Российское решение для анализа генома коронавируса эффективнее стандартного протокола

Компания из Санкт-Петербурга разработала набор реагентов и программное обеспечение для секвенирования геномов SARS-CoV-2 и обработки полученных данных. Систему протестировали на базе ФГБУ «НИИ гриппа им А.А. Смородинцева» Минздрава России. Было показано, что она работает эффективнее стандартного протокола ARTIC Network.

Credit:
Пресс-релиз Parseq Lab

Российская компания Parseq Lab совместно с ФГБУ «НИИ гриппа им А.А. Смородинцева» Минздрава России разработала тест-систему VariFind™ SARS-Cov-2 assay для секвенирования полного генома коронавируса SARS-CoV-2. Разработка проводилась в рамках Российского консорциума по секвенированию геномов коронавирусов (CoRGI). Тест-система позволит наблюдать за изменениями генома вируса и оперативно реагировать на них.

VariFind™ SARS-Cov-2 assay представляет собой набор реагентов для подготовки библиотек для высокопроизводительного секвенирования, начиная с этапа кДНК. В состав входят праймеры для мультиплексного обогащения, реагенты для подготовки концов ампликонов, реагенты для лигирования адаптеров, ПЦР-смесь для амплификации полученной библиотеки и реагенты для очистки.

SARS-CoV-2 активно распространяется и непрерывно мутирует. Изменения генома вируса могут оказывать прямое влияние как на эффективность создаваемых вакцин и используемых методов диагностики и лечения, так и на его вирулентность и трансмиссивность, поэтому ключевую роль в борьбе играют научные исследования. Для контроля над ситуацией необходимы грамотный мониторинг генетических изменений и своевременная передача данных в общую международную базу GISAID. Решение этих задач, а также создание высокоспецифичных праймеров для ПЦР-диагностики COVID-19, возможно благодаря секвенированию.

В России исследования геномов коронавируса проводятся в рамках консорциума CoRGI. Объединение было создано летом 2020 года по инициативе НИИ гриппа им А.А. Смородинцева. В настоящее время данные собираются из 36 регионов России. Наиболее популярный и часто используемый протокол секвенирования ARTIC Network, опирается на реагенты зарубежных производителей, поэтому из-за сроков поставки страдает оперативность проведения подобных исследований. Кроме того, ARTIC Network дает неравномерную глубину покрытия генома SARS-CoV-2, что снижает качество данных о некоторых областях.

Первая отечественная тест-система для секвенирования генома коронавируса VariFind™ SARS-Cov-2 assay была опробована на базе НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева на штаммах из коллекции клинических образцов института. Тест-система совместима с платформами Illumina и Ion Torrent (Thermo Fisher Scientific), ее эффективность оценивали в сравнении с протоколом ARCTIC Network, адаптированным к системе Illumina.

Было показано, что VariFind™ SARS-Cov-2 assay дает более равномерное покрытие генома за счет использования более коротких и тщательно подобранных ампликонов. Кроме того, она позволяет проанализировать больше образцов на запуск. В ближайшее время компания ожидает выхода совместной публикации с НИИ гриппа им А.А. Смородинцева.

Специалисты Parseq Lab разработали не только набор реагентов, но и специальное программное обеспечение для обработки данных. Адаптированное ПО VariFind™ Software ранее использовалось в тест-системах Parseq Lab для анализа данных генома человека. В новой системе оно позволяет выравнивать результаты секвенирования на референсный геном изолята Wuhan-Hu-1 и обнаруживать мутации в исследуемых образцах. Такое решение должно поспособствовать внедрению секвенирования нового поколения геномов SARS-CoV-2 в различные научные и диагностические учреждения и лаборатории России.

По словам представителей компании, тест-система уже доступна на рынке и используется в нескольких учреждениях. Она предназначена для исследовательских целей, в первую очередь для генетиков и биологов. Разработчики ожидают, что тест-система будет применяться также и для эпидемиологического контроля. Потенциально она может быть использована и для выявления вируса в образце с одновременным прочтением его генома и анализом мутаций, но для целей диагностики это избыточно из-за большей стоимости и более длительного времени анализа по сравнению с методом ПЦР.

Источник

 Пресс-релиз компании Parseq Lab

Добавить в избранное