Полногеномная пробоподготовка Parseq Lab для Illumina, Thermo Fisher Scientific и MGI
16 мая 2022 г. российская компания Parseq Lab сообщила о запуске нового продукта в линейке Prep&Seq — базового модуля Prep&Seq™ G-fragmentation для подготовки полногеномных библиотек.
Базовый модуль Prep&Seq™ G-fragmentation подходит для широкого спектра задач. Среди них подготовка библиотек геномной ДНК, работа с продуктами ПЦР длинных фрагментов (long-range PCR, исследования микробиома, подготовка библиотек свободно циркулирующей ДНК (cfDNA). Модуль включает реагенты для ферментативной фрагментации и восстановления концов, лигирования по тупым концам и амплификации библиотек.
Ключевые свойства набора — проведение фрагментации и восстановление концов в одну стадию; подтвержденная неспецифичная активность эндонуклеазы, что обеспечивает однородное покрытие генома; совместимость с популярными в России платформами Illumina, Thermo Fisher Scientific и MGI. В зависимости от типа используемой платформы для секвенирования подбираются подходящие совместимые платформоспецифичные модули (адаптеры и праймеры). Для работы с cfDNA предусмотрен вариант протокола без фрагментации.
Входной диапазон количества ДНК — от 0,1 до 1000 нг. Длина фрагментов на выходе варьирует от 100 до 1 500 п.н. При исходном количестве ДНК не менее 100 нг возможно проведение протокола PCR-free для платформ Illumina и Thermo Fisher Scientific.
Средний размер фрагментов можно регулировать, изменяя объем внесенного энхансера (Рисунок 2).
Смесь для фрагментации и восстановления не имеет выраженной мотив-специфической активности, что позволяет получать высокую однородность покрытия генома (Рисунок 3).
При использовании протокола с size selection на магнитных частицах возможен отбор более узкого диапазона размера библиотек (Рисунок 4).
Ниже представлен ассортимент адаптеров и праймеров, благодаря которым можно использовать базовый модуль G-fragmentation с различными платформами для секвенирования.
Партнерский материал