Коронавирус в Африке: исток, история и будущее

Большой международный коллектив ученых проанализировал 8746 геномов SARS-CoV-2 из 33 африканских стран. Коронавирус завозили на континент с начала 2020 года по крайней мере 757 раз, в основном из Европы. Затем на первый план вышло распространение инфекции между африканскими странами. Авторы провели филогенетический анализ и проследили путь варианта, вызывающего опасение, — B.1.351, а также других вариантов и линий — B.1.525, A.23.1 и C.1.1.

Credit:
iamzews | 123rf.com

На конец апреля 2021 года сообщалось о почти 150 миллионах случаев заражения SARS-CoV-2 и более трех миллионах смертей по всему миру. При этом в Африке было зарегистрировано только около 4,5 миллионов зараженных и около 120 тысяч смертей, то есть менее 4% всех случаев. Впрочем, недавно полученные данные говорят о том, что эти цифры занижены в несколько раз. Международная группа исследователей проанализировала 8746 геномов SARS-CoV-2 из 33 африканских стран. Авторы показали, как коронавирусная инфекция проникла на континент и распространилась, а также как возникали новые варианты.

О первых случаях COVID-19 сообщили Нигерия, Египет и Южная Африка в период с середины февраля по начало марта 2020 года; к концу марта пандемия охватила почти все страны Африки. SARS-CoV-2 начали секвенировать почти сразу. Так, в Нигерии первый сиквенс выпустили через три дня после того, как сообщили о случаях заражения. На 5 мая 2021 года Африка направила в GISAID 14 504 геномов коронавируса, то есть примерно один сиквенс на 300 зарегистрированных случаев. Почти половина геномов была отсеквенирована в Южной Африке; к этой стране также относится почти половина всех зарегистрированных случаев COVID-19. Также половина сиквенсов появилась в GISAID в первые десять недель 2021 года, после выявления варианта B.1.351/501Y.V2.

Авторы исследования отобрали 8746 геномов из 33 стран. Филогенетическое исследование показало, что коронавирусную инфекцию завозили в Африку по крайней мере 757 раз между началом 2020 года и февралем 2021 года, обычно из Европы. Затем на первый план вышло распространение инфекции между африканскими странами. Впрочем, авторы отмечают, что случаев ввоза SARS-CoV-2 было, скорее всего, намного больше.

Основными «воротами», похоже, были Южная Африка, Кения и Нигерия. Впрочем, вполне вероятно, что существует перекос из-за того, что именно из этих стран поступило больше всего сиквенсов коронавируса. Африка также сыграла роль в распространении пандемии по миру. Было отмечено 324 случая, когда вирус переходил из африканских стран в другие регионы, такие как Европа (41%), Азия (26%) и Северная Америка (14%). В основном это было характерно для второй волны и для тех периодов, когда по всему миру ослабляли карантинные меры.

Во время первой фазы преобладала линия B.1. Линия A также отмечалась, но она отвечает только за 1,3% всех коронавирусных геномов Африки. Возможно, причина в повышенной трансмиссивности линии B из-за мутации D614G в S-белке.

Авторы провели филогенетический анализ варианта, вызывающего опасения (B.1.351), исследуемого варианта (B.1.525) и двух других вариантов (A.23.1 и C.1.1). B.1.351 впервые выявили в Южной Африке в октябре 2020 года, но анализ показал, что он возник раньше, в районе августа 2020 года. Для него характерны десять мутаций в S-белке, включая K417N, E484K и N501Y в рецептор-связывающем домене. К ноябрю 2020 года B.1.351 находили в Ботсване и Мозамбике, к декабрю — в Замбии и Майотте. К марту 2021 года этот штамм стал доминировать на юге Африки.

Для S-белка B.1.525 характерны шесть мутаций, Q52R, A67V, E484K, D614G, O677H и F888L, а также две делеции, HV69-70Δ и Y144Δ. Этот вариант впервые выделили в Великобритании в декабре 2020 года, но филогенетический анализ показал, что он возник в Нигерии в ноябре 2020 года. О его распространенности известно мало.

Для линии A.23 характерны три мутации в S-белке: F157L, V367F и Q613H. Ее впервые выявили в угандской тюрьме города Амуру в июле 2020 года. Оттуда вирус перекинулся, возможно, при переводе заключенных, на другую тюрьму в городе Китгум. В конце концов A.23 распространился за пределы тюрьмы и дошел до столицы Уганды, города Кампала. Попутно линия набрала дополнительные мутации, после чего ее переименовали в A.23.1. С тех пор она распространилась на Руанду, Кению, достигла Южной Африки, Ботсваны и Ганы.

Линия C.1 возникла в Йоханнесбурге (Южная Африка) еще в марте 2020 года. Мутационный профиль C.1.1 частично похож на B.1.525. Из Южной Африки линия перешла на Замбию и Мозамбик. В последнем эта линия преобладала до прихода B.1.351.

Авторы отмечают тесную эпидемиологическую связь Европы и Африки: 64% случаев импорта коронавируса в Африку происходил из Европы, в 41% случаев экспорт из Африки уходил также в Европу. Медленное введение вакцинации в Африке способствует возникновению новых вариантов, а уровень мониторинга за ними остается низким. Ученые предупреждают об опасности игнорирования ситуации в Африке во время общемировой борьбы с пандемией.

Источник

Wilkinson E., et al. A year of genomic surveillance reveals how the SARS-CoV-2 pandemic unfolded in Africa // Science (2021), published September 09, 2021, DOI: 10.1126/science.abj4336

Добавить в избранное

Вам будет интересно