Меню
Все темы
Как выбрать имя для вашей кольцевой РНК
ПреРНК эукариот после транскрипции подвергаются сплайсингу — удалению интронов. В результате образуются несколько видов зрелых РНК, в том числе кольцевые, или циклические (circRNA, цРНК). Они могут соответствовать как интронным, так и экзонным последовательностям линейных РНК. Следует различать цРНК и стабильную интронную РНК, по каким-то причинам не подвергнутую деградации: концы интронов, замкнутых в кольцо, соединены фосфодиэфирной 2',5'-связью, а концы цРНК — обычной 3',5'-связью.
Известно множество кольцевых молекул РНК — сотни функциональных молекул стабильной интронной РНК и сотни тысяч цРНК. Авторы комментария, опубликованного в Nature Cell Biology, призывают научное сообщество во избежание путаницы принять единую номенклатуру для цРНК.
Сейчас подавляющее их большинство носит названия, образованные добавлением префикса «circ» к названию гена-хозяина; эта стратегия не позволяет различать цРНК, считанные с одного гена. Авторы предлагают включать в название обозначения экзонных и интронных компонентов в составе цРНК: не circCOX5A, а circCOX5A(2,3) и circCOX5A(3,4), где цифры — номера экзонов. Сохраненную интронную последовательность предложено обозначать RI, тогда кольцевые РНК с интронным участком и без него могут называться, например, circCAMSAP1(2,RI,3) и circCAMSAP1(2,3). Также предложены способы именования цРНК с альтернативным сплайсингом, новыми (ранее не аннотированными) экзонами и цРНК, возникших из двух генных последовательностей в результате транслокации. Схемы именования интуитивно понятны и подходят для любых эукариотических видов, считают авторы.
Вам будет интересно
481
0
Владимир Алексеевич Гвоздев (01.05.1935 — 13.06.2025) в 1957 году начал работать в Институте биофизики АН СССР под руководством Р.Б. Хесина. В 1959 году лаборатория Хесина вошла в состав Радиобиологического отдела, созданного на базе Института атомной по инициативе И.В. Курчатова, И.Е. Тамма и А.П. Александрова. В.А. Гвоздев в 1972 году стал заведующим лаборатории биохимической генетики животных. В 1977 году Радиобиологический отдел был преобразован в Институт молекулярной генетики АН СССР.
В 1985 году В.А. Гвоздев также занял должность профессора кафедры молекулярной биологии биологического факультета МГУ им. М. В. Ломоносова. По учебнику В.И. Агола, А.А. Богданова и В.А. Гвоздева «Молекулярная биология. Структура и биосинтез нуклеиновых кислот» под редакцией А.С. Спирина занималось множество студентов профильных специальностей.
Среди научных интересов В.А. Гвоздева были регуляция экспрессии генов у эукариот, РНК-интерференция, мобильные элементы. Вместе с коллегами он впервые описал короткую РНК, вызывающую деградацию мРНК и позднее получившую название piРНК.
Интервью с Владимиром Алексеевичем Гвоздевым на PCR.NEWS: «Главное для ученого — любовь к науке и настойчивость»
1203
0
Линкерный гистон фиксирует нить ДНК на нуклеосоме. Считалось, что его роль ограничивается только поддержанием этой структуры, однако авторы статьи в The Plant Cell обнаружили, что это не так — по крайней мере, в растительных клетках.
Ученые обнаружили в клетках арабидопсиса вариант линкерного гистона MdH1.1, который функционирует как транскрипционный фактор. Вместе с геном малатного транспортера и еще несколькими факторами транскрипции он формирует в клетках растения петлю обратной связи, которая контролирует уровни малата в зависимости от концентрации сорбитола в клетке. Подавление экспрессии MdH1.1 с помощью антисмысловых нуклеотидов подавляло накопление малата, а оверэкспрессия, наоборот, увеличивала его содержание. Механизм авторы подробнее изучили на яблоне (Malus domestica).
Таким образом, линкерный гистон оказался не только архитектурным белком. «В прошлом считалось, что линкерные гистоны играют только косвенную роль в регуляции экспрессии генов. Это первый случай — у любых видов — демонстрирующий, что линкерные гистоны напрямую регулируют экспрессию генов», — прокомментировал профессор Корнелльского университета Лайлян Чэн, старший автор работы.
855
0
При борьбе с раком усилия ученых и врачей в основном направлены на уничтожение опухолевых клеток. Но такой подход ассоциирован с развитием резистентности и побочными реакциями со стороны здоровых клеток. Теоретически можно пойти другим путем — сделать опухолевые клетки нормальными, что прекратит их распространение. При опухолеобразовании клетка идет по пути дедифференцировки, чтобы обратить этот процесс вспять, нужно снова ее дифференцировать. Но в этих процессах участвует множество генов, как узнать, на какие нужно воздействовать?
Чтобы прояснить этот вопрос, ученые из Южной Кореи создали «цифровой двойник» генной сети, связанной с дифференцировкой. Они применили новый подход к клеткам рака кишечника и идентифицировали главные молекулярные переключатели — MYB, HDAC2 и FOXA2. Подавив их в раковых клетках, можно восстановить у них фенотип, близкий к нормальному.
698
0
Агрегаты α-синуклеина накапливаются в мозге при многих нейродегенеративных заболеваниях. Анализ их структуры с помощью криоэлектронной микроскопии выявил электронно-плотную небелковую сердцевину протофиламентов. Авторы статьи в PLoS Biology смоделировали молекулярную динамику формирования фибрилл α-синуклеина в присутствии полифосфата и пришли к выводу, что именно полифосфат может быть неизвестным электронно-плотным веществом в середине филаментов.
Исследователи опирались на предыдущие работы, в которых было показано, что полифосфат — консервативный полианион — ускоряет формирование α-синуклеиновых фибрилл. Эксперименты по докингу показали, что полифосфат связывается с богатым лизином участком белка и тем самым нейтрализует отталкивание между положительно заряженными остатками лизина. Из-за этого изменяется конформация и стабильность филамента, что, в свою очередь, стимулирует образование фибрилл.
1083
0
Секретарь Нобелевского комитета по физиологии или медицине Томас Перлман назвал имена лауреатов. Премию получают Виктор Эмброс и Гэри Равкан за открытие микроРНК и их роли в посттранскрипционной регуляции гена. Ген микроРНК lin-4 был найден в геноме нематоды C. elegans. Эмброс и Равкан показали, что мутации в нем нарушают развитие червя. Статьи об этом были опубликованы в журнале Cell в 1993 году.
