Как выбрать имя для вашей кольцевой РНК
ПреРНК эукариот после транскрипции подвергаются сплайсингу — удалению интронов. В результате образуются несколько видов зрелых РНК, в том числе кольцевые, или циклические (circRNA, цРНК). Они могут соответствовать как интронным, так и экзонным последовательностям линейных РНК. Следует различать цРНК и стабильную интронную РНК, по каким-то причинам не подвергнутую деградации: концы интронов, замкнутых в кольцо, соединены фосфодиэфирной 2',5'-связью, а концы цРНК — обычной 3',5'-связью.
Известно множество кольцевых молекул РНК — сотни функциональных молекул стабильной интронной РНК и сотни тысяч цРНК. Авторы комментария, опубликованного в Nature Cell Biology, призывают научное сообщество во избежание путаницы принять единую номенклатуру для цРНК.
Сейчас подавляющее их большинство носит названия, образованные добавлением префикса «circ» к названию гена-хозяина; эта стратегия не позволяет различать цРНК, считанные с одного гена. Авторы предлагают включать в название обозначения экзонных и интронных компонентов в составе цРНК: не circCOX5A, а circCOX5A(2,3) и circCOX5A(3,4), где цифры — номера экзонов. Сохраненную интронную последовательность предложено обозначать RI, тогда кольцевые РНК с интронным участком и без него могут называться, например, circCAMSAP1(2,RI,3) и circCAMSAP1(2,3). Также предложены способы именования цРНК с альтернативным сплайсингом, новыми (ранее не аннотированными) экзонами и цРНК, возникших из двух генных последовательностей в результате транслокации. Схемы именования интуитивно понятны и подходят для любых эукариотических видов, считают авторы.