Расположение сайтов рестрикции в геноме SARS-CoV-2 не подтверждает его искусственного происхождения

Авторы статьи, опубликованной на сервере препринтов bioRxiv, используют в качестве аргумента расположение в геноме SARS-CoV-2 сайтов рестрикции, то есть участков, которые распознаются эндонуклеазами рестрикции, или рестриктазами — ферментами, разрезающими ДНК в точках распознавания. Эти ферменты уже полвека используются для манипуляций с ДНК. Из фрагментов, полученных в результате рестрикции, можно собрать ДНК-копию РНК-генома вируса и получить вирус, обладающий новыми свойствами; этот процесс называется сборкой генома in vitro (in vitro genome assembly, IVGA). Подобная работа, напоминают авторы, была проделана еще в 2013 году с коронавирусом MERS.

Авторы препринта рассчитали случайные распределения сайтов рестрикции, которые можно было бы ожидать в «диких» коронавирусах. Их идея в том, что модификации сайтов рестрикции в геноме, то есть появление или исчезновение сайтов в геноме SARS-CoV-2 по сравнению с родственными коронавирусами, могут быть маркером IVGA.

Сайты рестриктаз BsaI /BsmBI разделяют геном на фрагменты небольшого размера, подходящего для манипуляций, которые предшествуют сборке геному, при этом у SARS-CoV-2 отсутствуют некоторые сайты этих рестриктаз, консервативные у других коронавирусов. Кроме того, эти сайты фланкируют последовательность, кодирующую домен S1 спайк-белка, что удобно для манипуляций с этим важным участком. По мнению авторов, это не может быть случайностью, иными словами, «карта сайтов рестрикции BsaI/BsmBI SARS-CoV-2 является аномальной для дикого коронавируса и, скорее всего, произошла от инфекционного клона, разработанного как эффективная система обратной генетики».

Критические отзывы появились сразу же. Биоинформатик Алекс Криц-Кристоф, постдокторант в Школе общественного здравоохранения Джона Хопкинса, написал в Твиттере: «В науке есть много видов “неправильно”, но этот препринт — ложь. Причин много (…), но главная: все “необычные” сайты точно обнаружены у природных коронавирусов летучих мышей».

Вот вкратце его аргументы. Авторы заявляют, что сосредоточились на сайтах BsaI/BsmBI в SARS-CoV-2, «чтобы избежать потери мощности при множественных сравнениях». Но нет никаких причин выбирать именно эти рестриктазы из множества используемых, кроме одной: с ними получается картина, которая устраивает авторов. Более того, эти сайты рестрикции присутствуют в геномах «диких» коронавирусов и в реконструированном геноме общего предка SARS-CoV-1, SARS-CoV-2 и их родственников. Удобство их расположения для манипуляций с геномом сильно преувеличено, как и малая вероятность того, что пять сайтов разделят геном размером 30 тысяч нуклеотидов на фрагменты не более 8 тысяч. Самое смешное, что некоторые заведомо дикие вирусы по этому последнему показателю выглядят «более генноинженерными», их геномы разделены более аккуратно.

Таким образом, эта работа не дает оснований сомневаться в природном происхождении SARS-CoV-2. Летом 2022 года вышли две статьи, снова подтверждающие, что причиной пандемии COVID-19 были случаи передачи вируса (вероятно, не один, а два или более) от животных к человеку на оптовом рынке Хуанань в Ухане. (Подробнее на PCR.NEWS.)