Результаты исследования образцов с рынка Хуанань опубликованы в Nature

Исследователи из Китайского центра по контролю заболеваний (China CDC) опубликовали в Nature результаты самых ранних этапов эпиднадзора за SARS-CoV-2.

В 2022 году препринт этой статьи был размещен на ResearchSquare. В марте 2023 года анализ некоторых данных, связанных с китайским исследованием, представила на Zenodo международная группа ученых. Флоранс Дебарр, биолог-эволюционист из Французского национального центра научных исследований, сообщила, что почти случайно обнаружила эти данные в общедоступном хранилище данных GISAID 4 марта 2022 года. Дебарр и ее коллеги скачали около полутерабайта геномных данных, полученных примерно из 50 образцов. Данные включали почти все SARS-CoV-2-положительные мазки с рынка Хуанань. «Мы говорим о миллионах и миллионах ридов», — сказал соавтор исследования Алекс Криц-Кристоф.

Вскоре после того, как исследователи скачали эти данные, они исчезли из публичного доступа на GISAID. Дебарр и ее коллеги говорят, что связались с авторами препринта и с China CDC, предлагая совместную работу, но получили отказ.

Исследователи искали свидетельства присутствия млекопитающих — потенциальных промежуточных хозяев вируса. Они идентифицировали почти полные последовательности митохондриальной ДНК для пяти видов, в том числе енотовидной собаки Nyctereutes procyonoides, малайского дикобраза Hystrix brachyura, дальневосточного ежа Erinaceus amurensis, гималайской циветты Paguma larvata и седой бамбуковой крысы Rhizomys pruinosus. В частности, енотовидные собаки вполне могут быть промежуточными хозяевами коронавируса; они восприимчивы к SARS-CoV-2 и могут передавать инфекцию другим енотовидным собакам.

На брифинге для прессы 17 марта 2023 года генеральный директор ВОЗ Тедрос Аданом Гебреисус призвал China CDC к большей открытости. «Эти данные могли и должны были быть переданы три года назад», — сказал он.

О чем говорится в работе сотрудников China CDC? Как известно, с рынком Хуанань в Ухане ассоциированы ранние случаи заболевания COVID-19 в декабре 2019 года. Рынок был закрыт 1 января 2020 года. С 1 января по 30 марта 2020 года на нем собрали 1380 образцов для исследования нуклеиновых кислот — 923 образца из окружающей среды и 457 образцов взяли у животных, принадлежащих к 18 видам. Образцы включали мазки с животных в холодильниках и морозильниках, мазки, взятые у бродячих животных, их фекалии, а также содержимое аквариумов.

Авторы статьи сообщают, что 73 образца из окружающей среды, собранные на рынке и вокруг него, дали положительный результат на SARS-CoV-2 при ПЦР-анализе. Из 64 положительных проб, взятых на рынке, большая часть — 56 (87,5%) — происходила из его западной части. Там как раз и продавали диких животных (правда, следует иметь в виду, что по этой причине именно там особенно активно брали пробы), тогда как в восточной части — мясо домашних животных.

SARS-CoV-2 также был обнаружен в канализации (24 положительных из 110). Это позволяет предположить, что инфицированные люди и (или) животные загрязнили сточные воды и тем самым способствовали дальнейшему распространению вируса на рынке.

Авторы инокулировали 27 образцов, собранных в день закрытия, 1 января, в клеточные линии. В трех случаях им удалось выделить жизнеспособные вирусы, все из образцов, собранных в окружающей среде. С помощью высокопроизводительного секвенирования они получили несколько полных или почти полных геномов SARS-CoV-2 — культивированных вирусов, а также еще одного образца из окружающей среды. Нуклеотидная идентичность геномов с человеческим изолятом HCoV-19/Wuhan/IVDC-HB-01/2019 составляла 99,99–100% (в одном из образцов были две синонимичные замены нуклеотидов).

Изначально варианты SARS-CoV-2 разделили на две главные линии, основываясь на двух сильно связанных друг с другом однонуклеотидных полиморфизмов (SNP): линия A, она же линия S в другой номенклатуре (8782T и 28144C); и линия B, или L (8782C и 28144T). Предполагалось, что линия A/S, скорее может быть предковой по отношению ко всем остальным, потому что все связанные с SARS-CoV-2 коронавирусы, изолированные от летучих мышей и панголинов, имели в этих позициях 8782T и 28144C. Альтернативный вариант — два или более случаев заражения человека от животного (подробнее на PCR.NEWS).

Большая часть секвенированных образцов из окружающей среды принадлежала к линии B/L, и они хорошо кластеризовались с изолятами, полученными от пациентов в начале пандемии. Один из образцов принадлежал к линии A/S; однако авторы отмечают, что этот геном был низкого качества.

Наконец, авторы секвенировали РНК образцов, как положительных, так и отрицательных по SARS-CoV-2, чтобы идентифицировать таксоны позвоночных животных. Использовали метод Kraken2 и баркодирование по субъединице I цитохром с-оксидазы; в целом идентифицировали более 70 видов млекопитающих. Было подтверждено присутствие летучих мышей-ночниц (Myotis), енотовидных собак и хорьковых барсуков (Melogale) — видов, известных как хозяева сарбековирусов. Однако авторы подчеркивают, что образцы, в которых присутствовали баркоды этих видов, обычно были отрицательными по коронавирусу.

В частности, авторы проанализировали несколько образцов от 1 января с высоким содержанием коронавируса. В двух из них ожидаемо нашли нуклеиновые кислоты людей, овец, коров, свиней, собак и кошек, в третьем — также буйвола, нетопыря (Pipistrellus) и выдры, но в таких низких количествах, что нельзя исключить ошибку.

Хотя эти результаты подтвердили, что SARS-CoV-2 распространялся на рынке Хуанань на ранних стадиях пандемии COVID-19, они не доказывают окончательно, что передача вируса от животных к людям впервые произошла именно там, заключают авторы. Пока нельзя исключать возможность проникновения вируса на рынок через инфицированных людей, охлажденные либо замороженные продукты. Рынок мог стать местом быстрого размножения и передачи вируса.

Четыре гипотезы о коронавирусе

Люди заражались SARS-CoV-2 от животных не менее двух раз

Расположение сайтов рестрикции в геноме SARS-CoV-2 не подтверждает его искусственного происхождения