Создан самый подробный генетический атлас для рыбок данио

Консорциум DANIO-CODE создал единый открытый каталог информации о геноме, эпигеноме и транскриптоме зародышей рыбок данио. Для этого авторы объединили 1802 набора данных из 38 научных лабораторий. В частности, в каталоге представлена информация о 140 000 цис-регуляторных элементах и их активности в ходе эмбрионального развития рыбки.

Credit:
123rf.com

Рыбки данио – отличный модельный объект. Их геном — один из наиболее изученных среди модельных животных. Однако до недавнего времени для них не было единого каталога, объединяющего результаты генетических исследований, аналогичного базе данных ENCODE.

Консорциум DANIO-CODE создал общедоступный каталог данных о геноме, эпигеноме, а также особенностях транскриптома зародышей рыбок. Каталог объединил 1802 неопубликованных и опубликованных, но заново проанализированных набора данных из 38 научных лабораторий; информация была получена 19 методами (ChIP-seq, ATAC-seq, RNA-seq и др.).

В каталоге представлены данные о 140 000 цис-регуляторных элементах ДНК и их активности в процессе развития клетки, составлена их классификация в зависимости от модификаций хроматина. Кроме того, были описаны особенности хроматина и расстояние между регуляторными элементами на различных стадиях зародышевого развития, от зиготы до органогенеза.

В статье также сказано, что специалисты DANIO-CODE сопоставили эпигеном и регуляторные элементы рыбок данио и мышей, внося вклад в понимание их генетической эквивалентности.

DANIO-CODE объединяет отдельные наборы данных в генетический атлас, позволяя исследователям со всего мира иметь доступ к информации, получить которую в рамках отдельных исследований было бы намного сложнее. По мнению авторов, это ускорит создание препаратов, а также приблизит нас к пониманию механизмов эмбриогенеза и течения многих заболеваний. В частности, атлас может сыграть роль в исследовании онкологических, сердечно-сосудистых и нейродегенеративных заболеваний. На сегодняшний день это наиболее полный атлас генетической информации о рыбках данио.

Источник:

Baranasic D., et al. Multiomic atlas with functional stratification and developmental dynamics of zebrafish cis-regulatory elements. // Nature Genetics, published online 4 July 2022. DOI: 10.1038/s41588-022-01089-w

Добавить в избранное

Вам будет интересно