Разработчики российской вакцины ответили на критику

Специалист по анализу биологических данных и борец с «плохой наукой» Энрико Буччи опубликовал открытое письмо авторам статьи о КИ вакцины из в НИЦЭМ им. Н.Ф.Гамалеи, а также главному редактору The Lancet Ричарду Хортону. Письмо на данный момент подписало более 30 ученых из Италии и других стран. The Lancet опубликовал ответ авторов. Обсуждение продолжается.

Credit:
Olga Kadygrob | 123rf.com

Энрико Буччи широко известен именно как борец за чистоту научных данных. После защиты диссертации работал в Институте биоструктур и биоимаджинга Национального исследовательского совета Италии (CNR), но в июле 2014 года по собственному желанию ушел оттуда, поскольку «расследовал громкое дело о неправомерном научном поведении с участием этого учреждения». В июне 2016 года Буччи занял должности адъюнкт-профессора биологии и директора программы системной биологии Исследовательской организации здравоохранения Сбарро в Колледже науки и технологий Университета Темпл (Филадельфия, США). В июле 2016 года основал Resis Srl, небольшую компанию, которая борется за высокое качество публикаций и против нарушений этики в науке, оказывает помощь журналам и научным организациям, которые «часто не имеют необходимых определений, положений, правовых рамок и технологий». Среди его собственных научных интересов — сбор и анализ биологических данных; Big Data и аналитика социальных сетей в фармацевтической сфере; сетевая биология; анализ изображений.

С апреля 2017 года он выступает в качестве советника CNR в проекте, направленном на обеспечение аккуратности и правильности опубликованных исследований и заявок на гранты/должности исследователей CNR. Занимает и другие должности, связанные с научной этикой и верификацией исследований. Кроме того, он редактор изображений, отвечающий за проверку иллюстраций, предназначенных для публикации в некоторых биомедицинских журналах (Nature Publishing Group и другие). Сайт Cattivi Scienziati («Плохие ученые»; большая часть материалов на итальянском языке) также посвящен «борьбе с плохой наукой и псевдонаукой».

В письме Энрико Буччи, опубликованном 7 сентября, критикуется рисунок 2 из статьи Дениса Логунова и соавторов о 1/2 фазе КИ вакцины. На рисунке представлены титры антител IgG к рецептор-связывающему домену белка S коронавируса (RBD) и нейтрализующих антител в разные моменты времени для всех групп пациентов.

image001.png

Энрико Буччи отметил, что у 9 из 9 добровольцев, которым вводили rAd26-S (Гам-КОВИД-Вак), по-видимому, титры антител были одинаковыми на 21 и 28 день. Это также верно для 7 из 9 добровольцев, которым вводили rAd5-S (Гам-КОВИД-Вак-Лио). Слишком сходным кажется распределения величин титров на 21 день в группах, получавших rAd5-S (Гам-КОВИД-Вак) и rAd26-S (Гам-КОВИД-Вак-Лио), а также паттерны распределения нейтрализующих антител на14-й день в группе rAd5-S (Гам-КОВИД-Вак) и rAd26-S (Гам-КОВИД-Вак-Лио).

«Хотя мы понимаем, что в этом случае изучаемая переменная является дискретной (представляющей обратную величину разведения), нам все же кажется, что на основании простых вероятностных оценок факт наблюдения такого большого количества точек, повторяющихся в различных экспериментах, очень маловероятен», — говорится в письме.

Подобные же нарекания есть к рис. 3, где представлены результаты клеточного ответа (пролиферация клеток в процентах, в логарифмическом масштабе). На нем автор письма также нашел повторяющиеся паттерны, главным образом в нулевой и 14-й день, когда у многих ответ был нулевым.

  

Аналогичные замечания вызвал рис. 4, с титрами нейтрализующих антител к аденовирусным векторам: здесь тоже нашли сходство в паттернах нулевого дня, где у большинства участников было нулевое значение титров, а ненулевые дискретные значения совпадали.

image003.png

Энрико Буччи подчеркивает, что «из-за отсутствия исходных числовых данных нельзя сделать окончательных выводов о надежности представленных данных, особенно в отношении обнаруженных явных дубликатов». Также он отмечает недостаток информации о переболевших пациентах, с сывороткой которых сравнивался иммунный ответ, — например, когда была забрана кровь у тех из них, кто не имел антител, а таких было достаточно много.

18 сентября на сайте The Lancet появился долгожданный ответ от Логунова и соавторов.

По поводу отсутствия численных данных для каждого индивида авторы ответили, что их можно определить, взглянув на координаты точек по вертикальной оси. Формально это правильно, но такое представление данных не дает возможности проследить за динамикой результатов конкретного индивида в разные дни, а также сопоставить, к примеру, клеточный и гуморальный ответы одного человека. С другой стороны, «Мы подтверждаем, что данные отдельных участников будут доступны по запросу, адресованному DYL [Денису Логунову] и что после утверждения запроса данные могут быть переданы через безопасную онлайн-платформу». В сущности, такой запрос мог сделать и Энрико Буччи.

Все данные были получены в эксперименте и дважды проверены, подчеркивают авторы. Они перечисляют три причины появления повторяющихся паттернов. Первая — дискретность значений титров антител. Титр — это максимальное разведение сыворотки крови, при котором обнаруживается положительный результат, соответственно, количество значений титров, которые могли быть зафиксированы у испытуемых, ограничено теми разведениями, которые делали исследователи. Возможно, реальное разнообразие концентраций антител более высоко, но концентрации «округляются» до дискретных значений. Вторая причина — небольшие размеры выборок, что отметили и сами авторы в статье, как недостаток исследования. Третья — неслучайный характер изменений: титры антител, как правило, сначала низки, затем растут, а потом выходят на плато, то есть перестают меняться.

Вот как авторы комментируют красные прямоугольники на рис. 2 (у участников, вакцинированных только rAd26-S, не изменились значения титров антител с 21-го по 28-й день): «Для нас очевидно, что после однократной иммунизации пик иммунного ответа наступает через 3–4 недели. Показатели иммунитета могут выходить на плато, которое мы наблюдали в исследовании. Более того, учитывая двукратные разведения при титровании и дискретный характер данных, количество значений, которые может принимать переменная, ограничено (800, 1600, 3200, 6400). Соответственно, получение одинаковых паттернов на малом количестве образцов не является маловероятным». То же в целом относится и к желтым прямоугольникам, с той разницей, что у двух участников все же наблюдается рост титра с 21-го по 28-й дни. Что касается голубых прямоугольников на рис. 2, абсолютные значения в этом случае неодинаковы, а сходное расположение точек опять-таки может быть случайным, отвечают авторы.

В неполном совпадении паттернов титров нейтрализующих антител, отмеченных зелеными прямоугольниками, авторы также не видят проблемы: «учитывая более высокую иммуногенность rAd5 по сравнению с rAd26, нет ничего странного в том, что через 14 дней после введения rAd5 титры нейтрализующих антител аналогичны титрам нейтрализующих антител при более поздних периодах введения rAd26».

На рисунке 3 представлена пролиферация CD4+ и CD8+ T клеток в процентах. Естественно, что в первый и 14-й день у многих испытуемых значение минимальное, и что так обстоит дело в разных группах, особенно в тех, которые получили одну дозу, отмечают авторы. На более поздних сроках, а также в группах, получавших две дозы, паттернов сходства найти уже не удается. А из трех значений в фиолетовых прямоугольниках на этом рисунке, вообще говоря, совпадают только два, третье попало в рамочку по ошибке. (И можно ли считать «совпадающим паттерном» одну точку?)

Аналогичным образом, «на рисунке 4 в двух группах по девять человек у семи были неопределяемые титры нейтрализующих антител к рекомбинантному аденовирусу в день 0. У двух добровольцев из каждой группы титры нейтрализующих антител были 50 и 200. Поскольку данные дискретны, нередко можно найти пару добровольцев с одинаковыми титрами антител до вакцинации». Заметим, что отсутствие нейтрализующих антител к вакцинному вектору перед вакцинацией — это хорошая новость, как и то, что антитела к одному из компонентов не растут при введении другого (и, соответственно, не меняется паттерн).

Что касается информации о выздоравливающих, в которых брали плазму для сравнения титров антител, эта информация есть в разделе «Методы», подчеркивают авторы. Плазма получена от участников, у которых был лабораторно подтвержденный диагноз COVID-19 и затем два отрицательных результата ПЦР-анализа, и не было инфекционных заболеваний в течение как минимум 2 недель. Среднее время от выздоровления до сбора плазмы составляло около 1 месяца. Тяжесть заболевания была небольшой (температура менее 39°C без пневмонии) либо умеренной (температура более 39°C с пневмонией).

Таким образом, ни бессимптомных, ни лабораторно не подтвержденных среди выздоровевших не было. Но остается непонятным, каким было максимальное и минимальное время после выздоровления и как соотносились количества легких и тяжелых больных. Сравнение концентрации антител у вакцинированных и переболевших — важная характеристика: желательно, чтобы вакцина давала концентрации более высокие. Поэтому необходимо, что концентрации антител у переболевших, выбранных для сравнения, не были «занижены» за счет того или иного фактора.

Наконец, авторы работы объясняют, почему времени на подготовку публикации у них было не так уж мало (статья вышла 4 сентября, и Энрико Буччи это показалось странным.) Сбор данных по участникам фазы 2 закончился 3 августа 2020 года, данные по предыдущим временным точкам были доступны еще раньше. Авторы упоминают, что в их распоряжении был «почти месяц», но, очевидно, с учетом времени на рецензирование статьи должно быть несколько меньше.

«На момент этой переписки ни одно из клинических испытаний не закончено. согласно протоколам планируется еще один осмотр пациентов (через 180 дней после вакцинации), как указано в статье. Данные за этот период будут опубликованы в должное время». Можно ли считать на этом основании, что «данные по безопасности неполные», как утверждает Энрико Буччи, сложный вопрос, но данных о таком длительном промежутке времени пока нет ни для одной вакцины.

Таким образом, ответы на некоторые вопросы получены, другие вопросы требуют дальнейших уточнений. Открытое письмо Энрико Буччи инициировало дискуссию в научном сообществе, статья исследователей из НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи оказалась «под лупой». Очевидно, ее обсуждение будет продолжено.

Источники

Denis Y Logunov, et al. // Safety and immunogenicity of an rAd26 and rAd5 vector-based heterologous prime-boost COVID-19 vaccine in two formulations: two open, non-randomised phase 1/2 studies from Russia // The Lancet, 2020; Published:September 04, DOI:  10.1016/S0140-6736(20)31866-3

Enrico Bucci. // Note of concern

Письмо Энрико Буччи на сайте The Lancet.

Safety and efficacy of the Russian COVID-19 vaccine: more information needed. Authors’ reply

Добавить в избранное

Вам будет интересно