Параллельное секвенирование онкогенов выгоднее пошагового поиска

Смертность среди больных немелкоклеточным раком легкого (НМРЛ) крайне высока. Почти половина больных узнает свой диагноз на четвертой стадии болезни, из них 31% умирает в течение года. Более быстрый поиск онкогенной мутации у таких пациентов мог бы повысить выживаемость.

Стандартный протокол поиска онкогенов при НМРЛ в Нидерландах предполагает пошаговый поиск 12 онкомаркеров (KRAS, EGFR, PD-L1, NTRK 1,2,3, ROS1, ALK, MET, RET, ERBB2, BRAF). При этом используются разные методы. Мутации в KRAS и EGFR выявляют с помощью относительно дешевых тест-систем Idylla (Biocartis), основанных на количественной ПЦР, продукты ALK, ROS1 и NTRK1,2,3 исследуют методом иммуногистохимии, причем положительный результат, указывающий на онкогенные изменения, еще нужно подтверждать методом флуоресцентной гибридизация in situ (FISH). Если все результаты отрицательные, остальные гены исследуют с помощью таргетной NGS-панели. Затем с помощью FISH исследуют статус гена RET, а положительный результат подтверждают с помощью панели секвенирования РНК.

Если причина онкогенных изменений не выявлена на первых этапах, процедура может значительно растягиваться по времени из-за повторных взятий образцов, плохого их качества и т.д., что уменьшает шанс на своевременное назначение терапии.

Альтернатива последовательным анализам — параллельное исследование методом NGS. В этом случае статус всех перечисленных генов проверяется одновременно — с помощью таргетных ДНК- и РНК-панелей, но стоимость такого анализа значительно выше И последовательная, и параллельная стратегии включают иммуногистохимическое исследование продукта PD-L1.

Нидерландские ученые сравнили обе стратегии по ряду параметров: затраты на диагностику и последующее лечение, время до получения результата, количество неудач и, главное, предполагаемая эффективности терапии. Они включили в модель 100 000 пациентов с типичными мутациями, использовав для этого реальные данные из Голландского регистра патологии, и «поставили им диагнозы» тем и другим способом. Модель учитывала чувствительность и специфичность методов анализа, продолжительность исследований, включая время на переход к следующему этапу диагностики после отрицательного результата на предыдущем этапе.

Выяснилось, что при последовательной стратегии более 30% пациентов не успеют получить результат в течение двух недель (что считается приемлемым с клинической точки зрения). При параллельном тестировании в этот срок не уложились лишь 1,5%, и почти для 90% удалось найти терапевтическую мишень. Последовательное тестирование также дало больше ложноположительных результатов (3,3 против 1,4%).

Последовательное тестирование оказалось дешевле параллельного для 45,5% пациентов, у которых нашли мутации в EGFR и KRAS тестами Idylla, но для тех, кому требовались последующие этапы, стоимость резко возрастала. В среднем разница между последовательной и параллельной стратегиями тестирования в средней стоимости диагностики составляет 158 евро, что делает NGS-тестирование на 17% дешевле. Предполагаемые затраты на лечение после параллельного тестирования оказались выше на 8 357 евро, но лечение было и более эффективным: модель обещает более существенное продление жизни.

Авторы утверждают, что несмотря на упрощения, принятые в их модели, их результаты сопоставимы с подобными исследованиями для других стран. Таким образом, параллельное тестирование на основе NGS технологии поможет точно и быстро выявлять мутации и как следствие, выбирать правильное лечение.

Классификация мутаций в гене EGFR (наиболее частых мутаций при НМРЛ) поможет подобрать терапию