На РКЛМ специалисты рассказали об особенностях штамма дельта в России

В рамках Российского диагностического саммита проходит VII Российский конгресс лабораторной медицины. Доклады секции «Молекулярная диагностика и эпидемиология COVID-19», которая состоялась во второй день Конгресса, были посвящены диагностике инфекции, серологическим исследованиям и мутациям штамма дельта, закрепившимся в России.

Credit:
Ирина Конова

Модератор секции Герман Шипулин, к.м.н., заместитель директора по научно-производственной деятельности Центра стратегического планирования ФМБА России, выступил первым с докладом «Разработка и опыт применения наборов реагентов для выявления SARS-CoV-2». В начале доклада он привел данные из открытых источников о заболеваемости COVID-19, его летальности в разных странах и охвате вакцинацией. Россия вышла на первое место по количеству смертей от инфекции, но не по количеству заболевших. При этом в нашей стране один из самых низких уровней охвата вакцинацией: привито всего 30% населения. Первое место держит Мальта — в этой стране прививку от COVID-19 получили 95% жителей. Герман Шипулин отметил, что в настоящее время на российское здравоохранение легла колоссальная нагрузка.

Следующая часть доклада была посвящена развитию молекулярной диагностики в России за два года пандемии. За этот период в российские лаборатории было поставлено до 14 тыс. амплификаторов. Общее число тестов на SARS-CoV-2 достигло примерно 230 млн. — по этому показателю Россия вышла на 5 или 6 место в мире. Шипулин рассказал о хронологии разработки диагностических тестов. Так, первой 11 февраля 2020 года получила регистрационное удостоверение ПЦР-тест-система ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор». Затем, 6 марта, была зарегистрирована тест-система ЦСП. Разработка тестов заняла примерно месяц. В настоящее время постоянную регистрацию имеют 32 тест-системы, в том числе восемь LAMP-тестов. Регистрацию по ускоренной процедуре получили 46 диагностических наборов.

Шипулин подробно рассказал о разработке ПЦР-теста «АмплиТест SARS-CoV-2». Для дизайна праймеров использовалась последовательность уханьского штамма коронавируса. Нуклеотидные замены в областях, на которые ложатся праймеры, детектируются в 69 из 5096 российских коронавирусных геномов, которые используют для in silico валидации теста. Однако праймеры подобраны таким образом, что одна замена не нарушает работу тест-системы, и до сих пор не было выявлено двух мутаций одновременно в области одного праймера. Специалисты ЦСП регулярно проводят анализ геномов SARS-CoV-2, чтобы вовремя отреагировать на мутации, потенциально влияющие на детекцию.

Еще один важный момент — наличие в тест-системе внутреннего контрольного образца (ВКО). В случае ошибки при постановке реакции ВКО покажет, что вы что-то сделали не так. По мнению Шипулина, работать без ВКО стыдно.

Работу «АмплиТест SARS-CoV-2» оценивали в сравнении с другими тест-системами, и результаты этой оценки были хорошими. В настоящее время ведется обработка данных, полученных после проверки «АмплиТест SARS-CoV-2» на европейской панели контроля качества QCMD 2021 SARS-CoV-2 EQA, содержащей пять образцов с неизвестной концентрацией РНК.

Согласно новому постановлению Главного государственного санитарного врача РФ, срок выдачи результата теста на коронавирус должен быть сокращен до 24 часов. Это означает, что нужно идти по пути ускорения тестов. Специалисты ЦСП остановились на технологии изотермической амплификации LAMP со специфической детекцией сигнала, которую обеспечивает праймер-зонд с флуоресцентной меткой. Разработка «АмплиТест SARS-CoV-2 LAMP» заняла полгода. Чувствительность системы составляет 5х103 ГЭ/мл, она выдает результат примерно за 20 минут. Многие сетевые лаборатории начали переходить на LAMP-тесты. В настоящее время ЦСП работает над тем, чтобы сделать LAMP более чувствительным, чем ПЦР, за счет улучшенного фермента. Кроме того, Шипулин анонсировал картридж для диагностики у постели больного, с помощью которого можно будет детектировать коронавирус за 20–30 минут. Хранение жидких реагентов или их лиофилизация в самом картридже затруднена, поэтому в картриджи будет загружены лиофилизированные реагенты в виде шариков, полученных с помощью специального прибора.

шарики.jpg

Еще один тест ЦСП, «АмплиТест SARS-CoV-2 VOC v.2», предназначен для определения штамма коронавируса. Он выявляет семь мутаций, и этого достаточно, чтобы различить штаммы альфа, бета, гамма и дельта. Точность теста проверили с помощью секвенирования по Сенгеру и NGS.

Спикер отметил, что в Москве сейчас более 90% секвенированных геномов SARS-CoV-2 принадлежат штамму дельта. Оказалось, что его распространение совпадает со снижением медианной величины Ct для образцов. По приблизительным оценкам, репликативная способность дельты превышает таковую уханьского штамма в 1000 раз. Это плохо для врачей, но хорошо для ПЦР. Кроме того, это повышает чувствительность антигенных экспресс-тестов. На уханьском штамме такие тесты работают хуже, чем на дельте.

После Германа Шипулина выступил Клаудио Галли (Claudio Galli), заместитель директора компании Abbott Diagnostics Italy по вопросам инфекционных заболеваний, с докладом «Применение и полезность серологических исследований SARS-CoV-2».

Галли рассказал об исследованиях гуморального ответа на COVID-19 и вакцины против этой инфекции. Он представил обзор соответствующих исследований, в том числе выполненных с помощью тестов Abbott. По его словам, для серологических исследований лучше использовать антитела к RBD S-белка SARS-CoV-2, чем антитела к N-белку, так как период полураспада последних меньше.

По наличию антител можно судить о распространении инфекции в регионе. Галли привел данные серологических наблюдений в Санкт-Петербурге за 2020–2021 гг. На слайде видно, как растет со временем доля сероположительных жителей города. При тестировании на антитела дает более точную картину распространения инфекции в регионе, чем количество случаев, определенное с помощью ПЦР. В качестве примера спикер продемонстрировал данные исследования, проведенного в Техасе, где ПЦР-тестирование выявило COVID-19 у 8,8% жителей, тогда как серопревалентность составила 35,3%.

Еще одно приложение серологических тестов — оценка иммунитета, приобретенного за счет вакцинации. Количественные тесты, такие как Abbott ARCHITECT SARS-CoV-2 IgG II Quant, позволяют сравнить эффекты от перенесенной инфекции и вакцинации, а также сравнить разные вакцины между собой. Так, ряд исследований показал, что третья бустерная доза действительно увеличивает количество антител, однако четвертая доза уже не дает сильного преимущества.

Клаудио Галли отметил, что вакцинация значительно снижает количество госпитализаций при COVID-19, и подкрепил свои слова данными по Италии. Он также привел данные по эффективности всех зарегистрированных на сегодня вакцин и обсудил корреляцию общих титров антител с титрами нейтрализующих антител. По его словам, тест Abbott ARCHITECT SARS-CoV-2 IgG II Quant разрабатывали таким образом, чтобы его результат предсказывал эффективность антител.

В заключение Галли подчеркнул, что серологические исследования, учитывающие антитела к различным антигенам SARS-CoV-2, необходимо для разработки стратегий вакцинации.

Доклад «Особенности дельта-штамма SARS-CoV-2 в Российской Федерации» Андрея Айгинина (ФГБУ «ЦСП» ФМБА России) завершил секцию. База GISAID в настоящий момент вмещает около 4,45 млн. геномов коронавируса, примерно 8–9 тыс. из них — российские. По геномам видно, что штамм дельта получил распространение на всех континентах. В Москве дельту впервые зарегистрировали в апреле этого года, к маю доля образцов, зараженных дельтой, составила 30%, в июне превысила 90%.

В последние месяцы ученые зафиксировали вариации внутри штамма. Их подразделили на линии, которым присвоили индекс AY. В настоящее время доминирует линия AY.4. По данным британских исследователей, линия AY.4.2 может обладать повышенной трансмиссивностью. AY.4 доминирует и в России. При этом российские геномы дельта ложатся в один отдельный кластер, содержащий 15 основных ветвей. Преобладают мутации G1048T и C27527T. Интересно, что эти мутации закрепились в России, тогда как во всем мире они сошли на нет. Вероятнее всего, в Россию они были занесены вместе — обе мутации содержал первый образец дельты, выявленный в нашей стране. Пока нельзя однозначно определить, откуда штамм дельта попал к нам. Наиболее вероятный путь завоза — через Индию.

Мутация G1048T находится в белке NSP2, функция которого пока неясна. Вторая мутация, C27527T, затрагивает белок ORF7a, который взаимодействует с иммунными клетками и может модулировать иммунный ответ хозяина на инфекцию. По некоторым данным, мутация влияет на стабильность третичной структуры белка. Андрей Айгинин отметил, что вспышка COVID-19 в Австралии также была вызвана штаммом с мутацией в ORF7a, но более серьезной, вызывающей сдвиг рамки считывания.

VII Российский конгресс лабораторной медицины продлится до 21 октября 2021 г. Ознакомиться с программой и зарегистрироваться можно по ссылке.


Добавить в избранное

Вам будет интересно