Полноразмерный транскриптом геккона токи

Геккон токи (Gekko gecko) с древних времен используется в традиционной китайской медицине. Препараты из высушенных гекконов считались средством от астмы и других заболеваний, они и сейчас продаются в Интернете. В настоящее время этот вид редок и находится под угрозой исчезновения. Китайские ученые сообщили на страницах PLoS One, что им удалось получить полноразмерный геном геккона токи с помощью одномолекулярного секвенирования в реальном времени (single molecule real-time sequencing, SMRT), а также проаннотировать его и изучить его структуру.

Метод SMRT получил широкое распространение в последние годы, поскольку, в отличие от традиционного метода РНК-секвенирования, лишен проблемы коротких прочтений и позволяет изучать ранее недоступные аспекты транскриптомики, такие как альтернативный сплайсинг. Кроме того, этот метод не требует процедуры сборки транскриптома после секвенирования. С помощью одномолекулярного секвенирования в реальном времени уже были получены полноразмерные транскриптомы многих видов животных.

Для получения транскриптома авторы использовали одну самку геккона токи, пойманную в Гуанси-Чжуанском районе Китая. Поскольку вид находится под угрозой исчезновения, ученые предварительно получили разрешение от местного этического комитета. РНК получали из клеток десяти органов (сердца, почек, печени, легких, кожи, крови, мышц, желудка, яичника и яйцевода).

Для процедуры SMRT по на платформе Pacific Bioscience были использованы библиотеки РНК, включающие молекулы длиной 1-6 тысячи нуклеотидов. В итоге ученые получили 882 273 консенсусные кольцевые последовательности со средней длиной 3888 нуклеотидов, и после процедуры кластеризации — 117 888 невырожденных последовательностей.

Далее была произведена функциональная аннотация полученных транскриптов. Исследователи выявили в транскриптоме геккона 169 128 простых повторов, 23 877 случаев альтернативного сплайсинга, 10 437 длинных некодирующих РНК и 7932 транскрипционных фактора. Интересно, что длинные некодирующие РНК у геккона токи до сих пор не были известны. В целом проаннотировано 94,47% транскриптов.

Как отмечают авторы, эти результаты «предоставят ценный всеобъемлющий генетический ресурс для дальнейших углубленных исследований функции генов и механизмов биологической регуляции у G. gecko».