В геноме коронавируса из Аризоны нашли новую мутацию

Группа ученых из Аризонского университета отсеквенировала геномы SARS-CoV-2 из пяти назофарингеальных мазков от пациентов с подтвержденным COVID-19, чтобы определить филогенетическую принадлежность аризонского варианта вируса. Секвенирование проводили на платформе Illumina, используя РНК непосредственно из мазков, чтобы исключить появление дополнительных мутаций во время размножения вируса в культуре клеток.

Полученные риды сравнили с референсным геномом и собрали три полных генома SARS-CoV-2. Было установлено, что рассмотренные случаи COVID-19 стали результатом не локальной трансмиссии, а ввоза вируса в Аризону из разных регионов.

В одном из геномов — AZ-ASU2923 — ученые обнаружили мутацию, не описанную ранее для изолятов SARS-CoV-2, а именно делецию длиной в 81 нуклеотид. Мутация затронула ген ORF7a. Из-за делеции соответствующий белок оказывается укороченным на 27 аминокислот, но при этом не происходит сдвига рамки считывания.

ORF7a — ортолог гена ORF7a/X4 вируса SARS-CoV. Интересно, что в гене ORF7a/X4 SARS-CoV ранее была описана похожая делеция. Белковый продукт ORF7a/X4 работает как антагонист клеточного защитного фактора тетерина и запускает апоптоз. Делеция из 27 аминокислот частично затрагивает предполагаемый сигнальный пептид в составе белка ORF7a SARS-CoV-2. Ранее была выявлена делеция в гене ORF8 SARS-CoV-2, также схожая с известной мутацией SARS-CoV. Функциональное значение описанных делеций пока остается неясным. Ученые предполагают, что делеции могут снижать приспособляемость вируса к организму хозяина, так как известно, что к концу эпидемии SARS в 2003 году вирус SARS-CoV накопил мутации, ослабляющие его. Тем не менее, в целом, как отмечают исследователи, геном SARS-CoV-2 остается относительно стабильным.