам Ван Керхове, у ВОЗ пока нет данных о том, насколько тяжелое заболевание вызывает XBB.1.5, но нет и указаний на повышенную тяжесть. Однако продолжительная циркуляция и широкое распространение новых субвариантов дает возможности для появления новых и более опасных вирусов.

В Китае сейчас растет число случаев заболевания и госпитализаций после отказа от политики «нулевого COVID-19», который последовал за протестами общественности в конце прошлого года. При этом Китай занижает количество смертей от COVID-19, заявил на прошлой неделе Майк Райан, глава программы ВОЗ по чрезвычайным ситуациям в области здравоохранения. «Мы считаем, что текущие данные, публикуемые в Китае, не отражают истинного влияния болезни на госпитализацию, госпитализацию в отделение интенсивной терапии и особенно на смертность», — сказал Райан на еженедельной пресс-конференции ВОЗ. Однако Пекинский центр по контролю и профилактике заболеваний сообщил ВОЗ, что на субварианты BA.5, BA.5.2 и BF.7 приходится около 98% всех инфекций в стране, таким образом, текущая вспышка вызвана не «Кракеном».

XBB.1.5 примерно так же хорошо уклоняется от антител, как и XBB и XBB.1. Но у XBB.1.5 есть мутация, которая вызвала замену аминокислоты в S-белке — серина на пролин в положении 486: это позволяет ему прочнее связываться с клеточным рецептором ACE2. Тем не менее эксперты говорят, что трудно понять, определяется ли распространение XBB.1.5 свойствами вируса или большей социальной активностью людей в конце года

Авторы исследования, опубликованного на прошлой неделе, сравнили свойства псевдовирусных частиц, имитирующих коронавирусы XBB.1, B.1 и BA.5. Cпособность проникать в культивируемые клетки у псевдовирусов XBB.1 была такой же или сниженной. (Было бы интересно проверить этот параметр у «Кракена» с его мутацией.) Зато индивидуальные моноклональные антитела или коктейли из них, которые успешно нейтрализовали B.1, оказались неэффективными против XBB.1, за исключением сотровимаба и S2H97, хотя и их эффективность снизилась более чем в 10 раз. (В другой работе показано, что высокоэффективным против XBB.1.5 осталось антитело SA55, так что даже «Кракен» не всемогущ.) Сыворотка крови трижды вакцинированных лиц практически не имела определяемой нейтрализующей активности в отношении XBB.1; слабую нейтрализующую активность показала сыворотка переболевших во втором полугодии 2022 года. И в этом исследовании четвертая нейтрализация моновалентной или бивалентной вакциной не предотвратила снижения.

С другой стороны, исследование, опубликованное вчера на bioRxiv, показало, что бивалентная вакцина существенно усиливает нейтрализацию субвариантов омикрона, в том числе и XBB, если сравнивать с теми, кто этой вакцины не получил. Нейтрализация не достигает уровней, характерных для других штаммов, но все же растет.

Исследователи подчеркивают, что в качестве основных вариантов лечения инфекции, вызванной новыми субвариантами, стоит рассматривать Паксловид, молнупиравир или ремдесивир, а не моноклональные антитела.