Коллаборация вирусологов проанализировала генетические данные из образцов с рынка Хуанань в Ухане

Журнал Cell опубликовал результаты очередного анализа образцов с оптового рынка диких животных Хуанань в Ухане. В научном сообществе преобладает мнение, что именно там началось распространение коронавируса SARS-CoV-2, которое привело к пандемии.

В марте 2023 года Флоранс Дебарр, биолог-эволюционист из Французского национального центра научных исследований (NCSR), рассказала Nature, что 4 марта 2022 года «почти случайно» обнаружила на GISAID огромный массив данных с рынка Хуанань — «по сути, те самые [данные], которые мы год ждали». Дебарр и ее коллеги скачали около полутерабайта геномных данных, примерно из 50 образцов, включая почти все положительные на коронавирус мазки. Вскоре после этого данные исчезли из публичного доступа.

Дебарр и ее коллеги предлагали китайским исследователям коллаборацию и получили отказ. Сотрудники China CDC опубликовали собственный анализ этих образцов сначала на ResearchSquare, затем и в Nature. (Подробнее на PCR.NEWS.)

В свою очередь, международная группа ученых, среди которых, помимо Флоранс Дебарр, были Майкл Воробей, Томас Пикок, Эндрю Рэмбо и другие известные вирусологи, представила результаты своего анализа на Zenodo, а теперь в Cell. Поскольку конспирологические теории о происхождении SARS-CoV-2 продолжают циркулировать, эти результаты представляют интерес.

По данным филодинамического анализа, последний общий предок всех известных вариантов коронавируса, распространявшихся среди людей, существовал в конце ноября — начале декабря 2019 года; первичная инфекция должна была произойти во второй половине ноября, а к началу декабря должно было быть инфицировано от одного до 83 человек, госпитализировано не более двух. Это сходно с тем, что мы знаем о раннем этапе пандемии.

На рынке Хуанань образцы были собраны в первых числах января, для них имелись данные ОТ-ПЦР на SARS-CoV-2 и метатранскриптомного NGS секвенирования. Проанализировав эти данные, исследователи еще раз подтвердили присутствие на рынке определенных видов млекопитающих, а также идентифицировали геномы других вирусов животных.

Авторы статьи в Cell установили, что последний общий предок хуананьских образцов идентичен общему предку всех пандемических вирусов, как и должно было быть, если все началось там. Время его существования попадает в промежуток 11 ноября — 20 декабря.

Ранние варианты SARS-CoV-2 разделяются на линии А и В, которые отличают два связанных друг с другом однонуклеотидных полиморфизма (SNP), — линия A, или S в другой номенклатуре (8782T и 28144C); и линия B, или L (8782C и 28144T). Высказывалось предположение, что линия A/S является предковой по отношению ко всем остальным пандемическим вариантам, однако авторы статьи считают это недоказанным.

Так как все случаи, непосредственно связанные с рынком Хуанань, принадлежали к линии В, существовала гипотеза, что на рынке произошла вспышка размножения этой линии, тогда как линия А распространялась независимо. Однако и линия А была обнаружена в хуананьских образцах. В частности, к ней принадлежал один почти полный геном вируса из образцов, собранных 1 января в западном крыле рынка, где находилось большинство поставщиков диких животных; еще три генома оттуда принадлежали к линии В.

Существование двух линий может быть свидетельством по крайней мере двух случаев передачи вирусу от животного человеку. Известно, что контакты животных и людей способствуют распространению SARS-CoV-2 (авторы ссылаются на вспышку, которая произошла в январе 2022 года в гонконгском зоомагазине, где были зарегистрированы множественные вторичные заражения вариантом дельта от хомячков).

Снова подтвердилось, что количество положительных по SARS-CoV-2 образцов растет рядом с торговыми местами, где находились дикие животные. Авторы перечисляют доказательства того, что инфицированы были именно животные на рынке. Положительными были образцы, взятые с оборудования для перевозки, содержания и уборки, причем ДНК животных в этих образцах было больше, чем ДНК человека. Положительными были также образцы из водостоков в полу там, где находились животные. Наконец, в этих же образцах присутствовали другие известные вирусы животных. Разумеется, можно предположить, что вирус выделял человек, работающий с животными, но такой человек с высокой вероятностью сам заразился именно от животного.

Исследователи определили видовую принадлежность ДНК диких животных в пяти SARS-CoV-2-положительных образцах из западного крыла по последовательностям митохондриальной ДНК (мтДНК). Была обнаружена мтДНК циветты Paguma larvata, бамбуковой крысы Rhizomys pruinosus и енотовидной собаки Nyctereutes procyonoides — эти виды ранее были идентифицированы как возможные промежуточные хозяева SARS-CoV-2. Также нашли мтДНК кроликов, амурского ежа, малайского дикобраза, мунтжака Ривза и гималайского сурка. В пробах были найдены участки геномов вирусов животных, включая те, которые заражают енотовидных собак, циветт и бамбуковых крыс.

В то же время мтДНК нутрий, лис и песцов присутствовала только в отрицательных по коронавирусу образцах.

Примечательно, что авторы новой статьи не нашли доказательств присутствия генетического материала летучих мышей, о котором сообщали китайцы. Все совпадения последовательностей, на которые ссылаются китайские коллеги, они оценили как неспецифические и неинформативные.

Наконец, исследователи восстановили митохондриальные генотипы енотовидных собак с рынка, чтобы можно было выдвинуть гипотезы об их происхождении. У енотовидной собаки выделяют четыре подвида, но ареал самого северного из них, обитающего и в России (N. p. ussuriensis) не пересекается с ареалом ближайшего известного родственника SARS-CoV-2 — сарбековируса летучих мышей. И действительно, митохондриальный гаплотип из хуананьских образцов не совпадал с гаплотипом N. p. ussuriensis, а данных по гаплотипу подвида N. p. procyonoides, наиболее распространенному в Китае, пока не получены.

Предположение, что вирус на рынок Хуанань был занесен человеком, высказывалось неоднократно. Высока вероятность, что первые случаи заражения людей SARS-CoV-2 произошли раньше, чем первые зарегистрированные случаи на рынке. Однако обнаружение двух линий вируса, В и А, как на самом рынке Хуанань, так и в случаях, географически связанных с ним, означает, что SARS-CoV-2, скорее всего, появился или на рынке, или в его цепочке поставок.

Любая гипотеза возникновения COVID-19 должна объяснить, как вирус попал на один из четырех рынков живых диких животных в 12-миллионном городе, в то время, когда инфицированы были единицы. Лучше всего это объясняет появление на рынке группы продавцов с животными, в которой распространилась инфекция. 

Авторы предполагают, что установить, каким путем вирус попал на рынок, может помочь отбор проб у животных на фермах. Все еще не поздно взять пробы на антитела к коронавирусу у старых животных (например, племенных). В настоящее время данных эпиднадзора за торговлей дикими животными в Юго-Восточной Азии и на юге Китая явно недостаточно. Также необходимо провести эксперименты по определению чувствительности к коронавирусу тех видов диких животных, присутствовавших на рынке Хуанань, для которых это еще не сделано.