Для контроля новых вариантов коронавируса нужно секвенировать больше геномов

В США правительство и CDC обсуждают недостаточное секвенирование геномов коронавируса. Крупный центр секвенирования в Вашингтонском университете готов к этой работе, но не может ее начать, отмечает Science. Директор центра Джеффри Милбрандт говорит, что получил менее 100 образцов: «У нас все подготовлено, но желающих не так много». CDC планируют изменить ситуацию, скоординировав национальную систему наблюдения за вариантами коронавируса. Ученые и эксперты в области общественного здравоохранения приветствуют этот план, но опасаются, что заявленных объемов секвенирования будет недостаточно.

Секвенирование новых штаммов жизненно важно, поскольку появляются новые, потенциально опасные варианты вируса. В январе Всемирная организация здравоохранения рекомендовала всем странам — членам ВОЗ нарастить лабораторные мощности для секвенирования коронавирусов.

Вариант B.1.1.7, впервые обнаруженный в Великобритании, распространяется и в других регионах. На его присутствие может указывать ошибка ОТ-ПЦР, при которой не выявляется мишень в гене белка S при нормальном протекании реакции на других мишенях — (S gene target failure, SGTF). Группа американских ученых секвенировала 212 геномов варианта B.1.1.7 среди образцов геномов коронавируса с SGTF, причем частота встречаемости «британского варианта» стремительно растет. Авторы делают вывод, что «США находятся на той же траектории, что и другие страны, где B.1.1.7 быстро стал доминирующим вариантом SARS-CoV-2, и это требует немедленных и решительных действий для минимизации заболеваемости и смертности от COVID-19».

Есть данные, что B.1.1.7 может повышать риск тяжелого заболевания и смерти; хотя повышение незначительно, с учетом более быстрого распространения инфекции это увеличит повысит нагрузку на здравоохранение. Существующие вакцины эффективны против B.1.1.7, однако в Великобритании уже обнаружен вариант с дополнительной мутацией, о которой известно, что она способствует убеганию от иммунного ответа. Российские специалисты также считают вероятным быстрое распространение варианта B.1.1.7 на территории РФ, но у большинства стран мира мощностей секвенирования недостаточно, чтобы это контролировать.

США считаются сверхдержавой секвенирования, отмечает Science. Однако на сегодняшний день в Соединенных Штатах секвенируются геномы только из 0,36% SARS-CoV-2-положительных образцов, при этом в разных штатах показатель варьируется от 0,02% до 2,6%. Лидер в области мониторинга изменчивости коронавируса — Дания с населением 5,8 млн человек, где секвенируют более 50% положительных образцов и планируют поднять эту долю до 70%. По оценкам датских ученых, B.1.1.7 распространяется в полтора раза быстрее, чем предыдущие варианты. Число случаев инфекции, вызванных им, растет на фоне спада всех остальных вариантов. Чтобы он не вышел из-под контроля, может понадобиться продление или ужесточение изоляции до тех пор, пока большая часть населения не будет вакцинирована. В Великобритании, где B.1.1.7 сейчас преобладает, жесткие меры уменьшили число новых случаев. Великобритания секвенирует около 7% положительных образцов, и эта доля с падением числа случаев увеличивается.

За эпиднадзор в США отвечают Центры по контролю и профилактике заболеваний (CDC), но организовать секвенирование на местах непросто, кроме того, во время президентства Дональда Трампа финансирование этого направления оставалось ограниченным. К 1 февраля 2021 года агентство заключило контракты на секвенирование коронавируса общей суммой $12,54 млн с Illumina, Helix, LabCorp и Quest Diagnostics. Они обязались анализировать 6000 вирусных геномов в неделю к середине месяца, заявила на прошлой неделе директор CDC Рошель Валенски. Добавив это количество к геномам, поступающим из академических центров и государственных лабораторий здравоохранения, Соединенные Штаты будут секвенировать «в три раза больше» образцов, чем сегодня, сказала она.

На прошлой неделе Белый дом заявил о готовности потратить $340 млн на секвенирование 5% положительных образцов (то есть около 39000 геномов в неделю в нынешней ситуации). Девятого февраля демократы из Палаты представителей предложили потратить $1,75 млрд долларов секвенирование коронавируса и мониторинг распространения вариантов. Это часть законопроекта о борьбе с коронавирусом, который Джо Байден, возможно, подпишет в следующем месяце.