«Мы работаем в городской клинике, которая в первую очередь ориентирована на пациентов»

Продолжаем цикл интервью с руководителями секций и спикерами конференции «Молекулярная диагностика 2023» на PCR.NEWS. Мы попросили наших собеседников рассказать о своих научных интересах, о значимых событиях и трендах в науке и медицинской практике и о том, что интересного ожидается в ближайшем будущем. О современной онкогенетике рассказывает Ирина Анатольевна Демидова, к.м.н., врач — лабораторный генетик, заведующая лабораторией молекулярной биологии Московской онкологической больницы №62.

Одно из основных направлений нашей работы — диагностика наследственных форм рака, в частности, рака молочной железы и яичников. Кроме того, мы занимаемся определением таргетных мутаций для назначения соответствующей терапии больным с онкологическими заболеваниями.

Мы занимаемся высокопроизводительным секвенированием с 2014 года. В последние годы гораздо более интенсивно, потому что часть этих исследований вошла в Программу госгарантий РФ. Такие исследования, как определение мутаций в генах BRCA1 и BRCA2 при целом ряде нозологий. Конечно, мы следим, каким образом развивается эта диагностика, потому что секвенирование, выявляющее целый ряд мутаций зачастую не очень понятного клинического значения, требует постоянного контакта с базами данных, постоянного контроля за выходящими новыми сведениями, функциональными исследованиями, новыми принципами классификации сложных вариантов, и так далее. Без этого в настоящий момент совершенно невозможно.

В течение нескольких последних лет мы занимаемся и таргетным секвенированием, в основном при раке легкого. Понятно, почему: потому что именно эта нозология насыщена большим количеством генетических аберраций, для которых у нас есть таргетная терапия. Все это прежде всего направлено на лечение больных — мы работаем в городской клинике, которая в первую очередь ориентирована на пациентов. Мы следим за работой ведущих центров, занимающихся секвенированием. Например, Memorial Sloan Kettering Cancer Center публикует достаточно большое количество новых данных по выявленным редким генетическим вариантам. Для нас эта информация важна, поскольку мы все чаще встречаемся со сложными вариантами, которые нужно правильно характеризовать и дать валидную информацию клиницистам, чтобы они понимали, возможна ли модификация лечения для тех пациентов, у которых все это обнаружено.

Кроме того, сейчас у нас выполняется достаточно большой грант для определения молекулярных подтипов колоректального рака, где мы тоже делаем весьма обширную работу по высокопроизводительному секвенированию. Запланировано обследование тысячи больных, пока мы сделали только 500, будем надеяться, что в ближайшее время нам удастся собрать всю эту информацию, и какие-то первые результаты будут опубликованы. Понятно, что рассматриваются и другие опухоли, которые нуждаются в секвенировании: опухоли без выявленного первичного очага, редкие опухоли, где мы зачастую не знаем, что искать, — там используются более широкие панели. В обычной практике у нас таргетные панели не очень большие, 20-30-генные ДНК и РНК-ориентированные панели, поскольку мы смотрим на доступность препаратов в нашей стране, чтобы дать пациенту реальную надежду.

Интересного происходит много, постоянно. Основной тренд последних лет – это все возрастающий запрос на проведение исследований методом высокопроизводительного секвенирования. Это говорит о том, что повышается информированность клиницистов о том, что этот метод оптимален для обследования пациентов, и это всегда очень радует. За этот год суммарно у нас будет около 3000 исследований этим методом, а, например, в 2019-м было 250 образцов в год, и до этого примерно такое же количество. Конечно, большой прогресс.

Из новых для нас исследований, то, что нас интересует в первую очередь и с чем мы собираемся работать в следующем году, — это определение дефицита гомологичной рекомбинации при различных опухолях, поскольку сейчас появились очень интересные новые лечебные подходы. Я думаю, что нам удастся накопить достаточно большое количество данных для оценки аналитической валидности и клинической значимости этого метода. Конечно, это уже более сложное исследование по сравнению с тем, с чем работали раньше.

Еще из интересного — работа с циркулирующими нуклеиновыми кислотами. С циркулирующей опухолевой ДНК мы работаем достаточно давно. Основная сфера применения – это рак легкого. Сейчас мы видим, что эта сфера расширяется. И хотим попробовать вместе с нашими коллабораторами поработать с секвенированием — до этого мы работали в основном с цифровой ПЦР. Они разработали новый очень интересный подход, который позволяет с высокой чувствительностью увидеть варианты в циркулирующей опухолевой ДНК в довольно обширном спектре. Также мы запланировали работу с другими коллабораторами по изучению циркулирующей опухолевой РНК. Это более сложная задача.

Секвенирование единичных клеток опухоли и микроокружения существуют пока исключительно как научные разработки. Мы не говорим о том, что в ближайшее время эти исследования будут включены в рутинную практику. Но у нас есть соглашение с коллабораторами о начале работы в этой области, в первую очередь для определения возможностей применения иммунотерапии для пациентов. Это работа с различными клонами Т-клеток. Пока планируется начальная фаза исследований, надеемся, что из этого что-то получится.