Самые инвазивные штаммы золотистого стафилококка — также самые стойкие и трансмиссивные

Золотистый стафилококк (Staphylococcus aureus) — ведущая причина тяжелых инфекций в отделениях реанимации и интенсивной терапии новорожденных (NICU). S. aureus заселяет и персистирует на коже и слизистых оболочках и может вызывать инвазивные инфекции. Необходимо вырабатывать лучшие стратегии борьбы со стафилококком. Исследователи из США изучили пути проникновения, передачу, персистенцию и риск инвазивной инфекции, вызванной S. aureus, в течение трех лет в NICU Детской больницы Филадельфии, используя полногеномное секвенирование.

S. aureus выявляли в мазках пациентов во всех семи секциях NICU. Патоген изолировали из 43 образцов крови 41 младенца, тоже во всех секциях. Метициллинчувствительный S. aureus (MSSA) встречался чаще, чем метициллинрезистентный (MRSA).

Полногеномное секвенирование 1670 изолятов позволило получить 1446 геномов после сборки (982 из мазков, 449 из крови и 15 с различных поверхностей). Авторы продемонстрировали значительное генетическое разнообразие, в частности, способностью вызывать инвазивные инфекции (когда изолят обнаруживался в крови) обладали не только какие-то определенные линии.

Авторы идентифицировали 328 пациентов с двумя или более геномами стафилококка. Большинство геномов от одного и того же пациента образовали монофилетические группы, но 158 геномов 36 пациентов принадлежали к различным филогенетическим кладам. Было выявлено 24 различных филогенетических клады тесно связанных геномов, охватывающих 1442 генома от 657 пациентов.

Предположительно, часть пациентов заразилась уже в больнице. Исследователи идентифицировали 490 штаммов, 209 клонов (штаммов, обнаруженных как минимум в двух образцах, взятых в разные даты или у разных пациентов) и 69 кластеров передачи инфекции (клонов, обнаруженных у более чем у одного пациента). Сравнив со штаммами вне NICU, они подтвердили, что большая часть младенцев заразилась в NICU, а не за пределами отделения.

В 19 случаях было показано, что штамм, обнаруженный в мазке, потом обнаруживался в крови пациента. Медиана такого перемещения — 19 дней. Среди 69 кластеров передачи медианная продолжительность от момента первого обнаружения до выявления у нового пациента составила 91 день. По крайней мере половина кластеров передачи попала в отделение с поступлением уже зараженного пациента. Альтернативные пути проникновения для оставшихся кластеров могут включать проникновение с пациентами, не участвовавшими в исследовании, медицинскими работниками, посетителями или из окружающей среды. Только 8 из 69 кластеров передачи относились к MRSA, три из них относились к инвазивным.

Некоторые пациенты, зараженные стафилококком из одного кластера передачи, находились в больнице в одно и то же время, за другими ухаживал один и тот же медицинский персонал, третьи находились в одной секции. Но в 10,1% случаев таких эпидемиологических связей не было выявлено. Предположительно, передача могла происходить через неисследованных посредников, общее оборудование, экологические резервуары или от родителей, не наблюдавшихся в данном исследовании.

Дополнительно было собрано 210 проб окружающей среды с поверхностей во всех семи секциях отделения. Из 19 изолятов S. aureus для 15 удалось получить геном высокого качества. Три изолята совпадали с ранее определенными кластерами передачи. Во всех этих случаях место отбора образца находилось рядом с койкой пациентов. Время между нахождением кластера у пациента и на больничной поверхности — 30–42 дня, то есть резервуар персистировал, несмотря на рутинное обеззараживание.

Инвазивные кластеры дольше обнаруживались в NICU (времени между первой и последней датой детекции проходило больше), медиана 421 день по сравнению с колонизирующими кластерами (медиана 128 дней), также обнаруживались у большего количества пациентов. Эти результаты свидетельствуют о том, что штаммы с повышенной персистенцией и способностью к передаче чаще становятся причиной инвазивных инфекций.

Таким образом, некоторые клоны представляют значительно больший риск для пациентов, будучи более трансмиссивными и потенциально более инвазивными. Авторы ставят вопрос о приоритетном наблюдении и профилактике, направленных на эти конкретные штаммы.

Выписанные из больницы пациенты могут заражать родственников золотистым стафилококком, устойчивым к антибиотикам