Люди заражались SARS-CoV-2 от животных не менее двух раз

Статистические исследования случаев COVID-19 в Ухане зимой 2019–2020 года и филогенетический анализ ранних геномов вируса в очередной раз подтверждают: пандемия началась на оптовом рынке морепродуктов в Ухане. Наиболее вероятно, что передача вируса от животных человеку произошла как минимум дважды, дав начало линиям В и А SARS-CoV-2. Все еще неизвестно, какие события предшествовали появлению коронавируса на рынке.


Изображение:

Енотовидная собака

Credit:

123rf.com

В Science опубликованы две тематически связанные статьи, которые подтверждают, что пандемия COVID-19 началась на оптовом рынке Хуанань в Ухане. Скорее всего, причиной были несколько (минимум два, а возможно, и гораздо больше) случаев заражения человека от животного.

Первую официальную информацию о вспышке пневмонии неясной этиологии в городе Ухань, где проживают 11 млн человек, китайское правительство направило в ВОЗ 31 декабря 2019 года. До этого диагнозы были поставлены в нескольких независимых больницах 18–29 декабря 2019 года. Немного позднее обнаружилось, что 66% госпитализированных пациентов посещали один и тот же рынок морепродуктов или проживали рядом с ним. Второго января 2020 года впервые предположили, что рынок является источником инфекции. В дальнейшем было много споров о роли рынка Хуанань в развитии вспышки: преобладание связанных с ним случаев не доказывает, что пандемия началась именно там. А если бы удалось это подтвердить, это стало бы дополнительным аргументом в пользу зоонозного происхождения.

На рынке Хуанань, а также на трех других подобных рынках в Ухане продавали разнообразных животных, отловленных в дикой природе или выращенных в неволе (лисы, енотовидные собаки, свиные барсуки Arctonyx albogularisи т.д.). Для некоторых из этих видов млекопитающих была продемонстрирована возможность экспериментального заражения SARS-CoV-1 и SARS-CoV-2. В 2002-2004 году, во время вспышки аптипичной пневмонии, вызванной SARS-CoV-1, рынок Хуанань уже был под подозрением как источник возбудителя, поэтому 1 января 2020 года его закрыли и провели санитарную обработку.

Отчет ВОЗ сообщает, что в декабре 2019 было выявлено 174 случая заболевания COVID-19 в провинции Хубэй. Авторы исследования извлекли из карт в отчете координаты мест проживания 155 уханьцев, заболевших в декабре. Используя в качестве непараметрического метода оценки случайных величин ядерную оценку плотности (KDE), они показали, что большинство ранних случаев заболевания COVID 19 локализовано в районе оптового рынка на западном берегу реки Янцзы. Те случаи заболевания, для которых не было информации о прямой связи с рынком, также оказались локализованными вблизи от него.

Позже, в январе и феврале, концентрации в том или ином географическом районе не наблюдалось. Новые случаи регистрировались в разных районах Уханя, преимущественно густонаселенных и с высокой плотностью пожилых граждан. Аналогичные результаты о преимущественной первичной концентрации случаев COVID-19 в районе продажи диких животных были получены при проведении пространственного анализа и статистической обработки результатов. Географически связаны с рынком оказались обе ранние линии SARS-CoV-2, A и B. (Изначально были сомнения, что линия А присутствовала на рынке Хуанань, но затем ее нашли в образце с выброшенных перчаток.)

Авторы исследовали места массового скопления людей в Ухане, не связанные с торговлей животными — другие торговые центры, больницы, образовательные и культовые учреждения. Рынок Хуанань в общем списке был одним из самых низких по чекинам в соцсетях, тем не менее географическая связь случаев с ним налицо.

Когда исследовали на SARS-CoV-2 образцы, взятые с рынка, положительными оказались мазки, взятые преимущественно в юго-западном углу рынка, в том числе с клеткок, тележек и морозильных камер. Именно там перед пандемией продавали живых млекопитающих — енотовидных собак, барсуков и лисиц. Эти данные подтверждают, что инфицированные животные присутствовали на рынке Хуанань в начале пандемии COVID-19; однако авторы подчеркнули, что у них не было доступа к образцам живых животных.

Таким образом, первичный источник локализован на уровне района, а не целого города, и полученные данные подтверждают гипотезу о зоонозном происхождении возбудителя COVID 19.

Авторы второй статьи проанализировали разнообразие SARS-CoV-2 в первые месяцы пандемии, до февраля 2020 года. Методы молекулярной эпидемиологии показывают, что уже тогда существовали две отдельные вирусные линии, обозначенные A и B. Линия B была наиболее распространенной на протяжении всей пандемии, к ней принадлежат все 11 секвенированных геномов людей, непосредственно связанных с рынком. Линия A отличается от линии B двумя заменами нуклеотидов, C8782T и T28144C, которые также обнаружены в родственных коронавирусах летучих мышей Rhinolophus, предполагаемого резервуара-хозяина. (То есть геномы вирусов линии В имеют в этих позициях С и Т, а вирусы линии А — Т и С соответственно). Самые ранние геномы линии А получены от людей, для которых не доказана прямая связь с рынком, но они жили или бывали неподалеку. Высказывалось мнение, что эти линии могли возникнуть независимо друг от друга, в результате двух событий заражения от животных. (Подробнее об этой гипотезе Роберта Гэрри на PCR.NEWS; кстати, Гэрри — один из соавторов новой работы.) Но этой версии противоречило существование вариантов, имеющих в этих позициях С и С или Т и Т, — это выглядело так, будто вариант А эволюционировал в человеческой популяции в вариант В через переходную форму.

Но если вирусы линии B более отдаленно связаны с сарбековирусами летучих мышей, то почему они были обнаружены раньше, чем вирусы линии A, и резко преобладали уже в начале пандемии? Чтобы ответить на этот вопрос, необходимо реконструировать геном последнего общего предка всех линий SARS-CoV-2.

По мнению авторов, «переходные формы» C/C и T/T, скорее всего, являются артефактами или биоинформатическими ошибками. Также они считают, что сходство с предковыми вирусами — ненадежный показатель предкового гаплотипа из-за высокой вероятности реверсий (обратных мутаций) у коронавируса. Кроме того, модели молекулярных часов не могут объяснить однократное происхождение пандемических вирусов от линии А. Более вероятным представляется сценарий с повторным заражением от животного; в таком случае их общий предок возник не в человеке.

Первая зоонозная передача, давшая начало линии B, могла произойти в промежутке времени от 23 октября до 8 декабря 2019 года. Интродукция линии A, вероятно, произошла в течение нескольких недель после этого события.

Авторы обеих статей в очередной раз отмечают, что SARS-CoV-2 едва ли мог широко циркулировать среди людей до ноября 2019 года; варианты со «скрытым распространением» ничем не подтверждаются. Как и в случае с другими коронавирусами, SARS-CoV-2, вероятно, появился в результате множественных зоонозных событий, а не одного. Если заражение человека от животного происходило неоднократно, это объясняет, почему для быстрого распространения SARS-CoV-2 в человеческой популяции ему не требовалась длительная адаптация. Однако полученные результаты не объясняют, что предшествовало попаданию вируса на рынок.

Источники

Worobey M., Levi J., Serrano L. et al. The Huanan Seafood Wholesale Market in Wuhan was the early epicenter of the COVID-19 pandemic // Science, 26 Jul 2022. DOI 10.1126/science.abp8715

Pekar J.M. et al. The molecular epidemiology of multiple zoonotic origins of SARS-CoV-2 // Science. 26 Jul 2022. DOI: 10.1126/science.abp833

Добавить в избранное

Вам будет интересно