Люди заражались SARS-CoV-2 от животных не менее двух раз

В Science опубликованы две тематически связанные статьи, которые подтверждают, что пандемия COVID-19 началась на оптовом рынке Хуанань в Ухане. Скорее всего, причиной были несколько (минимум два, а возможно, и гораздо больше) случаев заражения человека от животного.

Первую официальную информацию о вспышке пневмонии неясной этиологии в городе Ухань, где проживают 11 млн человек, китайское правительство направило в ВОЗ 31 декабря 2019 года. До этого диагнозы были поставлены в нескольких независимых больницах 18–29 декабря 2019 года. Немного позднее обнаружилось, что 66% госпитализированных пациентов посещали один и тот же рынок морепродуктов или проживали рядом с ним. Второго января 2020 года впервые предположили, что рынок является источником инфекции. В дальнейшем было много споров о роли рынка Хуанань в развитии вспышки: преобладание связанных с ним случаев не доказывает, что пандемия началась именно там. А если бы удалось это подтвердить, это стало бы дополнительным аргументом в пользу зоонозного происхождения.

На рынке Хуанань, а также на трех других подобных рынках в Ухане продавали разнообразных животных, отловленных в дикой природе или выращенных в неволе (лисы, енотовидные собаки, свиные барсуки Arctonyx albogularisи т.д.). Для некоторых из этих видов млекопитающих была продемонстрирована возможность экспериментального заражения SARS-CoV-1 и SARS-CoV-2. В 2002-2004 году, во время вспышки аптипичной пневмонии, вызванной SARS-CoV-1, рынок Хуанань уже был под подозрением как источник возбудителя, поэтому 1 января 2020 года его закрыли и провели санитарную обработку.

Отчет ВОЗ сообщает, что в декабре 2019 было выявлено 174 случая заболевания COVID-19 в провинции Хубэй. Авторы исследования извлекли из карт в отчете координаты мест проживания 155 уханьцев, заболевших в декабре. Используя в качестве непараметрического метода оценки случайных величин ядерную оценку плотности (KDE), они показали, что большинство ранних случаев заболевания COVID 19 локализовано в районе оптового рынка на западном берегу реки Янцзы. Те случаи заболевания, для которых не было информации о прямой связи с рынком, также оказались локализованными вблизи от него.

Позже, в январе и феврале, концентрации в том или ином географическом районе не наблюдалось. Новые случаи регистрировались в разных районах Уханя, преимущественно густонаселенных и с высокой плотностью пожилых граждан. Аналогичные результаты о преимущественной первичной концентрации случаев COVID-19 в районе продажи диких животных были получены при проведении пространственного анализа и статистической обработки результатов. Географически связаны с рынком оказались обе ранние линии SARS-CoV-2, A и B. (Изначально были сомнения, что линия А присутствовала на рынке Хуанань, но затем ее нашли в образце с выброшенных перчаток.)

Авторы исследовали места массового скопления людей в Ухане, не связанные с торговлей животными — другие торговые центры, больницы, образовательные и культовые учреждения. Рынок Хуанань в общем списке был одним из самых низких по чекинам в соцсетях, тем не менее географическая связь случаев с ним налицо.

Когда исследовали на SARS-CoV-2 образцы, взятые с рынка, положительными оказались мазки, взятые преимущественно в юго-западном углу рынка, в том числе с клеткок, тележек и морозильных камер. Именно там перед пандемией продавали живых млекопитающих — енотовидных собак, барсуков и лисиц. Эти данные подтверждают, что инфицированные животные присутствовали на рынке Хуанань в начале пандемии COVID-19; однако авторы подчеркнули, что у них не было доступа к образцам живых животных.

Таким образом, первичный источник локализован на уровне района, а не целого города, и полученные данные подтверждают гипотезу о зоонозном происхождении возбудителя COVID 19.

Авторы второй статьи проанализировали разнообразие SARS-CoV-2 в первые месяцы пандемии, до февраля 2020 года. Методы молекулярной эпидемиологии показывают, что уже тогда существовали две отдельные вирусные линии, обозначенные A и B. Линия B была наиболее распространенной на протяжении всей пандемии, к ней принадлежат все 11 секвенированных геномов людей, непосредственно связанных с рынком. Линия A отличается от линии B двумя заменами нуклеотидов, C8782T и T28144C, которые также обнаружены в родственных коронавирусах летучих мышей Rhinolophus, предполагаемого резервуара-хозяина. (То есть геномы вирусов линии В имеют в этих позициях С и Т, а вирусы линии А — Т и С соответственно). Самые ранние геномы линии А получены от людей, для которых не доказана прямая связь с рынком, но они жили или бывали неподалеку. Высказывалось мнение, что эти линии могли возникнуть независимо друг от друга, в результате двух событий заражения от животных. (Подробнее об этой гипотезе Роберта Гэрри на PCR.NEWS; кстати, Гэрри — один из соавторов новой работы.) Но этой версии противоречило существование вариантов, имеющих в этих позициях С и С или Т и Т, — это выглядело так, будто вариант А эволюционировал в человеческой популяции в вариант В через переходную форму.

Но если вирусы линии B более отдаленно связаны с сарбековирусами летучих мышей, то почему они были обнаружены раньше, чем вирусы линии A, и резко преобладали уже в начале пандемии? Чтобы ответить на этот вопрос, необходимо реконструировать геном последнего общего предка всех линий SARS-CoV-2.

По мнению авторов, «переходные формы» C/C и T/T, скорее всего, являются артефактами или биоинформатическими ошибками. Также они считают, что сходство с предковыми вирусами — ненадежный показатель предкового гаплотипа из-за высокой вероятности реверсий (обратных мутаций) у коронавируса. Кроме того, модели молекулярных часов не могут объяснить однократное происхождение пандемических вирусов от линии А. Более вероятным представляется сценарий с повторным заражением от животного; в таком случае их общий предок возник не в человеке.

Первая зоонозная передача, давшая начало линии B, могла произойти в промежутке времени от 23 октября до 8 декабря 2019 года. Интродукция линии A, вероятно, произошла в течение нескольких недель после этого события.

Авторы обеих статей в очередной раз отмечают, что SARS-CoV-2 едва ли мог широко циркулировать среди людей до ноября 2019 года; варианты со «скрытым распространением» ничем не подтверждаются. Как и в случае с другими коронавирусами, SARS-CoV-2, вероятно, появился в результате множественных зоонозных событий, а не одного. Если заражение человека от животного происходило неоднократно, это объясняет, почему для быстрого распространения SARS-CoV-2 в человеческой популяции ему не требовалась длительная адаптация. Однако полученные результаты не объясняют, что предшествовало попаданию вируса на рынок.