Новые тест-системы для коронавируса в США: процедура упрощена, проблемы остаются

Число случаев коронавирусной инфекции COVID-19 в США превысило тысячу, и есть сообщения о том, что некоторые вероятные случаи не были лабораторно подтверждены из-за нехватки тестов. FDA дало возможность американским лабораториям, сертифицированным CLIA для создания тестов высокой сложности, подавать заявки для разрешения на использование этих тестов в экстремальной ситуации (emergency use authorization, EUA) и начинать тестирование до получения разрешения. По этому же пути могут двигаться и коммерческие лаборатории. Тесты, разработанные в лабораториях (LDT), в США регулируются в рамках программы Clinical Laboratory Improvement Amendments (CLIA). Такие тесты используются в пределах одной лаборатории, и разрешения FDA для этого не требуется. Но для использования для диагностики в клинике оно уже нужно.

FDA описало процедуру, необходимую для получения EUA, перечислило ограничения (например, лаборатории с уровнем биобезопасности 2 не должны культивировать вирус, это разрешено только лабораториям BSL-3). При валидации лаборатории могут использовать уже утвержденный протокол в неизмененном виде, и в этом случае не понадобится разрешение EUA. Однако даже незначительные изменения, такие как комбинирование реагентов от разных производителей, требуют подачи именно на EUA (подробнее см. FAQ). Лаборатории смогут начать тестирование пациентов, как только тест будет валидирован в соответствии со стандартами FDA; заявку на EUA необходимо подать в течение 15 дней.

Среди лабораторий высокой сложности в США, по некоторым оценкам, около 400 способны разработать тест на коронавирус. Первыми стали лаборатории штата Нью-Йорк, о чем мы уже писали.

Новые тесты дополнят тот, который был разработан Центрами по контролю и профилактике заболеваний США (CDC), получил EUA и сейчас применяется в лабораториях общественного здравоохранения. Во вторник, 10 марта CDC сообщили, что с этим тестом работают 78 лабораторий, и в настоящее время в них имеется потенциал для тестирования 75 000 человек.

Разрешение на поставку реагентов для тестирования получили Integrated DNA Technologies (IDT) компании Danaher, а также LGC Biosearch Technologies. Эти наборы могут использовать как лаборатории общественного здравоохранения, так и другие лаборатории высокой сложности, а также разработчики диагностики.

Теперь в США обсуждаются проблемы валидации тестов, разработанных в лабораториях высокой сложности. «На данный момент кажется, что почти каждый шаг в общем рабочем процессе ПЦР-теста — от сбора образцов и экстракции до термоциклирования — может вызвать проблемы», — пишет корреспондент GenomeWeb.

Лабораториям понадобятся инактивированный вирус или вирусные конструкции, наборы и инструменты для экстракции, системы ПЦР-РВ, а также материалы для положительного и отрицательного контроля. Большинство реагентов нетрудно заказать, но сейчас спрос может превысить предложение. Кроме того, когда речь идет о новом патогене, таком как SARS-CoV-2, достать его РНК и кДНК довольно сложно.

FDA указывает, что лаборатории должны проверять предел обнаружения с использованием 20 образцов, а последующая клиническая оценка должна включать 30 образцов, имитирующих клинические (contrived clinical specimens). Некоторые лаборатории затормозились уже на этом шаге, другим удалось его преодолеть. Например, в Сиэтле и Калифорнии — это районы, наиболее сильно пострадавшие от вспышки COVID-19, — в двух лабораториях высокой сложности валидация уже завершена и началось тестирование.

Однако доступ к положительным образцам есть не у всех. На вебинарах FDA было много вопросов об этой проблеме, в частности, могут ли лаборатории использовать вирусную РНК или плазмиды. В итоге рекомендовали использовать инактивированный вирус. Добавление вирусной РНК в образец пациента, которые предполагается сделать «положительным», не особенно подходит для расчетов предела обнаружения, поскольку быстро разрушается РНКазами

CDC и FDA направляют разработчиков, которым необходимо получить вирусные материалы, в BEI Resources (поставщик, назначенный Национальным институтом аллергии и инфекционных заболеваний). Компания BEI заявила, что у нее есть живой и инактивированный вирус. Есть также промежуточные поставщики, такие как ZeptoMetrix.

FDA также указало, что лабораториям не нужно тестировать образцы всех типов, достаточно провести тестирование на «наиболее сложном» типе из тех, с которыми они собираются работать (самой сложной считается мокрота). Если кто-то планирует исследовать образцы, собранные пациентами самостоятельно,например, назальные мазки, необходимо будет тщательно изучить процесс, включая то, что происходит с образцом при пересылке по почте.

Ожидаются проблемы с комплектами для экстракции РНК и инструментами. Изначально FDA рекомендовала для экстракции наборы Qiagen, но их может не хватить (что допускают и представители компании); в новый FAQ FDA добавлены инструменты и наборы от Roche. Это же относится к приборам для тестирования: комплектом, рекомендованным FDA (Applied Biosystems 7500 Fast Dx, Applied Biosystems QuantStudio Dx, Qiagen Rotor-Gene Q MDx), располагают не все лаборатории, которые хотели бы разрабатывать тесты.

Коронавирусная пандемия обострила давно обсуждаемую проблему дефицита квалифицированных специалистов. Компании и лаборатории нанимают новых сотрудников, однако обучение нового персонала требует времени.

Профессиональное сообщество в США обсуждает и то, как должны регулироваться разработка и применение тестов в чрезвычайной ситуации. Авторы статьи о тест-системах для нового коронавируса, опубликованной на этой неделе в JAMA, подчеркивают, что, хотя решение FDA по поводу облегчения процедуры своевременное, будет важно сохранить баланс между обеспечением для граждан доступа к тестированию на коронавирус и контролем качества тестов.

Во время пандемии H1N1 чуть более десяти лет назад — «первой пандемии эпохи молекулярной диагностики» — лаборатории и LDT сыграли важную роль. С тех пор лабораторий, способных разрабатывать и проводить тесты для выявления новых возбудителей, стало больше; однако десятилетие назад валидация анализа H1N1 в лабораториях не регулировалась FDA. «Принуждение FDA получать EUA для [нынешнего] тестирования было неудачным и недальновидным», — говорит Ян Новак, один из авторов статьи о лабораторной диагностике H1N1 . По его мнению, эта стратегия «серьезно помешала доступности тестирования в США». С другой стороны, руководители лабораторий высокой сложности, разрабатывающие тесты, отмечают, что введение новых правил ускорило процесс.