Лабораторные расходники — возможный источник вирусных контаминаций
Исследователи из Китая обнаружили, что силикатные мембраны, применяемые для выделения нуклеиновых кислот, могут стать источником парвовирусов и других вирусных загрязнений. Контаминация способна создать ложные ассоциации между вирусами и хозяевами в метагеномных исследованиях, затруднить диагностику и мониторинг.
В нескольких регионах Китая в ходе метагеномных исследований ученые выявили десятки парвовирусных последовательностей, схожих с геномами вирусов летучих мышей, птиц, панголинов и других животных. Дополнительный анализ показал, что источником этих последовательностей были не пациенты, а колонки для выделения нуклеиновых кислот и некоторые типы пробирок. Тестирование 28 наборов для выделения продемонстрировало контаминацию 13-ю вирусными семействами, в первую очередь Parvoviridae.
Авторы создали базу данных Panoramic Virus Discovery Data Chain (PVDDC), чтобы отслеживать вирусные геномы, протоколы лабораторных исследований, реагенты и организмы-хозяева. ChatGPT‐4o помог отследить контаминацию. Исследователи также запустили базу данных парвовирусов ParvoDB — общедоступную платформу с инструментами для поиска штаммов парвовирусов человека и отслеживания контаминаций. Для многих ассоциаций между парвовирусами и человеком из общедоступных баз данных нет надежных экспериментальных доказательств, то есть они могут быть результатом загрязнения реагентов.
Меню
Все темы
0






