У вакцинированных и переболевших есть защита против штамма омикрон, говорят биоинформатики

Первый геном нового варианта омикрон (B.1.1.529) был загружен в GISAID 22 ноября 2021 года. По сравнению с «уханьским» геном нового штамма несет 60 мутаций, из них 37 — в S-белке. Пока неясно, выросла ли заразность и патогенность нового штамма, и может ли он уходить от действия иммунитета, приобретенного в результате вакцинации или болезни, однако большое количество новых мутаций вызывает беспокойство. Ученые из Университета Северной Каролины в Шарлотте проанализировали структуру рецепторсвязывающего домена (RBD) S-белка SARS-CoV-2 in silico. Именно с этим доменом связываются нейтрализующие антитела, поэтому анализ его структуры может показать, снизилась ли эффективность нейтрализующих антител. Результаты исследования опубликованы на сервере препринтов bioRxiv.

RBD штамма омикрон содержит 15 новых мутаций. Все они приводят к замене аминокислот. Некоторые замены происходят в таких позициях, которые могут повлиять на связывание нейтрализующих антител с RBD, изменяя заряд поверхности белка или препятствуя взаимодействию антител и антигенов. К таким заменам относятся N440K и T478K.

Авторы показали, что аффинность антител C105, CC12.1, CC12.3 и CV30 к смоделированному RBD штамма омикрон значительно снизилась. Тем не менее эти антитела все же могут связываться с мутантным S- белком, так как новые мутации, по-видимому, не приводят к появлению больших конформационных изменений. Таким образом, у привитых и переболевших людей есть защита от нового варианта, хоть и менее эффективная. Авторы подчеркивают, что их результаты необходимо подтвердить экспериментами in vitro.