Коротко

Канадские ученые сравнили вероятность передачи коронавируса в семье от детей разных возрастов и опубликовали результаты в JAMA Pediatrics. Исследование охватило 6 280 домашних хозяйств, в которых нулевым пациентом с COVID-19 оказался ребенок. Трансмиссией внутри семьи считался как минимум один вторичный случай инфекции, детектированный не позднее 14 дней от педиатрического. Авторы выделили возрастные группы 0–3 года, 4–8 лет, 9–13 лет, 14–17 лет. Вторичная трансмиссия наблюдалась в 1717 хозяйствах. Группа 0–3 года продемонстрировала самую высокую вероятность трансмиссии по сравнению с группой 14–17 лет — отношение рисков составило 1,43. Вероятность трансмиссии от детей других возрастных групп также была повышена: 1,4 для 4–8 лет и 1,13 для 9–13 лет. Полученные данные можно использовать для корректировки профилактических мер в школах и детских садах.

В комментарии к статье специалисты с кафедры педиатрии Медицинской школы Перельмана Пенсильванского университета (США) отмечают, что на основе полученных результатов сложно дать совет семьям с маленькими детьми. Сложно представить, что члены семьи маленького пациента будут носить маски. Кроме того, родители будут носить больного ребенка на руках, а братья и сестры продолжат с ним играть. Самым очевидным решением авторы комментария считают вакцинацию всех членов семьи, которым это позволено системой здравоохранения.

Команда врачей и ученых из Гонконга оценила риск развития паралича Белла в течение 42 дней после иммунизации против COVID-19 мРНК-вакциной BNT162b2 (Fosun/BioNTech) или инактивированной вакциной CoronaVac (Sinovac Biotech) и рассказала о результатах в The Lancet Infectious Diseases. В работе использовались данные системы здравоохранения Гонконга. В период с 23 февраля по 4 мая 2021 года первую дозу CoronaVac получили 451 939 человек, первую дозу BNT162b2 — 537 205 человек. Клинически подтвержденный паралич Белла детектировали у 28 реципиентов CoronaVac и у 16 реципиентов BNT162b2, то есть заболеваемость среди привитых составила 66,9 случаев на 100 000 человеко-лет в случае CoronaVac и 48,8 случаев на 100 000 человеко-лет в случае BNT162b2. Сопоставление полученных результатов с заболеваемостью в общей популяции показало, что повышенный риск, связанный с инактивированной вакциной, соответствует дополнительным 4,8 случаям паралича Белла на 100 000 человек. Увеличение заболеваемости, ассоциированное с мРНК-препаратом, не значимо.

Авторы отмечают, что они не могут сделать вывод о причинно-следственной связи вакцинации и паралича Белла в каждом конкретном случае и что механизм, за счет которого, возможно, развивается такое осложнение, пока неизвестен. Тем не менее, паралич Белла — чаще всего, временное состояние, а защитный эффект инактивированных вакцин против COVID-19 сильно перевешивает риски. В исследование были включены пациенты, которым диагноз «паралич Белла» был поставлен впервые. Дальнейшие исследования охватят индивидов с параличом Белла в анамнезе и жителей регионов помимо Гонконга.

Blastim и PCR.NEWS запускают новый курс по Python и Linux для биоинформатики и биологии. Даты проведения: 27 сентября — 2 октября 2021.

Учиться можно очно в Москве или онлайн.

В программу входит:

• 20 часов практики с преподавателями-биоинформатиками с разбором примеров из молекулярной и структурной биологии

• 20 часов самостоятельных тренировок с код-ревью

• Практика по bash в реальном окружении на сервере

• Ежедневные лекционные материалы и готовые питоновские тетради с примерами кода, а также видеозаписи трансляций день в день

• Домашний проект по окончании интенсива для закрепления навыков

Ознакомиться с подробной программой и заригистрироваться можно по ссылке

При покупке курса до 1 сентября 2021 скидка 20%.

Ученые из США проверили, влияют ли на иммунологическую эффективность мРНК-вакцин против COVID-19 симптомы, проявляющиеся после вакцинации. Исследование проводилось на когорте из 954 работников здравоохранения, привитых препаратами Pfizer/BioNTech или Moderna. Участникам предложили заполнить опросник и взяли у них образцы крови через 14 или более дней после второй дозы. Клинически значимыми считались такие симптомы, как утомляемость, жар и озноб. Они развились у 52 участников после первой дозы и у 407 после второй дозы. Предшествующая коронавирусная инфекция (положительный ПЦР-тест не позднее чем через 14 дней после второй дозы или определенное значение IgG к S-белку перед вакцинацией) ассоциировалась с повышенной вероятностью клинически значимых симптомов после первой дозы, но не после второй. IgG к S-белку выработались у 953 из 954 участников независимо от реакции на прививку. Единственный участник, у которого антител не обнаружилось, принимал иммунодепрессанты. Таким образом, ни сила реакции на прививку, ни предшествующая коронавирусная инфекция не влияют на выработку антител в ответ на мРНК-вакцины.

Ученые из Австралии сравнили три популярных протокола для полногеномного секвенирования SARS-CoV-2 в образцах с низкой вирусной нагрузкой. Оценивали чувствительность, специфичность и способность детектировать варианты, встречающиеся с низкой частотой. Результаты опубликованы в журнале Journal of Clinical Microbiology. 

Авторы сравнили протоколы ARTIC v3, Respiratory Virus Oligo Panel (RVOP) и long-amp (pooled long-amplicon method). Секвенировали семь клинических образцов при серийном разведении. RVOP и long-amp хуже работают при низких вирусных нагрузках и низком качестве РНК, чем ARTIC v3. Чувствительность и покрытие ARTIC v3 можно повысить, модифицируя протокол. RVOP детектировал больше всего низкочастотных вариантов, однако некоторые из них оказались артефактами.

Авторы заключают, что ARTIC v3 — самый чувствительный и эффективный с точки зрения затрат протокол. Он лучше подходит для выявления вариантов, встречающихся с низкой частотой и для работы с образцами с низкой вирусной нагрузкой. 

Компания SkyGen отправила подарки всем призерам викторины по нанопоровому секвенированию. Поздравляем! Делитесь фотографиями подарков и впечатлениями в соцсетях, не забывайте отмечать аккаунт SkyGen:

https://vk.com/skygen_llc

https://www.instagram.com/skygenbio/

Ученые из Саудовской Аравии и США проанализировали 810 случайных статей, в которых исследования проводились на клетках млекопитающих. Многие из них не включают важные данные об условиях культивирования. Около половины изученных статей не сообщают о температуре и уровне CO2 в инкубаторе, менее 10% приводят данные об уровне кислорода в инкубаторе и менее 0,01% — о кислотности среды. Об уровнях кислорода и углекислого газа в среде не написал никто. Работа опубликована в журнале Nature Biomedical Engineering.

Клетки растут в инкубаторах с контролируемыми стандартными условиями. Однако между клетками и их окружением происходит газообмен, что может повлиять на кислотность и концентрации растворенных кислорода и углекислого газа. Эти изменения, в свою очередь, могут повлиять на клеточные процессы. Среда может сильно отличается от тех условий, в которых клетки растут in vivo.

Авторы рекомендуют стандартизировать процессы контроля среды, процедур измерений и публикации этих данных. Это повысит воспроизводимость результатов, полученных на культурах клеток млекопитающих.

В пятницу, 13 августа, компания Moderna объявила об одобренииFDA третьей дозы вакцины mRNA-1273 для взрослых реципиентов солидных органов или индивидов с диагнозом, предполагающим такой же уровень иммунокомпрометированности. Риск тяжелой формы COVID-19 для этой группы пациентов очень высок, поэтому им необходима особая схема вакцинации. В рандомизированных клинических испытаниях с участием 120 реципиентов солидных органов было показано, что третья доза mRNA-1273 усиливает иммунный ответ и в целом переносится хорошо.

Похожие результаты были получены ранее учеными из США на меньшей выборке.

Are you interested in cryo-EM and membrane proteins? WE ARE HIRING! Opening for a PhD position to work on the structure and function of human lipid transporters at VIB-VUB Center for Structural Biology in Brussels, Belgium.

What we offer VIB is an excellence-based entrepreneurial institute that focuses on translating basic scientific results into pharmaceutical, agricultural and industrial applications. VIB Center for Structural Biology Brussels is associated to the Vrije Universiteit Brussel (VUB) and houses research groups with a strong expertise in protein biochemistry, biophysics, nanobody technology, X-ray crystallography, NMR and electron microscopy.

Our group is interested in the structure and function of mammalian lipid transporters and in the membrane biology of the cell. In another line of research, we study the biophysics of ion channels of the endomembrane system and their role in neurodegenerative or neurological diseases such as Parkinson Disease. To advance our understanding in these fields we combine functional characterization (liposomal and cellular assays, fluorescence microscopy, electrophysiology) with a structural description of the involved proteins using cryo-EM and X-ray crystallography. Further details on available topics will be discussed during the interviews.

You will have access to state-of-the-art research facilities such as the VIB-VUB facility for Bio Electron Cryogenic Microscopy equipped with a 300 kV JEOL cryoARM300 electron microscope and K3 detector as well as the VIB Nanobody Core.

PhD students will have access to an extensive scientific and transferable skills training programs available through our affiliated institutes.

Start of the PhD student position can be negotiated, but ideally October or November 2021.

PhD students are further encouraged to apply for an FWO-fellowship to acquire their own funding (call deadline March 2022). Candidates will be assisted for the funding application.

Your profile

You are an enthusiastic, highly motivated and curiosity-driven personality with a strong background in biochemistry/biology/biotechnology and an interest in membrane proteins and organelle biology. Independent and critical thinking and good organizational skills are a prerequisite. You hold a university degree in biochemistry/biology or in a related discipline. Hands-on experience with either protein purification, cryo-EM or mammalian cell culture is required.

More information on the lab available at: vib.be/labs/brunner-lab

Motivated candidates are asked to apply online: vib.be/labs/brunner-lab

В группе телеграм-чатов независимых исследователей вакцин против коронавируса опубликованы предварительные результаты для вакцины «КовиВак», разработанной в Центре имени М.П. Чумакова. Иммунологическая эффективность оценена на основании 230 отзывов об определении антител IgG к белкам коронавируса с помощью коммерческих тест-систем; в этой группе сероконверсия (доля имеющих антитела) после 35 дня от первой дозы) не превышает 45%.

Одна из аккредитованных испытателями лабораторий определила вируснейтрализующую активность сывороток десяти вакцинированных. По результатам можно предположить, что сыворотки нейтрализуют штамм дельта, хотя и немного хуже, чем «уханьский», и что нейтрализующая активность коррелирует с содержанием антител к S-белку. У двоих вакцинированных без антител наблюдались признаки формирования Т-клеточного иммунитета.

Режим вакцинации «КовиВак-Спутник V» (11 отчетов) показал высокую иммунологическую эффективность, сопоставимую с вакцинацией «Спутником» переболевших. Авторы отчета предполагают, что В-клетки памяти формируются после вакцинацией «КовиВаком» даже при отсутствии детектируемых антител, и после бустерной дозы «Спутника» развивается вторичный иммунный ответ.

Авторы подчеркивают, что эти данные являются промежуточными и что иммунологическая эффективность может не отражать реальной эпидемиологической эффективности вакцины «КовиВак», которая будет определена в фазе 3 клинических исследований.