Омикрон: уклонение от иммунного ответа очень вероятно, с трансмиссивностью пока неясно

Всех интересует, насколько опасен новый штамм омикрон SARS-CoV-2, но эксперты подчеркивают, что надо набраться терпения: надежные экспериментальные и эпидемиологические данные начнут поступать через несколько дней или недель. Пока анализируем геном.

Credit:

Мутации в домене S1 у омикрона (красный) и других вариантов. 

Credit:

Nextstrain

Новый штамм B.1.1.529 обозначен Всемирной организацией здравоохранения как ο (омикрон). Следующей буквой после мю должна быть ню, но ее пропустили из-за созвучия с английским словом new, а кси (Xi) — потому что она пишется как распространенная китайская фамилия Си.

Сейчас во всем мире проводят исследования трансмиссивности и патогенности нового штамма, его способности проникать в клетку и уклоняться от иммунного ответа. Так, в НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи началось исследование эффективности вакцин «Спутник V» и «Спутник Лайт» против штамма омикрон.

Более полная информация по всем этим вопросам станет доступна в ближайшие дни и недели, сообщает ВОЗ 28 ноября. Пока проще перечислить, чего мы не знаем.

Неясно, является ли омикрон более трансмиссивным (легче ли передается от человека к человеку) по сравнению с другими вариантами, включая дельту. Число ковид-инфицированных увеличилось в районах ЮАР, затронутых этим вариантом. Дальнейшие эпидемиологические исследования определят, связано ли это с омикроном или с другими факторами. Рост в ЮАР начался с очень низкого уровня, поэтому судить о повышении трансмиссивности еще рано.

Также неизвестно, вызывает ли штамм омикрон более тяжелое заболевание по сравнению с другими штаммами. Рост числа госпитализаций в ЮАР может быть связан с увеличением общего числа инфицированных. Пока нет информации, позволяющей предположить, что симптомы, связанные с омикроном, отличаются от симптомов других вариантов. Первыми инфицированными были студенты университетов — молодые люди, которые, как правило, переносят COVID-19 в легкой форме. Видимо, из-за этого в СМИ появились публикации о «дружественном к человеку» омикроне. Такой оптимизм пока преждевременен.

Предварительные данные свидетельствуют о том, что переболевшие другими вариантами коронавируса или вакцинированные могут с большей вероятностью заразиться омикроном, чем другими штаммами, включая дельту, иными словами, омикрон лучше уклоняется от иммунного ответа. Но и об этом нужно больше информации.

Кортикостероиды и блокаторы рецепторов интерлейкина 6 по-прежнему будут эффективными для лечения пациентов с тяжелой формой COVID-19, заверяет ВОЗ. Специфические препараты против коронавируса, такие как моноклональные антитела, молнупиравир и Паксловид, должны пройти оценку эффективности по крайней мере in vitro.

Предположения

В ожидании информации «с полей» можно изучать геном омикрона и делать теоретические выводы о его свойствах. Омикрон вызывает тревогу в первую очередь из-за беспрецедентно большого количества мутаций. Их около 50, при этом более 30 находятся в гене S-белка, в том числе вызывают замены аминокислот в рецепторсвязывающем домене S-белка и N-концевом домене — следовательно, могут влиять на связываниие рецептора ACE2 и распознавание антителами.

Тревор Бедфорд, специалист по компьютерной вирусологии из Онкологическогго исследовательского центра Фреда Хатчинсона (Сиэтл, США), обсуждает в Твиттере связь между возможным ускользанием омикрона от иммунного ответа и его же возможной трансмиссивностью. Базовое репродуктивное число R0 для дельты очень велико и, по оценкам, должно было приближаться к 6, тогда как у альфы, гаммы и мю не превышает 4. Эффективное репродуктивное число Rt, оцененное в реальных условиях, у дельты, естественно, ниже, но все равно выше, чем у других вариантов. При этом в способности уклоняться от иммунного ответа дельта уступает и бете, и гамме, и мю.

У более ранних вариантов, вызывающих опасения (VOC), по 8-10 мутаций в домене S1 S-белка, тогда как у омикрона, возможно, до 30: «Очень грубо, но я предполагаю, что это может привести к примерно 20 (или, возможно, 30)-кратному падению титров» (то есть нейтрализующей активности сыворотки крови иммунизированных), пишет Бедфорд. 

мутации в омикроне.jpg Мутации в домене S1 у омикрона (красный) и других вариантов. Nextstrain

С другой стороны, у омикрона отсутствуют многие мутации, которые, как предполагается, повышают приспособленность дельты, — такие как L452R или P681R. Одновременно уклоняться от иммунного ответа и не терять способности поражать клетку достаточно сложно. По мнению Бедфорда, базовое репродуктивное число омикрона может быть приблизительно таким же, как у гаммы и других. (Еще раз напомним, что мощное уклонение от нейтрализации — пока лишь предположение.)


Однако эффективное репродуктивное число Rt зависит от восприимчивости популяции к вирусу. Если популяция иммунна к старым штаммам, то возможно более быстрое распространение условного омикрон-подобного штамма (небольшое значение R0 и значительное ускользание от иммунного ответа), чем дельта-подобного (более высокое значение R0 и менее выраженное ускользание от иммунного ответа).

Тревор Бедфорд подчеркивает, что оценки индексов репродукции омикрона наверняка изменятся в ближайшие дни, когда отсеквенируют больше образцов, и что ускользание от иммунного ответа вряд ли будет полным, в особенности при защите от тяжелой формы заболевания.

Отдельные мутации и детекция

На проекте CoVariants появилась страница, посвященная омикрону. Этот проект предоставляет обзоры мутаций SARS-CoV-2 со ссылками на первоисточники: какие мутации определяют тот или иной вариант и какие у них могут быть последствия.

Очевидный факт — делеции в гене S-белка H 69- и V70- (здесь и далее латинскими буквами обозначены аминокислоты в белке) приводят к тому, что во многих широко применяемых ПЦР-тестах не детектируется мишень, расположенная в гене S-белка. Например, это касается тест-наборов TaqPath компании Thermo Fisher, при этом другие мишени выявляются нормально. Компания Osang Healthcare (Южная Корея) заявила, что ее наборы GeneFinder для ПЦР-тестирования на SARS-CoV-2 успешно выявляют штамм омикрон, поскольку детектируют мишени в нескольких генах коронавируса (белки E, N, РНК-зависимая РНК-полимераза).

Отсутствие сигнала от мишени в S-белке при ПЦР-тестировании не обязательно плохо. Если ПЦР-тест детектирует несколько мишеней и отрицательный результат дает только одна (явление, называемое S Gene Target Failure, или SGTF), это может быть способом выявления омикрона. Подобную стратегию широко использовали год назад, чтобы оценивать распространение «британского» варианта альфа.

Не перепутать омикрон с другими вариантами, имеющими эту делецию, например альфа и эта, помогут ПЦР-наборы, специально разработанные для детекции VOC. Такие наборы включают мишени, содержащие ряд наиболее важных мутаций. Например, компания Osang под товарным знаком GeneFinder предлагает в том числе набор COVID-19 Plus Variant I RealAmp Kit, различающий штаммы альфа, бета, гамма и дельта. По заявлению производителя, этот набор распознает достаточно мутаций, которые встречаются в геномах VOC, чтобы без дополнительной доработки определять также и омикрон. ПЦР-тесты более доступны, чем секвенирование, поэтому способны дать более полную картину.

Относительно антигенных тестов на коронавирус пока неясно, насколько успешно они распознают новый штамм, отмечает ВОЗ. Однако компания Abbott уже заявила, что ее экспресс-тесты работают хорошо.

Среди других мутаций, которые отмечены на CoVariants, — вставка трех аминокислот EPE в позиции 214. Кластер мутаций в сайте расщепления S-белка протеазой фурином S1-S2 (H655Y, N679K, P681H) может быть связан с повышенной трансмиссивностью. Сочетание известных мутаций Q498R и N501Y в исследованиях эволюции вируса in vitro значительно увеличивало сродство с рецептором ACE2.

Кроме того, имеется делеция трех аминокислот в полипротеине ORF1a — L3674-, S3675-, G3676-. Есть предположения, что она усиливает уклонение от врожденного иммунного ответа через способности клеток разрушать вирусные компоненты. Две известные мутации в нуклеокапсидном белке N — R203К и G204R — продемонстрировали связь с увеличением субгеномной экспрессии РНК и вирусной нагрузки. Проект CoVariants планирует дальнейшие обновления.

Добавить в избранное

Вам будет интересно