Компактные версии секвенаторов PromethION перешли из стадии разработки в стадию раннего доступа

Двадцать четвертого октября компания Oxford Nanopore Technologies опубликовала видеоролик, поясняющий работу портативных высокопроизводительных секвенаторов PromethION — P2 и P2 Solo. По словам разработчиков, P2 Solo создан, чтобы открыть рынок геномики для широкого круга исследователей. Любой пользователь сможет самостоятельно и относительно дешево получать данные полногеномного секвенирования в режиме реального времени (до 190–380 геномов человека в год). Используемая в P2 Solo технология позволяет выйти за рамки базового анализа ДНК, она также включает транскриптомный и эпигенетический анализы на одной платформе.

Впервые новые приборы были представлены в прошлом году на ежегодной встрече пользователей Oxford Nanopore в Лондоне. А в январе текущего года на конференции Oxford Nanopore Day 2022, проходившей в Сколковском институте науки и технологий, было объявлено об открытии предзаказов на линейку секвенаторов PromethION P2. (Подробнее на PCR.NEWS.)

Цена стартового пакета P2 — 59 995 долларов, P2 Solo — 10 455 долларов. В отличие от секвенатора P2, который оснащен компьютером, графическим процессором и сенсорным экраном, P2 Solo подключается к компьютеру пользователя или к вычислительному модулю GridION. Этим объясняются небольшие размеры и низкая стоимость P2 Solo, причем производители собираются сделать стоимость еще ниже.

Некоторые исследовательские центры получили ранний доступ к портативным секвенаторам и делятся впечатлениями. Так, Расмус Волленберг, главный технический директор датской компании DNASense, которая с лета этого года использует P2 Solo, пишет, что «за исключением нескольких неудачных прогонов, мы регулярно получаем более 120 ГБ данных. P2 Solo — более рентабельная платформа для компании, чем MinION, поскольку секвенирование на одной проточной кювете PromethION снижает затраты и требования к вводу ДНК. Это идеальный вариант при работе с образцами с очень низким выходом экстракции ДНК, когда разделение ДНК на пять проточных ячеек MinION невозможно. При использовании химии R10.4.1 P2 Solo наша команда достигла модальной точности от Q19 до Q20 для метагеномов и Q20+ — для чистых геномов грибковых культур». Волленберг также отметил, что поначалу они столкнулись с несколькими программными сбоями, которые потребовали перезапуска прогонов. Однако Oxford Nanopore относительно быстро выпускает обновления. Пользователь доволен и технической поддержкой.

Тем не менее, большинство людей столкнутся со сложностями, связанными с обработкой огромных объемов данных. В пару с P2 Solo предлагается использовать вычислительный модуль GridION, но заложенный в нем сверхточный алгоритм распознавания азотистых оснований не может идти в ногу со скоростью генерации необработанных данных. Для решения этой проблемы команда Волленберга обрабатывает данные P2 Solo на собственном сервере, а Oxford Nanopore разрабатывает новый базовый процессор — Dorado.

Кристофер Воллмерс, профессор биоинженерии Калифорнийского университета в Санта-Круз, недавно получивший P2 Solo, сказал: «Мы очень рады этой машине. По сути, это замена MinION, который мы используем в лаборатории, но теперь мы можем генерировать больше данных за меньшие деньги, не отдавая эксперименты на аутсорсинг». В лаборатории Воллмерса уже есть компьютер, к которому можно подключить P2 Solo, поэтому стоимость обновления оказалась необременительной. К тому же «проточные кюветы PromethION и MinION по цене близки, но PromethION генерирует примерно в четыре-пять раз больше данных», — говорит Воллмерс. Oxford Nanopore считает, что несмотря на эту разницу, MinION «всегда будет полезен» для секвенирования небольших геномов или для более целенаправленных исследований.

Компания не раскрыла информацию о количестве исследователей, которые участвовали в разработке P2 Solo, и клиентов, испытавших прибор на стадии раннего доступа. Однако отметила «интерес со стороны пользователей GridION, которые хотят еще больше расширить свои возможности нанопорового секвенирования, а также со стороны клиентов, которые регулярно используют MinION и хотят получить более точное и производительное устройство по доступной цене».

Oxford Nanopore не уточняет, когда окончится этап раннего доступа и инструменты серии P2 окончательно выйдут на рынок. Пока на сайте компании указано, что новые заказы на P2 Solo должны быть отгружены до конца этого года, а P2 станет доступен для отгрузки в ближайшие месяцы.