Коротко

Ведущий корреспондент Science Джон Коэн проводит параллель между вариантом омикрон коронавируса SARS-CoV-2 и коронавирусом свиней, который произошел от более опасного вируса и создал иммунитет к нему.

Вирус трансмиссивного гастроэнтерита свиней (TGEV), убивающий животных, распространился по миру в 1970-х годах, но затем практически исчез. Ситуация выглядела загадочной: у поросят были антитела к TGEV, но они не страдали от диареи и рвоты. Оказалось, что они инфицированы родственным вирусом, который атаковал не ЖКТ, а трахеи, бронхи и легкие. Его назвали респираторным коронавирусом свиней ( PRCV). Интересно, что в Соединенных Штатах PRCV появился позже, чем в Европе, и его генетическая последовательность отличалась, как если бы он возник в США независимо. Будучи респираторным, он распространялся намного быстрее «прародителя». Возникла версия о «лабораторном» происхождении PRCV — якобы он произошел от мутировавшего вакцинного вируса, но затем оказалось, что он имеет больше общего с природным TGEV.

Сам Коэн называет параллель «провокационной, но не идеальной». Омикрон может вызвать тяжелые заболевания, кроме того, неочевидно, что иммунитет против омикрона будет защищать от других вариантов. TGEV и PRCV в итоге рекомбинировали в новый вариант, который доминирует на фермах США, распространяется легко и не вызывает тяжелых заболеваний. Однако нельзя предвидеть, сможет ли омикрон так же «приручить», например, дельту, или рекомбинация создаст более опасный штамм.

Международная команда ученых сравнила стоимость предотвращения пандемии с убытками, которые приносит уже случившаяся пандемия. Статья опубликована в Science Advances. Авторы не согласны с позицией политиков, которые продвигают стратегию «выявления и сдерживания зоонозных угроз», так как она предполагает активные действия после того, как заболеют люди. По их оценкам, ожидаемая ежегодная смертность от зоонозных инфекций составляет 3,3 млн. человек. Стоимость этих жизней составляет не менее $350 млрд., а прямые экономические потери — еще $212 млрд. Ученые отмечают, что политики редко говорят о том, какие действия нужно предпринять для предотвращения перехода зоонозного заболевания из природного резервуара в человеческую популяцию. Однако такие действия обойдутся гораздо дешевле.

В статье приведены рекомендации по предотвращению пандемии. Среди них более пристальное изучение потенциальных патогенов человека, более тщательное отслеживание торговли дикими животными и охоты; сокращение вырубки лесов. По расчетам авторов, стоимость этих мер в сумме составляет около $20 млрд., что гораздо меньше стоимости унесенных инфекциями жизней.

Вебинар «Омикрон в России и в мире: эпидемиология, диагностика и особенности клинического течения» прошел 1 февраля 2022 года. Ведущие эксперты рассказали об особенностях распространения омикрона и других вызывающих обеспокоенность вариантов SARS-CoV-2, специфике эпидемиологического мониторинга и молекулярной диагностики инфекций при одновременной циркуляции различных генетических линий коронавируса на территории страны.

Запись вебинара выложена на YouTube-канале портала PCR.NEWS.
 

Команда под руководством ученых из Куинс-колледжа Городского университета Нью-Йорка обнаружила в сточных водах Нью-Йорк-Сити геномные последовательности, которые не соответствуют ни одной известной линии коронавируса SARS-CoV-2.

Авторы проводили глубокое секвенирование кодирующей последовательности рецепторсвязывающего домена S-белка SARS-CoV-2 и обратили внимание на загадочные линии SARS-CoV-2, которые отсутствуют в базе данных GISAID. Эти линии содержат мутации, редко встречающиеся в клинических образцах, например Q493K, Q498Y, E484A и T572N, а также имеют много общих мутаций с омикроном. Некоторые из мутаций расширяют тропность псевдовирусов, имеющих подобный S-белок: такие псевдовирусы могут инфицировать клетки не только с человеческим, но и с мышиным или крысиным рецептором ACE2. Кроме того, эти псевдовирусы устойчивы к нейтрализующим моноклональным антителам.

Источником криптической линии может быть как инфицированный человек, так и животное, например крыса. Сомнительно, что загадочный вирус может представлять опасность для людей, поскольку он циркулирует в течение как минимум года. Как сообщили исследователи The New York Times, эта линия неоднократно обнаруживалась на нескольких очистных сооружениях, и они обратились с запросами в медицинские учреждения этих районов, но ответов не получили.

«На сегодня мы не видели этих вариантов у пациентов в Нью-Йорке», — сказал Майкл Ланца, представитель Департамента здравоохранения и психической гигиены Нью-Йорка. Однако аналогичные последовательности были найдены в одном из калифорнийских канализационных стоков, сказала Роуз Кантор, микробиолог из Калифорнийского университета в Беркли.

Ранее дефицит витамина D уже связывали с рядом аутоиммунных, сердечно-сосудистых и инфекционных заболеваний. В исследовании, опубликованном в журнале PLOS ONE, ученые из Израиля показали связь между недостатком витамина D, тяжестью протекания COVID-19 и смертностью. 

В исследовании принимали участие люди, у которых уровень витамина D был известен до заболевания. Пациенты с дефицитом (менее 20 нг/мл) в 14 раз чаще тяжело переносили COVID-19, чем пациенты с уровнем витамина D более 40 нг/мл. Кроме того, смертность среди пациентов без дефицита витамина составила 2,3%, а с дефицитом — 25,6%.

Команда Dog Aging Project рассказала в Nature о сути проекта и его целях. Проект представляет собой длительное исследование старения десятков тысяч домашних собак разных пород и размеров. Он стартовал в 2018 году. В процессе исследования будут сформированы открытые базы данных, полезные для ветеринаров и ученых.

В рамках проекта будут определены нормы старения собак в зависимости от породы, размера и пола, генетические и внешние факторы заболеваемости и смертности домашних собак; будет разработана панель прогностических биомаркеров; будут найдены способы продлить продолжительность здоровой жизни. В частности, планируется GWAS, посвященный долгожительству собак.

Проект будет работать не менее 10 лет. К «стае DAP» уже присоединились более 32 000 собак.

В настоящее время в Европе наблюдается гибель леса, связанная с изменением климата. Одновременно с этим происходит уменьшение биомассы насекомых. Ученые проверили, как отмирание деревьев влияют на сообщества летающих насекомых, используя ДНК-метабаркодирование. Работа проводилась в лесах французских Пиренеев, где доминирует пихта белая. Ученые расставили ловушки на 56 лесных участках с разной степенью отмирания и в период с поздней весны до ранней осени 2017 года собрали 222 образца насекомых. Для ДНК-метабаркодирования был выбран участок митохондриального гена COI. Анализ данных секвенирования выявил около 3 000 видов насекомых. Оказалось, что гибель леса не влияет на количество видов, но состав образцов изменяется в зависимости от состояния деревьев. Так, присутствие двукрылых и перепончатокрылых ассоциировалось с высокой степенью отмирания леса. При этом вместе с гибелью деревьев происходила потеря редких видов насекомых. Санитарная рубка не влияла на состав сообщества насекомых и в целом была средством сохранения среды и биоразнообразия.

Авторы отмечают, что ДНК-метабаркодирование — эффективный способ мониторинга сообществ насекомых.

Центры по контролю и профилактике заболеваний (CDC, США) опубликовали отчет по заболеваемости COVID-19 и госпитализациям пациентов в возрасте 18 лет и старше в округе Лос-Анджелес, Калифорния.

В период с 7 ноября 2021 года по 8 января 2022 года в округе было зафиксировано 422 966 случаев COVID-19; 141 928 (33,6%) пациентов не были вакцинированы. При этом 2,8% невакцинированных были госпитализированы, 0,5% потребовалась интенсивная терапия, 0,2% — механическая вентиляция легких. Для полностью вакцинированных по двухдозовой схеме эти показатели составили 1,0%, 0,12% и 0,05% соответственно; для полностью вакцинированных и получивших бустерную дозу — 0,7%, 0,08% и 0,03%. В период наблюдения преобладающий штамм сменился с дельты на омикрон. Это сопровождалось ростом заболеваемости и госпитализаций среди всех категорий населения, независимо от вакцинного статуса. Однако среди невакцинированных число случаев инфекции и госпитализаций было в 3,6 и 23,0 раза выше, чем среди полностью вакцинированных и получивших бустер, и в 2,0 и 5,3 раза выше, чем среди полностью вакцинированных.

Китайские ученые сравнили способность к репликации и клеточный тропизм у штаммов SARS-CoV-2 дикого типа, D614G, альфа, бета, дельта и омикрон. Эксперименты проводились ex vivo на тканях человеческих бронхов и легких. Оказалось, что омикрон реплицируется в клетках бронхов быстрее остальных штаммов. При этом его репликация в паренхиме легких была менее эффективна. Клеточный тропизм всех штаммов не отличался от такового для вируса дикого типа. Омикрон зависел от клеточных катепсинов больше остальных, а значит, можно предположить, что он проникает в клетку по иному пути, чем другие штаммы. Сниженная способность омикрона к репликации в легких может объяснить менее тяжелое течение инфекции, вызванной этим штаммом.

Ученые из Великобритании разработали новый подход к терапии труднодоступных опухолей мозга под названием MINIMA (от minimally invasive image-guided ablation). Метод заключается в том, что ферромагнитное «семя» размером в 2 мм вводят в мозг, после чего двигают его к опухоли с помощью магнитных полей, создаваемых аппаратом для МРТ. Когда «семя» достигает опухоли, его нагревают радиоволнами, что уничтожает окружающие ткани. Процедуру повторяют, пока опухоль не исчезнет. Эффективность подхода показали на мышиной модели.

МРТ-сканер позволяет наблюдать и контролировать процесс, не прибегая к операции на мозге. Авторы исследования считают, что новый подход поможет снизить вред, наносимый окружающим тканям при удалении опухоли, и продлить время жизни пациентов. Тот же метод можно использовать при лечении рака простаты. В будущем ученые планируют изменить форму «семени», чтобы оно действовало, как маленький скальпель.