Параллельное секвенирование онкогенов выгоднее пошагового поиска

Чтобы подобрать эффективное лечение рака, нужно установить, какие мутации ответственны за болезнь. Ученые из Нидерландов создали модель для сравнения эффективности пошаговой диагностики мутаций при четвертой стадии немелкоклеточного рака легкого и одновременной диагностики методом NGS. Одновременное секвенирование онкогенов оказалось не только быстрее, но и в среднем дешевле пошаговой процедуры.

Credit:
123rf.com

Смертность среди больных немелкоклеточным раком легкого (НМРЛ) крайне высока. Почти половина больных узнает свой диагноз на четвертой стадии болезни, из них 31% умирает в течение года. Более быстрый поиск онкогенной мутации у таких пациентов мог бы повысить выживаемость.

Стандартный протокол поиска онкогенов при НМРЛ в Нидерландах предполагает пошаговый поиск 12 онкомаркеров (KRAS, EGFR, PD-L1, NTRK 1,2,3, ROS1, ALK, MET, RET, ERBB2, BRAF). При этом используются разные методы. Мутации в KRAS и EGFR выявляют с помощью относительно дешевых тест-систем Idylla (Biocartis), основанных на количественной ПЦР, продукты ALK, ROS1 и NTRK1,2,3 исследуют методом иммуногистохимии, причем положительный результат, указывающий на онкогенные изменения, еще нужно подтверждать методом флуоресцентной гибридизация in situ (FISH). Если все результаты отрицательные, остальные гены исследуют с помощью таргетной NGS-панели. Затем с помощью FISH исследуют статус гена RET, а положительный результат подтверждают с помощью панели секвенирования РНК.

Если причина онкогенных изменений не выявлена на первых этапах, процедура может значительно растягиваться по времени из-за повторных взятий образцов, плохого их качества и т.д., что уменьшает шанс на своевременное назначение терапии.

Альтернатива последовательным анализам — параллельное исследование методом NGS. В этом случае статус всех перечисленных генов проверяется одновременно — с помощью таргетных ДНК- и РНК-панелей, но стоимость такого анализа значительно выше И последовательная, и параллельная стратегии включают иммуногистохимическое исследование продукта PD-L1.

Нидерландские ученые сравнили обе стратегии по ряду параметров: затраты на диагностику и последующее лечение, время до получения результата, количество неудач и, главное, предполагаемая эффективности терапии. Они включили в модель 100 000 пациентов с типичными мутациями, использовав для этого реальные данные из Голландского регистра патологии, и «поставили им диагнозы» тем и другим способом. Модель учитывала чувствительность и специфичность методов анализа, продолжительность исследований, включая время на переход к следующему этапу диагностики после отрицательного результата на предыдущем этапе.

Выяснилось, что при последовательной стратегии более 30% пациентов не успеют получить результат в течение двух недель (что считается приемлемым с клинической точки зрения). При параллельном тестировании в этот срок не уложились лишь 1,5%, и почти для 90% удалось найти терапевтическую мишень. Последовательное тестирование также дало больше ложноположительных результатов (3,3 против 1,4%).

Последовательное тестирование оказалось дешевле параллельного для 45,5% пациентов, у которых нашли мутации в EGFR и KRAS тестами Idylla, но для тех, кому требовались последующие этапы, стоимость резко возрастала. В среднем разница между последовательной и параллельной стратегиями тестирования в средней стоимости диагностики составляет 158 евро, что делает NGS-тестирование на 17% дешевле. Предполагаемые затраты на лечение после параллельного тестирования оказались выше на 8 357 евро, но лечение было и более эффективным: модель обещает более существенное продление жизни.

Авторы утверждают, что несмотря на упрощения, принятые в их модели, их результаты сопоставимы с подобными исследованиями для других стран. Таким образом, параллельное тестирование на основе NGS технологии поможет точно и быстро выявлять мутации и как следствие, выбирать правильное лечение.


Классификация мутаций в гене EGFR (наиболее частых мутаций при НМРЛ) поможет подобрать терапию

Источник

Wolff HB et al. Cost-Effectiveness of Parallel Versus Sequential Testing of Genetic Aberrations for Stage IV Non-Small-Cell Lung Cancer in the Netherlands. // JCO Precis Oncol. 2022 Jul;6:e2200201. DOI: 10.1200/PO.22.00201

Добавить в избранное