На территории древнего города майя до сих пор живут их потомки
Анализ семи древних геномов из Копана — одного из ключевых центров классической цивилизации майя — позволил установить происхождение обитателей этого города и реконструировать колебания их численности. Основное население Копана происходило от местных популяций позднеархаического периода цивилизации майя, а в раннеклассический период к ним добавился небольшой вклад генетических линий Мексиканского нагорья. Численность населения города быстро росла в период его расцвета, а около 1200 лет назад резко сократилась. Это совпадает по времени с засухами, социальным кризисом и последующим крахом цивилизации майя.

Город Копан, расположенный на территории современного Гондураса, был крупным политическим, религиозным и культурным центром в классический период цивилизации майя (около 250–950 гг. н.э.). Считается, что династия правителей Копана была основана в 426/427 году н.э. и просуществовала около 400 лет. Археологические и эпиграфические данные указывают на высокий уровень социальной стратификации и связи с другими городами Мезоамерики, однако до сих пор генетический состав его населения оставался практически не изучен. Международная группа ученых проанализировала древние геномы из Копана, чтобы понять происхождение его населения, выявить генетические связи с другими регионами и проследить демографические изменения, связанные с расцветом и упадком города.
Авторы работы извлекли и секвенировали геномы из костных останков семи человек, найденных в Копане и датированных классическим периодом майя. Анализ ДНК включал оценку митохондриальных и Y-хромосомных гаплогрупп, генетическое родство с другими древними и современными популяциями, а также моделирование популяционной структуры, родственных связей и изменений численности населения. Генетические данные сравнивали с обширной базой древних и современных геномов из Америки и Сибири.
Генетические данные показали, что население Копана тесно связано с позднеархаическими популяциями Белиза (5 600–3 700 лет назад), с майя из Чичен-Ицы (поздний классический период) и современными майя из Мексики. Один из исследованных индивидов (CpM13), вероятно, принадлежал к царской династии, еще один (CpM12), по-видимому, был принесен в жертву и обладал минимальным (нулевым) социальным рангом при жизни.
Начиная с раннего классического периода, в геномах жителей Копана обнаруживаются признаки генетического смешения с населением Мексиканского нагорья (например, сапотеками), хотя доля примеси невелика — около 6%. В других регионах, например, в Чичен-Ице, эта доля значительно выше. Результаты анализа указывают на то, что генетическая преемственность в регионе сохранялась от позднего архаического периода до колониального времени и даже современности.
Моделирование численности населения показало рост в период расцвета Копана (эффективная популяция достигала 19 тысяч человек), за которым последовало резкое снижение примерно 1 200 лет назад — в эпоху политического краха, совпадающего с засухами и социальным кризисом.
Полученные данные указывают на то, что в формировании населения Копана большую роль играла местная генетическая линия, связанная с древними популяциями региона, а примесь с Мексиканского нагорья добавилась уже в процессе становления государства. Это подтверждает гипотезу о том, что правящие элиты могли быть выходцами из других регионов, но включались в местное общество через брачные и политические союзы. Кроме того, выявленное снижение численности населения совпадает с археологическими и климатическими свидетельствами кризиса классической цивилизации майя.