О лабораторной кухне и вкусных решениях

Татьяна Буканова, менеджер SkyGen по молекулярной биологии и NGS, неожиданно задала интригующий вопрос о том, кто считает свой эксперимент вкусным. Публика восприняла его с оживлением, и многие подняли руки.

Credit: Оксана Сорокина

А теперь давайте представим, что NGS-эксперимент — это бургер, где нижняя булочка — это выделение и контроль качества нуклеиновых кислот, котлетка – это подготовка библиотеки для секвенирования и проверка ее качества, а верхняя булочка – это секвенирование и анализ данных.

На этапе выделения и контроля качества нуклеиновых кислот при выборе наборов ученым в первую очередь важны качество полученного материала, простота и скорость использования, совместимость с различными платформами для выделения и широкий спектр наборов под различные биоматериалы.  

SkyGen NA Extraction — это продукты под собственным брендом, которые удовлетворяют всем требованиям к наборам для выделения нуклеиновых кислот.

После выделения ДНК или РНК проверяют их качество. Для этого ученые обычно используют прибор Qubit и специальные наборы, при выборе которых важны точность и чувствительность, простота в использовании, высокая специфичность, воспроизводимость.

Наборы от Vazyme (Китай) — готовая смесь, когда не нужно ничего дополнительно смешивать.  Внутри есть все необходимые соусы для вашего блюда. Что в том числе позволяет исключить ошибки на первом этапе. Цена у наборов приятная, в 2,3 раза меньше, чем у Thermo Fisher.  SkyGen с мая 2022 года является дистрибьютором Vazyme.

Второй этап, наша котлетка — это подготовка библиотеки для секвенирования. Он состоит из нескольких подэтапов: фрагментация ДНК, отбор фрагментов по размеру, контроль качества, лигирование адаптеров/баркодирование и амплификация/очистка. На что в первую очередь обращают внимание ученые? Важны платформа, на которой они планируют провести эксперимент, универсальность и возможность работать с различными образцами, в том числе FFPE, направление исследования и дополнительные опции, они у всех разные.

Vazyme поставляет готовые наборы, модули, адаптеры, ферменты, магнитные частицы. Наборы подходят для любой платформы Illumina, MGI, Ion Torrent, дают возможность работать с FFPE-образцами, свободно-циркулирующей ДНК (сцДНК), исследовать геном, экзом, транскриптом, метилом, эпигенетику, проводить таргетное секвенирование и секвенирование единичных клеток. Кроме того, наборы Vazyme совместимы с ферментативной, физической, транспозазной фрагментацией.

Если хотите, чтобы NGS-кухня работала непрерывно, то вам подойдет автоматическая станция для подготовки NGS-библиотек. Это полностью автоматизированная система, доступны различные приложения. У нее есть 24 функциональные зоны, независимые модули, 96-канальный дозатор и две камеры высокой четкости.

На кухне не обойтись и без специального оборудования. У SkyGen есть соникаторы Bioruptor от Diagenode для фрагментации ДНК, а также приборы для получения более длинных фрагментов — Megaruptor. Diagenode в первую очередь занимается эпигенетическими исследованиями, у них есть уникальные наборы. Татьяна советовала обратить на них внимание всем, от новичков до людей с большим опытом.

Есть у SkyGen и новинки — таргетные панели для секвенирования Celemics (Южная Корея). Есть как готовые панели, так и кастомные. Возможен дизайн панели с последующей проверкой качества, чтобы убедиться, все ли интересующие варианты входят в анализ, и рассчитать количество образцов для оптимальной загрузки ячейки секвенатора. 

Credit: Юлия Панченко

А для тех, кто устал от секвенирования смеси нуклеиновых кислот всех клеток образца и хочет вывести свое исследование на новый уровень, заняться высокой кухней, SkyGen предлагает продукцию для секвенирования единичных клеток от 10x Genomics. Кроме работы с суспензиями, есть еще возможность работы с тканями — пространственная транскриптомика.

После приготовления библиотеки нужно проверить ее качество. SkyGen предлагает для этого продукцию Agilent Technologies.

И финал — секвенирование и анализ данных. В портфолио SkyGen — продукция компании Oxford Nanopore Technologies. На стенде компании можно было увидеть самый компактный секвенатор MinION. Преимущества этой продукции — беспрецедентная длина ридов, качество данных Q20+, прямое одномолекулярное секвенирование, возможность прямого секвенирования РНК, детектирование различных модификаций, секвенирование в реальном времени, низкий порог входа по стоимости и многоразовость ячеек.

Credit: Оксана Сорокина

Реклама. Рекламодатель ООО «Скайджин»

Токен LdtCKhYMj