Коронавирус может эволюционировать в организме пациента

В The New England Journal of Medicine опубликован необычный клинический случай, показавший, что вирус SARS-COV-2 может приобретать новые мутации за время пребывания в организме одного человека. Случай описан врачами больницы Бригам-энд-Уимен (Brigham and Women’s Hospital) в Бостоне, США; среди соавторов статьи также специалисты Института Рэгон при Главной Массачусетской больнице (MGH), Массачусетского технологического института (MIT) и Гарвардского университета.

Пациент 45 лет COVID-19 страдал аутоиммуным заболеванием — антифосфолипидным синдромом, эта болезнь сопровождается гиперкоагуляцией и провоцирует образование тромбов, а у данного пациента она к тому же осложнялась диффузным легочным кровотечением. По основному заболеванию он получал антикоагулянты, глюкокортикоиды, а также моноклональные антитела.

История болезни и лечения этого пациента очень сложна. В госпиталь он поступил с высокой температурой. У пациента оказался положительный ПЦР тест на SARS-COV-2, ему назначили пятидневный курс ремдесивира и через пять дней выписали для продолжения лечения на дому. Однако его трижды госпитализировали с болью в животе и гипоксемией из-за диффузного легочного кровотечения. На 72-й день у него снова оказался положительный ПЦР-тест, что вызвало у врачей подозрение о повторном заражении SARS-COV-2 либо о возврате инфекции (рекурренции). После 10-дневного курса ремдесивира тест стал отрицательным, и пациента выписали.

На 105-й день его снова госпитализировали с воспалением подкожной клетчатки. На этот раз из-за сильной гипоксемии ему потребовалась подача кислорода с высокой скоростью потока. На 128-й день положительный тест на SARS-COV-2 врачи расценили как вторую рекурренцию. Назначили очередной 5-дневный курс ремдесивира, за которым последовал отрицательный тест. На 143-й день тест снова был положительным, что врачи посчитали третьей рекурренцией. Пациенту ввели коктейль антител против S-белка SARS-COV-2. На 150-й день его перевели на ИВЛ методом интубации трахеи, на 154-й день пациент скончался от дыхательной недостаточности.

Посмертный анализ показал высокую вирусную нагрузку в легких и печени. А при сравнении последовательностей SARS-COV-2, обнаруженных при первом и последующих ПЦР-тестах, выяснилось, что они не идентичны — вирус мутировал. От первого (Т0) до второго (Т1) положительного теста в его геноме появились 11 нуклеотидных замен и 9-нуклеотидная делеция; от второго (Т1) до третьего (Т2) теста — 10 нуклеотидных замен и однонуклеотидная делеция; от третьего (Т2) до четвертого (Т3) теста — 11 нуклеотидных замен и 21-нуклеотидная и трехнуклеотидная делеции.

Замены нуклеотидов были как синонимичными, так и несинонимичными, то есть приводящими к замене аминокислот. Последние преимущественно происходили в гене S-белка и его рецепторсвязывающего домена (RBD). Эти участки составляют 13% и 2% всего вирусного генома, но в них произошло 57% и 38% мутаций соответственно.

Филогенетический анализ показал, что все образцы SARS-COV-2, отличающиеся мутациями, происходят из одного исходного. По этой причине все три случаи повторного выявления инфекции у пациента следует считать не новым заражением, а рекурренцией. Она вызвана тем, что вирус длительно сохраняется (персистирует) в организме пациента и претерпевает быструю эволюцию.

Как отмечают авторы статьи, большинство иммунодефицитных пациентов успешно вылечиваются от COVID-19. Но данный случай показал, что в организме такого пациента возможна ускоренная эволюция вируса, и это создает потенциал для непреходящей инфекции.