16.02.2021

Приборы для нанопорового секвенирования геномов коронавируса появились в Индии и РФ

Индийская авиакомпания SpiceJet и Институт геномики и интегративной биологии организуют лабораторию для секвенирования геномов SARS-CoV-2 из образцов пассажиров прямо в аэропорту. Секвенирование на приборах Oxford Nanopore позволит оперативно идентифицировать штаммы с новыми мутациями. Оборудование для нанопорового секвенирования, используемое в данном протоколе, доступно в России.

Credit:

Pexels

Отдел здравоохранения SpiceHealth индийской авиакомпании SpiceJet совместно с Институтом геномики и интегративной биологии (CSIR-IGIB) объявил о создании портативной лаборатории в аэропорту Нью-Дели для секвенирования геномов SARS-CoV-2 из положительных образцов от всех путешественников, прибывающих из-за рубежа. Это сделает возможным оперативное обнаружение новых мутантных форм вируса SARS-CoV-2.

Как сообщает представитель авиакомпании, опыт института CSIR-IGIB показывает, что при помощи портативных секвенаторов можно идентифицировать мутантную форму коронавируса в течение 48 часов после прибытия в аэропорт инфицированного человека. В то же время при отправке образца в региональные лаборатории время до получения результата — не менее 7 дней.

Генеральный директор SpiceHealth Авани Сингх заявил: «Поскольку Индия готовится к крупнейшей в мире кампании вакцинации населения, мы не можем позволить себе никаких новых отвлекающих факторов, которые могут уничтожить наши попытки противостоять пандемии COVID-19. Новые мутантные формы коронавируса требуют немедленного и пристального внимания. Сотрудничество SpiceJet и института CSIR-IGIB является значительным шагом на пути к раннему выявлению новых мутантных форм, а отдел SpiceHealth гордится тем, что развернула первую в своем роде лабораторию по секвенированию в аэропорту Дели».

Для секвенирования образцов в первой портативной лаборатории в аэропорту Дели использовали прибор компании Oxford Nanopore Technologies (ONT) — обновленная версия секвенатора MinION Mk1C. Нанопоровый секвенатор Mk1C совмещает в себе секвенирующий блок и управляющую станцию, при этом умещается на ладони. В отличие от других версий MinION, для работы с ним не требуется дополнительная техника с ПО (компьютер или ноутбук) и постоянное интернет-подключение.

MinION Mk1C начали отправлять пользователям раннего доступа в начале 2020 года, сообщается на сайте ONT. Практически сразу его стали применять для эпиднадзора в Китае. MinION Mk1C находится в процессе получения маркировки CE для использования в LamPORE — выявления SARS-CoV-2 методом нанопорового секвенирования. Официальный дистрибьютор Oxford Nanopore Technologies в РФ — компания SkyGen.

Схема протокола секвенирования для экспресс-обнаружения мутантных штаммов выглядит следующим образом: у всех пассажиров забирают образец для анализа на наличие коронавирусной РНК (например, методами ПЦР или RT-LAMP). Затем положительные образцы отправляются на секвенирование, а отрицательные можно использовать в качестве контролей.