Коротко

Опубликована статья о de novo полнохромосомной сборке генома байкальской нерпы, одного из трех пресноводных видов нерп и единственного млекопитающего озера Байкал.

«Эта идея появилась более десяти лет назад в рамках международного проекта Genome 10K по инициативе тогда работавшего руководителем Центра геномной биоинформатики СПбГУ имени Ф. Г. Добржанского Стива О’Брайена. Суть проекта заключалась в том, чтобы секвенировать геномы 100 тысяч живых организмов, в их числе оказалась и байкальская нерпа», — рассказала соавтор работы, директор Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ Алла Лапидус. Проект затянулся из-за недостатка ресурсов и большого числа повторяющихся участков генома, осложняющих сборку. Проблему удалось решить с помощью метода Hi-C.

Существует теория, согласно которой предки байкальской нерпы около трех миллионов лет назад мигрировали с побережий Северного Ледовитого океана на юг по рекам. Таким образом нерпа оказалась в Байкале, который позднее был отделен от соленых водоемов. Выравнивание генома нерпы и трех родственных видов ластоногих показало высокое сходство, за исключением трех крупных инверсий в хромосоме VI. Гетерозиготность исследованных особей байкальской нерпы была относительно низкой, но сравнимой с другими видами. Однако некоторые признаки указывали на более резкое снижение численности, чем у других видов, возможно, на раннем этапе существования популяции. Решить другие вопросы, связанные с миграцией нерпы в озеро Байкал, поможет секвенирование большего числа геномов (по 8–10 каждого вида), предполагают авторы.

23 мая состоится научно-практическая конференция «Пульмоаллергология-2023» — все о диагностике, лечении, реабилитации пациентов. Конференция пройдет в рамках цикла «Патологии дыхания». Проект «Патология дыхания» освещает современные рекомендации и алгоритмы по обследованию и лечению больных с заболеваниями пульмонологического профиля.

Пульмоаллергология — одно из направлений, требующее непрерывного системного анализа в диагностике, лечении и профилактике. В рамках конференции эксперты обсудят современные подходы к диагностике и лечению, профилактике различных патологий с учетом принципов доказательной медицины, эффективные схемы реабилитации больных.

Программа мероприятия подана для одобрения и аккредитации в Совет НМО.

Все очные участники конференции примут участие в розыгрыше тонометров, дыхательных тренажёров и других призов. Розыгрыш состоится по окончании мероприятия.

Научным руководителем конференции выступила Попова Елена Николаевна, профессор кафедры терапии и полиморбидной патологии имени академика М.С. Вовси ФГБОУ ДПО РМАНПО Минздрава России, д.м.н.: «На пике аллергического сезона мы будем обсуждать практические аспекты диагностики и лечения пациентов с бронхолегочная патологией. Научная программа содержит новую информацию о лечении посковидного синдрома, тяжелых пневмоний, бронхиальной астмы, легочного фиброза».

Ключевые спикеры:

• Малинникова Елена Юрьевна, ведущий научный сотрудник ФГБНУ НИИВС им. И.И. Мечникова, заведующая кафедрой вирусологии ФГБОУ ДПО РМАНПО Минздрава России, д.м.н.

• Гравель Ирина Валерьевна, профессор кафедры фармацевтического естествознания Института фармации им. А.П.Нелюбина ФГАОУ ВО «Первый МГМУ им. И.М.Сеченова» Минздрава России, д.фарм.н.

• Шумилин Алексей Александрович, начальник пульмонологического отделения ФГБУ «НМИЦ ВМТ им. А.А. Вишневского» Минобороны России, подполковник м/с

• Хованов Александр Валерьевич, доцент Института традиционной восточной медицины, к.м.н.

Все очные и онлайн-участники получат в подарок электронную версию книги Зайцева А.А. и Лещенко И.В. «Острый бронхит». Методические рекомендации посвящены вопросам ведения пациентов с острым бронхитом.

Место проведения: Москва, ул. Новослободская, 23, «Новотель Москва Центр».

Зарегистрироваться: https://pulmonologys.ru/pulmo_5_23

Предварительная регистрация обязательна.

Этические принципы все чаще заставляют ученых искать альтернативы животным моделям там, где это возможно, особенно когда речь идет об опытах на достаточно высокоразвитых существах, таких как приматы. Чтобы изучать их ЦНС, не прибегая к экспериментам на самих животных, можно применять органоиды мозга. Эти небольшие трехмерные структуры позволяют изучать, в частности, роль тех или иных генов в развитии мозга.

Органоиды мозга получают путем дифференцировки стволовых клеток (iPSC) по нейрональному пути, стимулируя формирование объемных структур из дифференцирующихся клеток. Как правило, это длительный и трудоемкий процесс, который занимает несколько месяцев. Исследователи из Германии предложили более быстрый и бюджетный вариант получения генномодифицированных органоидов мозга. Их метод основан на сочетании микроинъекций и электропорации. Авторы работы утверждают, что благодаря новому подходу можно получать необходимые модификации в течение нескольких дней, что упростит и ускорит изучение развития нервной системы приматов, в том числе человека.

На Китайско-бразильской конференции по экономическому и торговому сотрудничеству в Сан-Паулу китайская компания BGI Genomics и Brazlex Medical Genetics, лидер Бразилии в области тестирования медицинских технологий, 17 апреля подписали соглашение о сотрудничестве в области тестирования и внедрения продуктов и услуг BGI на бразильский рынок, в том числе пренатального скрининга и скрининга на онкозаболевания. Компания сообщила об этом 16 мая.

Также BGI Genomics продаст компании Biogenar, ведущему поставщику услуг по прецизионной медицине в Аргентине, платформу для высокопроизводительного секвенирования. Кроме того, BGI Genomics заключила соглашение с Biocodices из Буэнос-Айреса о поставке полного набора оборудования и решений для неинвазивного пренатального генетического тестирования. Это позволит проводить тестирование на месте, а не отправлять образцы в зарубежные лаборатории.

Центр прецизионной онкологии чилийского университета Universidad Mayor получил два новейших секвенатора и другое оборудование от BGI Genomics. Это поможет создать крупнейшую лабораторию геномики рака в Чили.

Генерального директора ФБУН «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии “Вектор”» Рината Максютова решили уволить 18 мая, решение приняло руководство Роспотребнадзора, сообщает NGS.ru. В приказе, подписанном главой Роспотребнадзора Анной Поповой, названы следующие причины: «непринятие мер по урегулированию конфликта интересов», а также нарушение закона «О противодействии коррупции», что привело к «утрате доверия».

ГНЦ ВБ «Вектор» — один из крупнейших научных вирусологических и биотехнологических центров России, расположенный в наукограде Кольцово недалеко от Новосибирска. В ГНЦ ВБ «Вектор» проводятся исследования в области эпидемиологии, микробиологии, молекулярной биологии, генной инженерии, биобезопасности. В нем находится одна из самых полных в мире коллекций вирусов, включающая опасные патогены. Вакцина «ЭпиВакКорона» против коронавируса SARS-CoV-2, разработанная сотрудниками «Вектора» во время пандемии, вызвала серьезные вопросы, как по ее концепции, так и по защитной эффективности. При этом официально отсутствие эффективности не было признано.

Российские исследователи описали три новых вида клещей, паразитирующих на летучих мышах. По существующим данным, клещи отряда Mesostigmata, к которому относятся описанные виды, могут быть переносчиками патогенных бактерий рода Bartonella, способных заражать в том числе человека. Новые виды относятся к родам Spinturnix, Macronyssus и Steatonyssus. Экземпляры этих клещей были собраны с летучих мышей на территории Монголии и Южной Сибири. Полученные данные характеризуют новые виды клещей на территории России и некоторых соседних государств (Монголии, Кореи, Японии и бывших союзных республик). Авторы надеются, что их результаты помогут улучшить понимание систематики и экологии представителей этих родов, являющихся потенциальными переносчиками патогенов.

ДНК человека можно выделить практически в любом месте нашей планеты, где побывали люди, выяснили исследователи из Университета Флориды совместно с коллегами из различных стран. И не только выделить, но и идентифицировать с точностью до конкретного человека, если образец ДНК этого человека есть в генетической базе данных. В предыдущих работах ученые секвенировали образцы воды и песка с целью экомониторинга морских черепах. Подходы, основанные на секвенировании, позволяют определять источники ДНК из окружающей среды (environmental DNA, eDNA) — виды животных, растений, патогенных микроорганизмов. В новой работе авторы сопоставили ранее полученные данные секвенирования с эталонным геномом человека и во всех образцах нашли человеческие последовательности. Затем они подтвердили, что человеческая ДНК легко обнаруживается в городских водоемах Флориды и Ирландии, в пляжном песке (но не в океанской воде и не в песке с заповедной территории национального парка), а также в образцах воздуха из помещений. Более того, секвенирование определило мутации и гаплотипы, указывающие на происхождение индивида.

Ученые видят проблему в том, что такие данные не подлежат сейчас никакому правовому регулированию, их можно публиковать в открытом доступе в отличие от других генетических исследований, которые требуют санкций правоохранителей либо согласия человека. С другой стороны, неясно, как получать согласие в данном случае. А человека теперь возможно идентифицировать практически по выдоху в комнате, где он побывал один раз, утверждают авторы статьи, опубликованной в Nature Ecology and Evolution.

Активное развитие омиксных подходов ставит перед современной наукой задачу разработки методов процессинга и анализа данных, а также валидации этих методов. Для валидации алгоритмов обработки можно применять большие объемы данных с заданными параметрами. Для объективного контроля при таком подходе необходимы данные in silico, которые обладают заранее известными характеристиками и достоверно имитируют реальные данные, что требует наличия реалистичных симуляторов. На этой неделе в Nature Biotechnology представили статистический симулятор для генерации омиксных данных.

Симулятор, названный scDesign3, работает по принципу вероятностной модели и генерирует разнообразные синтетические датасеты, в том числе результаты анализа единичных клеток и пространственные омиксные данные. С помощью scDesign3 можно генерировать наборы данных, обладающих теми или иными параметрами в соответствии с заданной исследователем гипотезой. Кроме того, симулятор предлагает интерпретацию полученных данных, выводя биологически значимые параметры на основе правдоподобия для оценки соответствия предполагаемых кластеров клеток, траекторий и пространственных местоположений. Модель также генерирует отрицательные и положительные контроли для сравнительного анализа вычислительных инструментов.

Такой симулятор может стать полезным инструментом для разработки и дальнейшего улучшения алгоритмов анализа омиксных данных, поскольку на его выдачу можно опираться для оценки качества их работы.

В Европе эпидемии высокопатогенного гриппа птиц (ВПГП) раньше были сезонными, связанными с миграциями водоплавающих птиц. Однако с 2020 года картина изменилась, отмечают авторы статьи в Eurosurveillance. Вирусы ВПГП, в первую очередь подтипа гриппа A(H5) клады 2.3.4.4b, вызвали самые тяжелые эпидемии среди птиц: на европейских фермах было зарегистрировано более 14 000 вспышек и выбраковано около 96 миллионов птиц.

Помимо отхода от сезонности, наблюдается географическое расширение распространенности ВПГП в Юго-Восточную Азию, на север Европы, проникновение в Северную Америку через Исландию и Гренландию. Грипп A(H5N1) уничтожил более 40% популяции пеликанов в Чили и Перу (южноамериканские птицы ранее не встречались с этим вирусом). Авторы отмечают, что «быстрому распространению вирусов A(H5N1) во многие ранее незатронутые районы по всему миру и их успешному сохранению в летние месяцы, вероятно, способствовала продолжающаяся эволюция и рекомбинация с местными низкопатогенными птичьими вирусами, что привело к их адаптации к новым или ранее очень редко поражаемым видам диких птиц, таким как белощекие казарки или морские птицы». Кроме того, сообщается о передаче ВПГП различным видам млекопитающих.

Авторы отмечают, что риск для здоровья человека невелик — зарегистрированы лишь отдельные случаи инфекции, бессимптомные или с легкими симптомами. Однако инфицирование млекопитающих может повысить риск рекомбинации вирусов и их адаптации. Для борьбы с этой угрозой необходимы оперативный обмен информацией о вспышках и размещение геномных последовательностей вирусов в открытом доступе.

Для создания полноценной виртуальной реальности (VR) важна в том числе корректная передача запахов. Эта область VR пока остаётся одной из самых недоработанных и сильно отстает от технологий визуальных и акустических интерфейсов. Недавно ученые освоили новый уровень VR-технологий передачи запахов и разработали компактный беспроводной ольфакторный интерфейс для индивидуального ношения. Устройство закрепляется под носом пользователя, а принцип работы основан на использовании миниатюрных генераторов запахов, которые контролируемо выделяют небольшой объем нужного ароматического вещества. Малые размеры и индивидуальное ношение выгодно отличают новое устройство от применяемых обычно систем генерации запахов для виртуальной реальности, которые требуют громоздких конструкций, проводного подключения и больших объемов ароматических веществ, а также ограничены в скорости передачи или изменения запаха.