Опрос «ПЦР — не просто Taq». Подведение итогов

Компания Oxford Nanopore Technologies заключила партнерство со швейцарской компанией 4bases, занимающейся клиническим NGS, чтобы разработать быстрый исследовательский рабочий процесс для анализа генов предрасположенности к раку молочной железы и яичников BRCA1 и BRCA2. Будут использованы наборы 4bases для ПЦР-амплификации BRCA1 и BRCA2, которые генерируют ампликоны, совместимые с технологией секвенирования коротких фрагментов от Oxford Nanopore. Анализ сначала будет предоставлен клиническим исследователям в Швейцарии и Италии, а затем выйдет на другие рынки.

Внутренние исследования с использованием коммерческих образцов показали 100%-ную конкордантность при определении известных генетических вариантов в генах BRCA1 и BRCA2, заявили представители компаний.

Центры по контролю и предотвращению заболеваний США опубликовали сообщение о возвратном тифе, вызванном бактерией Borrelia lonestari.

В апреле 2019 г. 75-летний житель Алабамы поступил в больницу с рецидивирующей лихорадкой, сопровождающейся потливостью, головной болью, ознобом и другими симптомами. До госпитализации он переживал 1–2 приступа в неделю в течение четырех недель. Иммунитет пациента был снижен, так как он принимал ритуксимаб в связи с неходжкинской лимфомой. За четыре недели до старта симптомов пациента на территории Алабамы укусил клещ.

Диагноз был поставлен только спустя три месяца от начала симптомов. Все это время у мужчины наблюдалась панцитопения. Онкологи подозревали рекуррентную лимфому, однако в мазке крови были обнаружены спирохеты. После этого пациенту немедленно назначили 10-дневный курс доксициклина. Показатели крови восстановились через месяц.

Возбудителя идентифицировали с помощью ПЦР-анализа образца крови. Им оказалась B. lonestari. Это первое сообщение о возвратном тифе, вызванном B. lonestari, однако, по словам ученых, такой манифестации можно было ожидать, учитывая близкое родство B. lonestari с B. miyamotoi, признанным возбудителем заболевания.

Сообщения об инфекциях, вызванных B. lonestari, относительно редки, несмотря на распространенность бактерии среди американских клещей. Возможно, она имеет сниженный потенциал патогенности по сравнению с другими боррелиями. В описанном случае клиническая картина могла стать результатом иммуносупрессии.

В The Lancet Infectious Diseases опубликован разбор случая ввоза в Великобританию клады вируса оспы обезьян (mpox), отличной от доминирующей.

По данным на 5 декабря 2022 года в Великобритании было зарегистрировано 3 730 пациентов с mpox, вызванной по большей части вирусом клады IIb B.1. Случаи заболевания, связанные с путешествиями, рассматривались отдельно. До сих пор все они ассоциировались с кладой IIb A.2. Новая работа описывает 33-летнего мужчину, вернувшегося в Великобританию из Нигерии и госпитализированного с эпилептическим статусом. Пациент не был носителем ВИЧ, у него не наблюдалось иммуносупрессии. Язвочки на коже, принятые за следы ветрянки, в Нигерии были обработаны ципрофлоксацином, так как подозревалась вторичная бактериальная инфекция.

Кожный мазок, взятый в Великобритании, оказался положительным на вирус оспы обезьян. Пациенту требовалась неотложная помощь в связи с непрекращающимися судорогами и компартмент-синдромом обоих предплечий. Энцефалит, ассоциированный с вирусом оспы обезьян, был исключен после отрицательного ПЦР-теста спинномозговой жидкости. Изначально мужчине был назначен 14-дневный курс тековиримата, однако его продлили до 6 недель из-за незаживающих язв в паху. Кроме того, у пациента была язва на роговице правого глаза. Ее лечили глазными каплями с противогерпетическим препаратом трифлуридином в течение 4 недель, после чего пациент был выписан.

Полногеномное секвенирование вируса, полученного из образцов пациента, выявило его принадлежность к линии A.3 клады IIb. У линий A.2 и A.3 не было одинаковых мутаций. Об обнаружении вируса оспы обезьян, происходящего из Нигерии, заявляли и другие страны. Возможно нигерийские линии, в том числе A.3, распространяются среди людей, не относящихся к мужчинам, практикующим секс с мужчинами.

Ранее было показано, что сточные воды можно использовать для мониторинга заболеваемости COVID-19 и отслеживания распространения штаммов SARS-CoV-2, вызывающих беспокойство. В новой работе ученые из США проверили, снижается ли точность такого мониторинга в туристических регионах. Туристы представляют собой мобильную популяцию, которая влияет на количество сточных вод и концентрацию патогенов в них. Это особенно заметно в праздничные и выходные дни.

Ученые анализировали сточные воды Лас-Вегаса, штат Невада, в период с марта 2020 г. по февраль 2022 г. В Лас-Вегасе проживает примерно 2,3 млн человек; кроме того, город еженедельно посещает около 1 млн туристов. Образцы сточных вод отбирались каждую неделю. В них выявляли РНК SARS-CoV-2 с помощью количественной ОТ-ПЦР и определяли штаммы вируса с помощью полногеномного секвенирования.

Штамм омикрон линии BA.1 появился в канализации Лас-Вегаса в начале декабря 2021 г., за неделю до того, как был обнаружен на водоочистных станциях и у местных пациентов при клиническом тестировании. Согласно расчетам, в это время 60% коронавирусной нагрузки в канализации обеспечивали туристы. Распространенность омикрона среди них составляла 40–60% по данным на 13 декабря и 80–100% по данным на 20 декабря.

Авторы делают вывод, что туристический поток может искажать данные мониторинга сточных вод. Это означает, что алгоритм отслеживания COVID-19 с использованием сточных вод, применяемый в Неваде, нуждается в доработке.

Работа опубликована в JAMA Network Open.

Журнал Science рассказывает о необычном медицинском случае. Летом 2021 года 54-летний мужчина с неврологическими симптомами был доставлен в больницу в Северной Калифорнии, МРТ выявила новообразование в левой части его мозга, и его перевели в Медицинский центр Калифорнийского университета в Сан-Франциско (UCSF). Биопсия головного мозга, метагеномное NGS спинномозговой жидкости и ПЦР показали, что это не опухоль, а редчайшая инфекция ЦНС, вызванная амебой Balamuthia mandrillaris. Инфекция мозга баламутией обычно приводит к летальному исходу.

Набор противопаразитарных, антибактериальных и противогрибковых препаратов пациенту не помог. Тогда медицинская команда нашла публикацию в журнале mBio за 2018 год, в которой описывались результаты скрининга более 2100 лекарств на эффективность против баламутии; эффективным оказался противомикробный препарат нитроксолин, разработанный в Европе. Врачам удалось получить разрешение FDA на использование этого препарата в экстренной ситуации. Таблетки безвозмездно предоставила компания из Шанхая Asieris Pharmaceuticals, разрабатывающая терапию рака мочевого пузыря с применением нитроксолина.

Уже через неделю лечения очаги поражения в мозгу уменьшились, в настоящее время пациент дома. Команда UCSF считает, что необходимо обеспечить доступность нитроксолина в любой точке страны, и отмечает важность быстрой диагностики редких инфекций с помощью метагеномного секвенирования.