Таргетное секвенирование не готово заменить полногеномное в диагностике генетических заболеваний у новорожденных

Ученые из США проанализировали возможности двух платформ для таргетного и полногеномного секвенирования в неонатальной диагностике генетических заболеваний. Из 113 детей у 51 были выявлены диагностические варианты или варианты с неизвестным значением. Из 51 пациентов у 34 результаты различались при использовании двух платформ. Это происходило из-за технических ограничений таргетного секвенирования и различных интерпретаций результатов разными лабораториями.

Credit:
luckybusiness | 123rf.com

Если у новорожденного имеется генетическое заболевание, очень важно диагностировать его как можно раньше. Клиническое исследование NSIGHT (Newborn Sequencing in Genomic Medicine and Public Health) продемонстрировало ключевую роль своевременного секвенирования для улучшения ухода за новорожденными. Полногеномное секвенирование дорого и сопряжено с возникновением сложных этических дилемм. Например, неправильно понятая информация может привести к чувству вины и взаимным обвинениям у родителей. Таргетное секвенирование генетических заболеваний в первый год жизни может снизить стоимость и ограничить случайные находки. Ученые из США в исследовании GEMINI (Genomic Medicine for Ill Neonates and Infants) сравнили эти два подхода и опубликовали предварительные результаты исследования в JAMA Pediatrics.

В исследовании приняли участие новорожденные и младенцы до года, у которых было заподозрено генетическое заболевание, а также их родители. Платформа для таргетного секвенирования (NewbornDx; Athena/Quest Diagnostics) анализировала 1722 гена. Результаты сравнивались с быстрым полногеномным секвенированием. На момент написания промежуточного отчета в исследовании приняли участие 113 пациента из запланированных 400. Гестационный возраст пациентов составлял 23-40 недель, постменструальный возраст — 27-83 недель; 67 (59%) были мальчиками.

Варианты с диагностическим или неизвестным значением были обнаружены у 51 (45% из всех участников) пациента, у 62 (55%) результаты были отрицательными. Из 51 пациентов у 34 (67% из всех положительных случаев) результаты, выданные двумя платформами, различались. Это происходило из-за того, что таргетная платформа не определяла хромосомные дупликации и делеции, некоторые гены не были определены вовсе или определялись с недостаточным покрытием. Также были расхождения в интерпретации разными лабораториями.

У 37 (33%) пациентов были найдены патогенные или вероятно патогенные варианты с помощью одной или обеих платформ. У 14 (12%) пациентов определили варианты с неизвестным значением, но, вероятно, связанные с фенотипом. Диагноз был поставлен в среднем на 22 день жизни (от третьего до 313-го дня). Двадцати девяти младенцам с патогенными или вероятно патогенными вариантами изменили вид получаемого ухода, чтобы предотвратить развития патологии.

Авторы исследования GEMINI говорят о его значительных успехах. Ранняя диагностика позволила вовремя произвести клиническое вмешательство и улучшить жизнь пациентов. В то же время они указывают на то, что таргетное секвенирование пока не может заменить полногеномного из-за своих ограничений.

Источник

Maron J., et al. // Novel Variant Findings and Challenges Associated With the Clinical Integration of Genomic Testing. An Interim Report of the Genomic Medicine for Ill Neonates and Infants (GEMINI) Study // JAMA Pediatrics, published online February 15, 2021, DOI: 10.1001/jamapediatrics.2020.5906

Добавить в избранное

Вам будет интересно