От клеток к терапии: новые таргеты в диагностике гемоонкологии

erid: 2VfnxwfvGhn

Секция «Геномика опухолевых клеток» на конференции «Биохимия человека-2024» была посвящена преимущественно онкогематологии. Генетический ландшафт острых миелоидных лейкозов (ОМЛ), применение цифровой ПЦР для онкодиагностики, особенности лейкозов у детей первого года жизни — это и многое другое обсуждалось на секции.

Один из представленных докладов был посвящен применению технологии пространственной транскриптомики Visium 10x Genomics в контексте анапластической крупноклеточной лимфомы (АККЛ). Егор Васильевич Волчков, врач-гематолог НМИЦ ДГОИ им. Дмитрия Рогачева и научный сотрудник лаборатории единичных клеток НИИ МКМ РУДН, поделился результатами диагностики АККЛ у детей и рассказал о поиске методов лечения этого заболевания.

АККЛ — редкая форма лимфомы, поражающая в первую очередь органы лимфогенеза. Она происходит из тимических клеток и составляет 10–15% случаев неходжкинских лимфом у детей, причем 95% АККЛ относятся к одному подтипу — с мутацией киназы ALK. Эти опухоли, как правило, хорошо отвечают на терапию, однако довольно часто у пациентов случаются рецидивы. При этом практика показывает, что выбор агрессивных режимов химиотерапии не всегда является оптимальной стратегией лечения.

АККЛ имеет признаки самых разных стадий созревания Т-клеток в тимусе и нарушений этого процесса. Наблюдаются как вариации иммунофенотипа Т-клеток, так и перестройки Т-клеточного рецептора (TCR), и различные морфологические паттерны

АККЛ, как и любая другая опухоль, крайне тесно взаимодействует со своим микроокружением, которое влияет на развитие онкозаболевания и прогноз для пациента. Показано, что преобладание М2-макрофагов в опухоли связано с неблагоприятным прогнозом.

В качестве ключевого метода диагностики и характеризации опухолевых клеток использовали технологию пространственной транскриптомики Visium от 10x Genomics. 

«При балковой транскриптомике мы видим некую среднюю картину по образцу и не можем понять, из каких клеток он состоит, — объясняет Егор Волчков. — Далее появилась технология, которая позволяет увидеть, какие клетки в образце — это секвенирование единичных клеток. Понимание, как же клетки формируют ткань или орган, обеспечивает появившаяся технология пространственной транскриптомики».

Принцип технологии основан на использовании среза ткани в парафине (FFPE). С помощью специальных слайдов с зонами захвата каждый транскрипт крепится к пространственным баркодам, на которых затем основывается картирование. Транскриптомика в данном методе сочетается с гистологическим анализом, и совокупность их результатов позволяет получить пространственную картину экспрессии генов в образце.

В исследовании анализировали ткани двух пациентов с АККЛ — для этого использовали образцы биопсии в парафиновых блоках. Из-за низкой доступности референсных данных исследователи прибегли к безреференсной аннотации.

Анализ показал высокое содержание М2-макрофагов в гистологическом материале, который соответствовал самому агрессивному клиническому течению. Также среди подмножества обнаруженных в опухоли Т-клеток было очень много TIM3⁺ T-лимфоцитов — их дисфункциональной разновидности. Среди опухоль-ассоциированных фибробластов исследователи нашли сразу четыре подмножества, которые обладали рядом иммуносупрессивных функций и могли поддерживать строму опухоли.

Исходя из этого, ученые смогли реконструировать целую лимфомную нишу и объяснить, из каких компонентов в данном случае состоит опухолевое микроокружение и как оно повлияет на развитие заболевания и выживаемость пациентов.

В заключение докладчик еще раз отметил, что обнаруженные ими в опухоли нефункциональные TIM3⁺ T-клетки — перспективная мишень для терапии. По-видимому, это один из механизмов, с помощью которых опухолевые Т-лимфоциты уходят от иммунного надзора. На основе полученных данных планируются клинические исследования антител к TIM3 на пациентах с АККЛ. 


Реклама. Рекламодатель ООО «СКАЙДЖИН» ИНН 7705997147