Массовое геномное профилирование опухолей позволяет назначить таргетную терапию большему числу пациентов

В последнее десятилетия все более важную роль в лечении онкологических заболеваний играют таргетная терапия (ингибиторы рецептора эпидермального фактора роста, тирозинкиназы и др.) и иммунотерапия (в том числе ингибирование контрольных точек иммунитета). На фоне быстрой эволюции методов персонализированных терапий «бутылочным горлышком» в процессе лечения все чаще становится геномное профилирование опухоли, необходимое для назначения данных видов терапии. Устаревшие методы тестирования, экономические факторы, сомнения лечащего врача в необходимости геномного профилирования — эти и другие факторы препятствуют своевременному выбору терапевтических мишеней. Исследователи из медицинского центра Providence Health в Портленде (США) разработали принципиально новый подхода к геномному профилированию.

Для анализа применялась разработанная исследователями NGS-панель, включающая секвенирование ДНК или (для идентификации возможных слияний) ДНК/РНК 523 генов. Ранее геномное профилирование назначал лечащий врач, причем обычно это было тестирование небольшими панелями, включающими 5–50 генов. Новый протокол переместил геномное профилирование на более ранний этап — его назначал патологоанатом, проводящий анализ биопсий. Все процедуры NGS финансировались в рамках исследовательского протокола, что исключало возможные экономические препятствия. В итоге, хотя тестирование занимало столько же времени, результат был доступен еще до первого визита к онкологу (медиана за 12 дней до визита, в сравнении с днём визита для стандартного протокола).

В исследование были включены 3216 пациентов, прошедших тестирование между сентябрем 2019 года и ноябрем 2021-го. У 88% из них были обнаружены метастазы, 40% были помещены в хоспис, 33% скончались за время проведения исследования.

У 49% были обнаружены биомаркеры, которые можно было использовать для назначения одобренных терапий. Наиболее часто обнаруживались высокий уровень мутационной нагрузки (tumor mutation burden, 22%), значимые мутации в гене BRAF (22%) и EGRF (4%), также наблюдался высокий уровень мутаций в генах-супрессорах опухолей.

Кроме того, 53% пациентов подходили по критериям для одного из трех корзиночных клинических исследований (basket trials — исследования, в которых участвуют пациенты с разными типами опухолей, несущих одну и ту же мишень) и могли получить лечение, хотя одобренных методов для их заболевания еще не существует. Если бы те же пациенты были протестированы по маркерам, включенным в обычную панель из 50 генов, среди них удалось бы выявить только 26%, подходящих под критерии КИ. Всего по результатам исследования у 67% пациентов были идентифицированы биомаркеры, которые можно было использовать при выборе стратегии лечения (в сравнении с 33% для панели из 50 генов).

Анализ выбранных методов лечения показал, что идентификация биомаркеров влияла на выбор терапии. Так, среди больных с идентифицированными мишенями таргетной терапии 58% получали именно ее, 18% химиотерапию. Пациенты с маркерами для иммунотерапии получали ее в 54% случаев (включая в комбинации с химиотерапией), только химиотерапию — в 32%.

Среди пациентов, выбравших таргетную терапию, медиана выживаемости составила 25 месяцев, в сравнении с 17 для химиотерапии (отношение рисков 0,66). Значимых различий для групп иммунотерапии не наблюдалось, возможно, из-за малого размера выборки.

Таким образом, массовое геномное профилирование позволяет быстрее и эффективнее определять возможность проведения персонализированных терапий, которые, в свою очередь, демонстрируют большую эффективность в сравнении с химиотерапией.

Протеогеномное профилирование рака: данные и инструменты