Анализ РНК-вирома городов и пригородов выявил 40 тысяч потенциальных новых вирусов
РНК-вирусы — неотъемлемая часть среды, окружающей человека и влияющей на его здоровье. Они также представляют собой одну из наиболее разнообразных эволюционно групп, однако значительная часть их разнообразия, иногда называемая вирусной «темной материей», не описана до сих пор. Чтобы восполнить этот пробел, авторы статьи в Nature Communications проанализировали РНК-виром и
создали Атлас городских и пригородных РНК-вирусов.
Ученые проанализировали 2 922 метатранскриптома из различных городских сред, таких как транспортные узлы, больницы и банки, а также пригородных зон. Образцы собирали в 102 городах 31 страны. Всего анализ выявил 54 945 РНК-вирусов, 77% из которых ранее не были описаны — это более 40 тысяч новых операционных таксономических единиц (OTU) РНК-вирусов. По полученным последовательностям авторы построили филогенетическое древо, опираясь на РНК-зависимые РНК-полимеразы вирусов. Они выделили два новых предполагаемых типа (филума) РНК-вирусов, один потенциальный класс и несколько клад неустановленного таксономического ранга.
По базам данных спейсеров CRISPR исследователи оценили спектр возможных хозяев для примерно трети выявленных РНК-вирусов. В частности, они построили сеть взаимодействий с клинически значимыми патогенами группы ESKAPE и обнаружили 166 вирусов, связанных с четырьмя из шести видов этой группы. (Название ESKAPE представляет собой акроним, обозначающий шесть клинически значимых патогенов: Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter spp.). Исследователи подчеркивают экологическую сложность и разнообразие РНК-вирусов, а также призывают к их постоянному мониторингу в городской среде.
Меню
Все темы
0





