Найдены геномные варианты, ассоциированные с защитой от туберкулеза

На трех популяциях из Вьетнама, Франции и Южной Африки исследовали генетику сопротивляемости туберкулезной инфекции с помощью полногеномного поиска ассоциаций. Все участники тесно контактировали с больными туберкулезом. При анализе был выявлен кластер на хромосоме 10q26.2, ассоциированный с сопротивляемостью заражению Mycobacterium tuberculosis. Особо значимой была связь с вариантом rs17155120. Результаты оказались сходными для всех трех популяций.


Credit:
Kateryna Kon | 123rf.com

Международная группа ученых провела полногеномный поиск ассоциаций (GWAS) для исследования генетики сопротивляемости к Mycobacterium tuberculosis в южном Вьетнаме. Результаты проверили на когортах из Франции и Южной Африки.

Во Вьетнаме анализировали геномы людей, проживающих совместно с больными туберкулезом, из них 185 были здоровы и 353 заражены M. tuberculosis. Всего протестировали 5 591 951 вариант. Ученые нашли значимую ассоциацию с участком на хромосоме 10q26.2. Это был кластер из 12 основных и шести дополнительных вариантов, находящихся в неравновесном сцеплении. Варианты находились в 5’-регионе или в интронных последовательностях гена C10orf90 (FATS), опухолевого супрессора, который способствует стабилизации и деградации белков. Ранее было показано, что этот ген участвует в защите от M. tuberculosis с помощью аутофагии и апоптоза. Самым значимым был вариант rs17155120, чей минорный аллель Т был ассоциирован с защитой от туберкулеза. Такие же результаты были получены, если исключить из анализа симптомных пациентов.

Исследователи повторили анализ на когорте из Франции (30 здоровых и 157 зараженных людей, проживающих совместно с больными туберкулезом) и из Южной Африки (118 здоровых и 136 зараженных людей). Была показана значимая ассоциация с тем же кластером, что и при анализе вьетнамской популяции. Для французской когорты удалось обнаружить 17 вариантов, самым значимым был rs56106518. В южноафриканской когорте были найдены 12 вариантов, самый значимый — rs118037357. Вариант rs17155120, отмеченный при анализе вьетнамцев, был значимым и для этих популяций.

Сходные результаты были получены при анализе трех популяций совместно.

Два варианта в регионе 10q26.2 — rs28703703 и rs77513326 — располагаются в регуляторной области, активной в Th17-лимфоцитах. Вариант rs77513326 также находится в области доступного хроматина в Т-клетках памяти, естественных клетках-киллерах и CD8+ T-клетках. Варианты rs28703703 и rs17155120 ассоциированы со снижением экспрессии гена ADAM12 в моноцитах. Экспрессия гена ADAM12 коррелирует с воспалительными реакциями в легких, а снижение его экспрессии в Th17-клетках связано с увеличением продукции цитокинов IL-17A, IL-17F и IL-22 этими клетками.

В этой работе были идентифицированы кандидатные гены индивидуальной устойчивости к туберкулезу — C10orf90 (FATS) и ADAM12. В будущем авторы исследования планируют изучить индивидуальные особенности иммунного ответа, которые помогут бороться с туберкулезом.


Источник

Quistrebert J., et al. // Genome-wide association study of resistance to Mycobacterium tuberculosis infection identifies a locus at 10q26.2 in three distinct populations // PLOS Genetics, published March 4, 2021, DOI: 10.1371/journal.pgen.1009392

Добавить в избранное

Вам будет интересно