Уточнен таксономический статус китайской горной кошки

В мире насчитывается около 600 миллионов домашних кошек (Felis сatus, или Felis silvestris catus), включая около 100 миллионов свободноживущих особей. Считается, что все они произошли в результате одомашнивания степного кота (F. s.  lybica, или F. lybica). Внутривидовая система F. silvestris вызывает много споров, связанных с выделением некоторых таксономических групп в отдельные виды или же включение их в F. silvestris в качестве подвида. На территории Китая обитают азиатская дикая кошка (F. s. ornata) и китайская горная кошка (F. bieti). Таксономический статус горной кошки уже долгое время находится под вопросом. Результаты полногеномного секвенирования показали, что оба таксона являются подвидами F. silvestris.

Исследование проводилось под руководством Лаборатории геномного разнообразия Пекинского университета при поддержке международной группы, в которую входили также генетики из США и Малайзии.

Для анализа ученые собрали генетический материал от 239 домашних кошек из различных частей Китая, 27 горных кошек и четырех азиатских диких кошек. Двенадцать образцов ДНК горных кошек были получены от животных, погибших на дороге, или от зоопарков (современные образцы) и 15 — из музеев.

Для первичного анализа провели частичное секвенирование мтДНК и Y-хромосому. Анализ выявил три хорошо выраженных генетических кластера, соответствующих домашней кошке, горной кошке и азиатской дикой кошке. Исследование также показало присутствие генетического обмена между кластерами. Так, 4 из 12 современных образцов горной кошки несли гаплотипы мтДНК, характерные для азиатской дикой кошки.

Для полногеномного секвенирования ученые отобрали, основываясь на качестве полученной ДНК, 55 образцов (8 горных кошек, 1 азиатскую и 46 домашних). Использовалось секвенирование парных концов компании Illumina. сиквенсы ядерного и митохондриального генома были получены для 51 образца с покрытием 6,8–15,1х. Ученые также включили в анализ данные о секвенировании ядерного генома 20 домашних кошек и двух черноногих кошек F. nigripes, полученные из архивов Национального центра биотехнологической информации США NCBI. (Черноногие кошки обитают в Африке.)

В итоговый набор данных вошли 73 ядерных генома со средним покрытием 16х и 66 митогеномов, в том числе 7 митогеномов представителей рода Felis, полученных из предыдущих публикаций.

Филогенетические деревья, реконструированные по различным участкам генома, сводили азиатскую дикую кошку, китайскую горную кошку и европейского дикого кота F. s. silvestris в единую гаплогруппу, куда также вошли все домашние кошки и степные кошки. Таким образом, все филогенетические реконструкции включали F. bieti в группу подвидов F. silvestris, отделяя ее от аутгрупп, таких как черноногая кошка. Эти данные поддерживают реклассификацию F. bieti как подвида F. silvestris.

Результаты исследования также показали, что китайские домашние кошки неотличимы от домашних кошек в других частях света. Это поддерживает теорию о единичном событии одомашнивания.

Отмечены также признаки интрогрессии горных кошек в домашних там, где пересекаются их ареалы. Примесь горной кошки в различных образцах домашних кошек составляла от 0,5 до 12% и уменьшалась с удалением от ареала дикого вида. Давность интрогрессии — около 15 лет.

Анализ эволюционной истории и миграционных потоков показал достаточно низкий уровень миграции домашних кошек в популяцию горных кошек. Это подтверждает предположение, что события скрещивания произошли относительно недавно.

Ученые считают, что данная работа предоставляет достаточные основания для классификации китайской горной кошки как подвида Felix silvestris. Они также подчеркивают, что распространение свободноживущих домашних кошек может нести угрозу генетической идентичности горной кошки, и считают, что данный вопрос заслуживает дальнейшего исследования.