Полногеномное секвенирование удваивает эффективность диагностики для младенцев в тяжелом состоянии

Чаще всего причиной госпитализации младенцев в ОРИТ становятся генетические заболевания. Ранее было показано, что при уточнении диагноза с помощью секвенирования схема лечения может измениться. (Подробнее об одном из таких исследований — на PCR.NEWS.) Однако внедрение полногеномного секвенирования и других методов генетического тестирования в ОРИТ затруднено из-за недостатка контрольных исследований на реальной популяции, подтверждающих влияние такой диагностики на ведение больных.

На этой неделе в JAMA Pediatrics опубликованы результаты рандомизированного исследования NICUSeq, проведенного в пяти больницах США при поддержке компании Illumina и посвященного клиническому эффекту полногеномного секвенирования для младенцев в остром состоянии.

В исследовании приняли участие 354 младенца в возрасте 0–120 дней, госпитализированные в ОРИТ с подозрением на генетический диагноз. Среди них были младенцы разного происхождения: азиатского, афроамериканского, европейского и других. Детей случайным образом распределяли в группы раннего (через 15 дней после включения в исследование; 176 человек) или отложенного (через 60 дней; 178 человек) секвенирования. Период наблюдения составил 90 дней.

На 60-й день в группе раннего секвенирования схема лечения была изменена для 34 младенцев против 17 из группы отложенного секвенирования. К этому времени генетический диагноз получили 55 детей из группы раннего секвенирования и только 27 детей из группы отложенного секвенирования. К 90-му дню количество младенцев с изменившейся схемой лечения и получивших генетический диагноз в группе отложенного секвенирования удвоилось. Чаще всего изменения схемы лечения касались сужения специализации (в 6% случаев) и смены препаратов (в 1,4% случаев). В 2% случаев новая схема была направлена на первичную генетическую этиологию заболевания.

Для некоторых детей изменение схемы лечения в соответствии с результатами полногеномного секвенирования дало значимый клинический эффект. Так, 29-дневному мальчику — участнику группы раннего секвенирования диагностировали синдром Вискотта—Олдрича и назначили корректирующую трансплантацию костного мозга. В нескольких случаях молекулярный диагноз привел к остановке неподходящего лечения. Например, у 11-дневной девочки с эпилепсией из группы отложенного секвенирования была выявлена неожиданная вариация в гене KCNQ2. После этого неэффективную для нее метаболическую схему терапии остановили.

В целом на 60 день уровень диагностики в группе раннего секвенирования составил 31% против 15% в группе отложенного секвенирования. На 90 день доля детей с диагнозом во второй группе удвоилась. Это значит, что внедрение полногеномного секвенирования удваивает эффективность диагностики. Метод позволил обнаружить широкий спектр мутаций, в том числе вариации числа копий хромосом, комплексные гетерозиготные варианты, митохондриальные варианты и потер. копий SMN1, приводящую к спинальной мышечной атрофии. Кроме того, с помощью полногеномного секвенирования удалось поставить диагнозы экстремально недоношенным детям.

Секвенирование не влияло на длительность госпитализации и выживаемость младенцев. Несмотря на это, связь между полногеномным секвенированием и улучшением лечения очевидна.

Полученные результаты поддерживают внедрение полногеномного секвенирования в качестве диагностического инструмента для новорожденных в критическом состоянии с подозрением на генетические нарушения. По мнению авторов, доступ к такой диагностике устранит неравенство в здравоохранении и поможет достичь «диагностической справедливости».