PhD position. VIB-VUB Center for Structural Biology in Brussels, Belgium

Are you interested in cryo-EM and membrane proteins? WE ARE HIRING! Opening for a PhD position to work on the structure and function of human lipid transporters at VIB-VUB Center for Structural Biology in Brussels, Belgium.

What we offer VIB is an excellence-based entrepreneurial institute that focuses on translating basic scientific results into pharmaceutical, agricultural and industrial applications. VIB Center for Structural Biology Brussels is associated to the Vrije Universiteit Brussel (VUB) and houses research groups with a strong expertise in protein biochemistry, biophysics, nanobody technology, X-ray crystallography, NMR and electron microscopy.

Our group is interested in the structure and function of mammalian lipid transporters and in the membrane biology of the cell. In another line of research, we study the biophysics of ion channels of the endomembrane system and their role in neurodegenerative or neurological diseases such as Parkinson Disease. To advance our understanding in these fields we combine functional characterization (liposomal and cellular assays, fluorescence microscopy, electrophysiology) with a structural description of the involved proteins using cryo-EM and X-ray crystallography. Further details on available topics will be discussed during the interviews.

You will have access to state-of-the-art research facilities such as the VIB-VUB facility for Bio Electron Cryogenic Microscopy equipped with a 300 kV JEOL cryoARM300 electron microscope and K3 detector as well as the VIB Nanobody Core.

PhD students will have access to an extensive scientific and transferable skills training programs available through our affiliated institutes.

Start of the PhD student position can be negotiated, but ideally October or November 2021.

PhD students are further encouraged to apply for an FWO-fellowship to acquire their own funding (call deadline March 2022). Candidates will be assisted for the funding application.

Your profile

You are an enthusiastic, highly motivated and curiosity-driven personality with a strong background in biochemistry/biology/biotechnology and an interest in membrane proteins and organelle biology. Independent and critical thinking and good organizational skills are a prerequisite. You hold a university degree in biochemistry/biology or in a related discipline. Hands-on experience with either protein purification, cryo-EM or mammalian cell culture is required.

More information on the lab available at: vib.be/labs/brunner-lab

Motivated candidates are asked to apply online: vib.be/labs/brunner-lab

Добавить в избранное

Вам будет интересно

14.11.2024
488
0

Последняя версия алгоритма для предсказания структуры белков и их комплексов AlphaFold3, в отличие от RoseTTAFold и AlphaFold2, до сих пор не находилась в открытом доступе. После публикации статьи, в которой была представлена новая версия, в мае 2024 года, исследователи могли вводить последовательности белков и интересующих лигандов на сервере. Это решение компании Google DeepMind вызвало критику, так как оно ограничивает возможности по проверке и воспроизведению результатов. Кроме того, сервер не позволял моделировать взаимодействия с потенциальными лекарствами.

Компания заявляла, что это обеспечило правильный баланс между доступом для исследований и защитой коммерческих интересов (Isomorphic Labs, дочерняя компания DeepMind, использует AlphaFold3 для разработки лекарств). Однако затем представители компании объявили, что планируют в течение шести месяцев выпустить модель со свободным доступом для академического использования.

Теперь ученые могут загрузить программный код AlphaFold3, чтобы работать с ним в некоммерческих целях, объявила Google DeepMind 11 ноября. «Мы очень рады будем увидеть, что люди сделают с ним», — говорит Джон Джампер, который возглавляет команду AlphaFold в DeepMind и вместе с генеральным директором Демисом Хассабисом получил половину Нобелевской премии по химии 2024 года.

За последние месяцы несколько компаний из США и Китая представили инструменты с открытым исходным кодом на основе AlphaFold3 для прогнозирования структуры белков, комментирует Nature.

28.05.2024
598
0

Авторы работы, опубликованной в International Journal of Cancer, нашли в 420 статьях, вышедших с 2004 по 2023 год в журналах, посвященных исследованиям рака, упоминания восьми клеточных линий с неверными названиями. Часть таких упоминаний можно списать на ошибку, но в 235 случаях ученые заподозрили авторов в подделке результатов исследований. Например, там сравнивали клеточные линии с правильно и неправильно написанными названиями и получали разные результаты. Некоторые из этих несуществующих клеточных линий уже упоминались в обзорах; они могут сбить с толку авторов новых статей. Скорее всего, авторы опасались выдумывать названия клеточных линий, чтобы их не уличили в подделке, и скопировали откуда-то названия, написанные с ошибкой. Подробнее

Сумчатые животные Тасмании боятся людей сильнее, чем других хищников. Исследователи установили камеры и спикеры, которые при приближении животных проигрывали записи спокойного человеческого голоса, лая собак, рычания тасманийского дьявола, воя волков и блеяния овцы в качестве контроля. Оценивали реакции пяти видов сумчатых, включая кенгуру и валлаби. Животные сбегали от звуков голоса человека в 2,4 раза чаще, чем от следующего по силе влияния на поведение звука — лая собаки. Подробнее

Для рыбы-удильщика характерен сексуальный (половой) паразитизм — самец временно прикрепляется к самке или навсегда сливается с нею в период размножения. Ученые показали, что эта черта появилась во время глобального потепления 50–35 млн лет назад и совпала с переходом предков рыб-удильщиков от жизни на океанском дне к жизни в толще воды. Предположительно, паразитизм повышает шансы удильщиков на успешное размножение: после обнаружения партнера он уже никуда не денется. Подробнее

В настоящее время волчанку лечат стероидами, которые подавляют иммунную систему, что сопряжено с серьезными рисками. В разработке находятся более таргетные препараты. Однако волчанка — генетически разнородная болезнь, которую вызывают мутации в различных генах. Ученые связали подтип волчанки с мутациями в генах, регулирующих активность толл-подобных рецепторов, в частности, TLR7. Скоро в клинику поступят препараты, которые могут помочь именно этой группе пациентов. Подробнее

Авторы исследования, опубликованного в PNAS, разработали новый метод анализа белок-белкового взаимодействия в контексте различных тканей — MACSPI (Methionine Analog-based Cell-Specific Proteomics and Interactomics). Они метили белки в отдельных типах клеток зондами из аминокислот, структурно схожих с метионином. Под действием света зонды ковалентно сшивали взаимодействующие белки; также зонд можно использовать, чтобы «вытащить» сшитые белки. Авторы применили метод для анализа мышечной и нервной тканей нематоды и нашли много новых взаимодействий. Подробнее.

22.08.2023
721
0

Амилоидоз Аα-цепи фибриногена — редкое наследственное заболевание, при котором в почечных клубочках происходит отложение амилоидных фибрилл, индуцированное мутациями в гене соответствующего белка. У пациентов развивается болезнь почек, обычно прогрессирующая до терминальной стадии почечной недостаточности. До недавнего времени не было сообщений об этой патологии у других видов, кроме человека. Исследователи из Японии выполнили протеомный анализ образцов от 38 белок Sciurus lis, умерших в пяти зоопарках. Оказалось, что этот вид амилоидоза наблюдается у них удивительно часто (29 случаев из 38, или 76,3%). Среди особей старше 4 лет частота достигла 89%.

Масс-спектрометрия показала, что в амилоидогенезе у белок участвует С-концевая область Аα-цепи фибриногена, как и у людей. Однако у них, в отличие от людей, не было выявлено генных вариаций, отличающих амилоид-позитивные и амилоид-негативные белки; судя по всему, у японских белок это возрастное заболевание, присущее виду. Тем не менее они могут стать полезной моделью для поиска терапии этого заболевания, на данный момент неизлечимого.

14.12.2022
613
0

В Африке к югу от Сахары водится большое количество ядовитых змей. Каждый год в этом регионе от укусов змей страдают около 500 000 человек. Змеиные яды различаются по составу в зависимости от того, чем питается змея и от кого ей нужно защищаться. Эти различия важны и для врачей: от типа токсина зависят клинические проявления укуса. Однако существующие исследования состава ядов охватывают лишь небольшое количество видов змей. Датские ученые предложили решать эту проблему с помощью высокопроизводительной протеомики.

Они определили составы ядов 26 видов ядовитых змей, аспидов и гадюковых, имеющих наибольшую медицинскую значимость. Все образцы обрабатывались параллельно, в одном высокопроизводительном технологическом процессе. Кроме того, ученые проанализировали действие этих ядов in vitro. Результатом работы стали протеомные профили и функциональные профили для каждого из 26 ядов. Протеомы ядов змей Naja anchietae и Echis leucogaster были проанализированы впервые. По мнению авторов, полученные данные прольют свет на эволюцию ядов и будут полезны для разработки антидотов.

12.10.2022
767
0

Illumina и AstraZeneca заключили стратегическое исследовательское партнерство по обнаружению мишеней для новых препаратов. Компании объединят возможности интерпретации генома на основе искусственного интеллекта (ИИ) и методы геномного анализа, что должно ускорить поиск.

Для интерпретации геномов партнеры будут использовать новое поколение инструментария Illumina на основе ИИ: PrimateAI и SpliceAI совместно с системой анализа AstraZeneca для открытия редких вариантов генов. Также будут применяться ИИ-платформы AstraZeneca — JARVIS и предикторы in silico. Анализ больших объемов мультиомных данных с помощью комбинированных инструментов будет проводиться в центре геномных исследований AstraZeneca.

«Благодаря выявлению генов, для которых есть доказательства причинно-следственной связи с заболеваниями человека, комбинированный подход к поиску имеет потенциал для определения приоритетных кандидатов в лекарства с повышенной вероятностью одобрения», — поясняет директор по стратегии и корпоративному развитию Illumina и исполняющий обязанности финансового директора Джойдип Госвами.

В случае успешного сотрудничества, финансовые детали которого не разглашаются, компании Illumina и AstraZeneca «оценят возможности для долгосрочного партнерства».