Повторный анализ экзомного секвенирования, сделанного 6 лет назад, удваивает количество информации о пациенте

В исследование вошли 2 группы пациентов: сначала были пересмотрены экзомы 250 пробандов, просеквенированных в течение 2011–2012 годов в лабораториях клинической диагностики Медицинского колледжа Бэйлора, а затем повторному анализу подверглись еще 2000 экзомов, сиквенс которых был получен в этих же лабораториях в 2012–2013 годах.

Повторный анализ данных 250 экзомов, выполненный исследователями вручную на основе знаний на декабрь 2017 года, увеличил молекулярно-диагностический выход подтвержденных случаев с 25 процентов, когда эти экзомы были впервые проанализированы, до 47 процентов. Далее научной группой был разработан метод определения приоритетных генов для последующего полуавтоматического реанализа другой группы пациентов с исследованными экзомами. В этом случае из 2000 образцов генетических данных, подвергшихся пересмотру полуавтоматическим методом, число диагнозов возросло не так значительно — до 37 процентов.

Выявленные различия между двумя сериями ученые объяснили разным относительным числом пациентов с менделевскими заболеваниями в двух когортах и разницей в чувствительности ручного и полуавтоматического методов анализа.

Указывается, что новые молекулярные диагнозы были вызваны как открытием новых генов, ассоциированных с заболеваниями, так и применением улучшенной классификации вариантов в генах известных болезней, а также выявлением патогенных вариантов числа копий некоторых участков экзома.

Для выяснения влияния времени получения результатов первоначального и обновленного генетических отчетов исследования на проведение консультирования пациентов, были опрошены медицинские представители 64 пациентов, впервые получивших диагноз после повторного пересмотра их генетических данных. При этом из 23 докторов, наблюдающих 42 таких пациента, 13 высказались за необходимость сообщения пересмотренных результатов только врачу, направившему на первичное или вторичное исследование, остальные 10 предложили информировать всех врачей, наблюдающих данного пациента. Отмечается также, что около трех четвертей пациентов после пересмотра их генетических данных были направлены на дополнительное генетическое консультирование, тактика ведения 17 из них была кардинально пересмотрена в связи с получением новых молекулярных находок, которые в других обстоятельствах были бы не обнаружены.

По словам Пэнфэя Лю (Pengfei Liu), научного сотрудника Центра генетики человека в Медицинском колледже Бейлора и директора лаборатории клинических исследований в Baylor Genetics, для понимания современной концепции «эволюционирующей» молекулярной интерпретации необходимо повышать общий уровень образованности как врачей, так и пациентов. Исследователи подчеркивают, что периодически повторяющийся реанализ результатов молекулярной диагностики может оказать заметную пользу самим пациентам, их семьям и, несомненно, их лечащим врачам. В статье указывается, однако, что цель проводимого исследования не включала в себя оценку вреда-пользы такого удаленного вмешательства.