Отраслевой комплекс мероприятий OpenBio-2022 стартовал в Кольцово

На торжественном открытии площадки с приветственным словом выступили заместитель губернатора Новосибирской области Ирина Мануйлова, мэр Кольцово Николай Красников, председатель Объединенного ученого Совета СО РАН по биологическим наукам и академик РАН Валентин Власов, председатель Совета ассоциации «Биофарм», профессор НГУ и академик РАН Сергей Нетёсов. Руководитель OpenBio-2022 Юлия Линюшина перерезала ленточку и дала старт событию.

Секцию «Вирусология» открыл Сергей Альховский (НИЦЭМ им. Гамалеи, Москва) установочной лекцией «Истоки пандемии COVID-19: экология и геномика SARS-подобных вирусов летучих мышей». Он рассказал о работе, посвященной новым коронавирусам летучих мышей Хоста-1 и Хоста-2. Коронавирусы были обнаружены на юге России. Исследование выполнено в коллаборации с НИИ медицинской приматологии РАН (Сочи) и Сочинским национальным парком. Некоторые летучие мыши, попавшие в исследование, были найдены в подвале НИИ приматологии. Отвечая на вопросы слушателей, Альховский сказал, что находка была неожиданной, и в настоящее время планируется серологический анализ приматов и сотрудников на антитела к Хосте-1 и Хосте-2. В дискуссии с Нетёсовым спикер заметил, что он придерживается гипотезы природного происхождения SARS-CoV-2, хоть и не исключает, что природный изолят мог сбежать из вирусологической лаборатории.

Доклады секции «Вирусология» охватили патогены растений, животных и человека, в том числе зоонозные.

Два доклада были посвящены вирусу африканской чумы свиней. Андрей Кольцов рассказал об экспрессии белка CD2v вируса АЧС с использованием гетерологичного вирусного вектора. В качестве вектора был выбран вирус миксомы кроликов, так как он обладает большой емкостью генома — в него можно поместить вставку размером до 25 кб. Белок CD2V, экспрессированный таким образом, можно использовать для диагностической реакции задержки гемадсорбции. Галина Кольцова представила данные по экспрессии генов в моноцитах, полученных от иммунизированных свиней, при гомо- и гетерологичной инфекции. Эксперимент проводился in vitro. Использовались штаммы K49 и M78 вируса АЧС. Кольцова отметила, что гомологичная инфекция, в отличие от гетерологичной, не повышала уровни интерферонов. Кроме того, гены эндо- и фагоцитоза ингибировались при гомологичной экспрессии, а при гетерологичной — наоборот. Оба спикера работают в ФИЦ ветеринарной вирусологии и микробиологии (Покров, Владимирская обл.).

Доклад Дмитрия Бабошко (ФГБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора, Кольцово, Новосибирская обл.) был посвящен генетическому разнообразию вируса лейкоза крупного рогатого скота в Новосибирской области. С помощью ПЦР-анализа образцов крови оценивалась распространенность вируса у коров из крупных и частных хозяйств. Она оказалась довольно высокой и в некоторых хозяйствах превышала 70%. Анализ геномов вируса выявил циркуляцию двух генотипов, 7 и 4, причем преобладал генотип 4. В исследовании были получены полные геномы обоих генотипов, что важно, так как в базе GenBank геномов генотипа 7 нет. Кроме того, были найдены мутации в регионе вируса, отвечающего за его онкогенный потенциал. Бабошко отметил, что есть данные по онкогенности вируса лейкоза крупного скота для людей. Так, ДНК этого вируса была обнаружена в тканях рака молочной железы. Работ на эту тему мало, и их данные неоднородны, однако, по мнению Дмитрия Бабошко, такие исследования необходимы, и его группа планирует заняться ими. Кроме того, Бабошко участвует в проекте по созданию здорового стада (свободного от вируса лейкоза КРС), который проводится на базе одного из крупных хозяйств.

Несколько докладов были посвящены SARS-CoV-2. Анна Есьман (ЦНИИЭ, Москва) и Анна Чистякова (Институт экспериментальной медицины, Санкт-Петербург) рассказали о применении пиросеквенирования в генотипировании вируса. Доклад Анны Есьман был посвящен разработке скринингового подхода, позволяющего быстро определить штамм SARS-CoV-2. Он сочетает ПЦР в реальном времени и пиросеквенирование. Подход нацелен на выявление характерных для штамма инсерций, делеций и SNP. Разработка началась в 2021 году со штамма альфа, с тех пор система расширяется и сейчас включает праймеры, выявляющие мутации омикрона. По словам Есьман, она работает как конструктор и в настоящее время позволяет определить 26 мутаций. Если возникнет необходимость адаптации системы под новые штаммы, можно будет быстро добавить новые мишени. Есьман также отметила, что омикрон детектируется независимо от сублинии. В 2022 году ее применили для скрининга коронавируса в Московском регионе.

Анна Чистякова поделилась протоколами пиросеквенирования для генотипирования распространенных вариантов SARS-CoV-2 с использованием прибора PyroMark (Qiagen). Протоколы прошли апробацию на коллекционных штаммах с известной последовательностью. Праймеры подбирались так, чтобы формы пирограмм различались для разных штаммов.

Глеб Кудров (ФГБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора, Кольцово, Новосибирская обл.) рассказал о моделировании COVID-19 на морских свинках. В настоящее время морская свинка не является моделью этой инфекции, данных о ее протекании у этого животного нет. Данные Кудрова свидетельствуют о том, что вирус вызывает поражения легких у морских свинок, и гистологическая картина поражений схожа с таковой для пациента, скончавшегося от COVID-19.

Екатерина Спиридонова (ФГБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора, Кольцово, Новосибирская обл.) представила гистологические данные по поражению легких у сирийских хомячков, зараженных SARS-CoV-2. Из всех рассмотренных штаммов наиболее тяжелые повреждения вызывал штамм бета.

Об обнаружении новых вирусов рыжих полевок в районах, эндемичных по геморрагической лихорадке с почечным синдромом, рассказала Юлия Булычева (НИЦЭМ им. Гамалеи). В частности, был найден новый хепевирус. Исследование имеет эпидемиологическое значение, так как рыжие полевки служат основным резервуаром вируса ГЛПС и могут переносить другие зоонозы. К хепевирусам же относится вирус гепатита E.

Доклад Елены Корнеенко (НИИ системной биологии и медицины РПН, Москва) был посвящен генетическому разнообразию вирусов рукокрылых, обитающих на территории РФ. Работа велась в коллаборации с зоологами МГУ им. Ломоносова, они поставляли материал для анализа — помет летучих мышей. В ходе исследования были получены полные геномы нового MERS-подобного вируса и альфакоронавируса, родственного изоляту из Дании. Корнеенко отмечает, что одна особь может быть инфицирована несколькими коронавирусами, в том числе разных родов, например, альфа- и бетакоронавирусом.

Кирилл Елфимов (ФГБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора, Кольцово, Новосибирская обл.) представил доклад «Создание модельной системы развития ВИЧ-инфекции in vitro на основе инфекционного молекулярного клона ВИЧ и модифицированной клеточной культуры MT-4/EGFP». В геном клеток зашит зеленый флуоресцентный белок, а в геном вируса — красный. Жизнеспособные клетки светятся зеленым. При заражении клетки гибнут, сила зеленого сигнала падает, красного — растет. Преимущество системы в ее стабильности. Геном ВИЧ весьма изменчив, молекулярные клоны же стабильны. Это дает возможность использовать систему для разработки противовирусных препаратов, нацеленных на локально циркулирующие штаммы, и снимает необходимость получать для экспериментов живой вирус из одной и той же культуры.

Ольга Собко (ФИЦ агробиотехнологий Дальнего Востока им. А.К. Чайки, г. Уссурийск) представила данные по накоплению фитовирусной нагрузки в картофеле при отсутствии обновления посадочного материала. Она анализировала изменения, произошедшие на картофельном поле с 2020 по 2022 год. В 2022 году зараженность картофеля значительно возросла по сравнению с 2020 годом. ПЦР-анализ выявил смешанную вирусную инфекцию, при этом клинические проявления у каждого растения зависели от качественного и количественного состава поразивших его вирусов. Состав вирусов в свою очередь зависел от произрастающих вокруг поля сорняков-хозяев и насекомых, переносящих вирусы с сорняков на картофель.

В рамках секции также прозвучали доклады Марии Проценко (ФГБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора, Кольцово, Новосибирская обл.) о потенциале растений семейства яснотковых для разработки препаратов против вируса гриппа и Елизаветы Яковчук (ФНЦИРИП им. М.П. Чумакова РАН, Москва) о генетическом разнообразии неполиомиелитных энтеровирусов на территории РФ.

Руководитель OpenBio–2022 Юлия Линюшина рассказала PCR.NEWS о том, чем ее удивил этот год и что намечено на следующий.

Как проводился отбор докладов молодых ученых для конференции? Большой был конкурс?

Участвовали более полутысячи докладов, мы выросли примерно на 50% по сравнению с прошлым годом. Отбор докладов проводился экспертной комиссией, куда входят ученые из различных профильных учреждений. Конкурс в этом году был высокий, в секции «Молекулярной биологии» он достигал десяти на место.

На OpenBio-2022 есть зарубежные участники?

В мероприятии принимают участие 14 стран. Кроме России это страны ближнего и дальнего зарубежья: Латвия, Польша, Индия, Китай, Сирия, Эстония, Белоруссия, Финляндия, Зимбабве, Греция, Казахстан, Узбекистан, Кыргызстан. География очень интересная, она отличается от предыдущих лет. Для меня было приятным сюрпризом большое количество иностранцев.

Чем отличается этот год от прошлого?

Ключевые отличия — рост масштаба и выход биоинформатики в полноценную секцию. В прошлом году она была междисциплинарной, ее интегрировали в четыре классические секции. Это крайне важный момент, потому что сейчас без больших данных ни фармацевтика, ни биологические исследования невозможны.

Еще интересно, что в этом году участников из Москвы больше, чем из Новосибирска, а людей из Санкт-Петербурга примерно столько же, сколько из Москвы. Это означает, что в Центральной России мы больше известны, чем в своем родном регионе, что очень хорошо, потому что мы работаем на федеральном и международном уровне.

Какие у вас планы на следующий год?

Следующий год у нас юбилейный, десятый. Я думаю над новыми форматами. В этом году добавилась усиленная культурная интеграция, мы партнерствуем с Новосибирской консерваторией. Послезавтра в середине дня будет музыкальное приветствие. Artscience тоже хочется усилить и масштабировать. Он был в начале OpenBio, на протяжении восьми лет проводилась фотовыставка «Эстетика микромира». Сейчас для разнообразия мы заменили ее на нашу архивную съемку, но в юбилейном году будет и то, и другое.

Вы планируете поменять здание Биотехнопарка Кольцово на какое-нибудь другое вместе с масштабированием мероприятия?

В этом здании есть атмосфера и приятный антураж. В классических экспоцентрах этого нет, там все серовато и бездушно. Мне важно создавать атмосферу тепла, любви, открытости, чтобы людей это сподвигало на более глубокие диалоги и решение острых вопросов.

Сейчас мы строим конгресс-центр, и я как основатель OpenBio принимаю непосредственное участие в проектировании. Целый этаж формируется под форумные проекты, наша площадка взята за образец.

Подключиться ко всем площадкам OpenBio-2022 можно онлайн: https://online.openbio.ru

Второй день OpenBio-2022: как сделать голубой ячмень и оранжевые дрожжи

Открытый диалог науки и производства состоялся на OpenBio